Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
606,610 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 606,610 | 0 | A | T | 99.7%
| 666.9
/ ‑5.7
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/131); minor base G (1/0); total (151/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
| * | CP042583 | 606,611 | 0 | G | C | 99.3%
| 641.2
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (149/126); total (149/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 606,612 | 0 | C | G | 99.6%
| 646.3
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (148/128); total (149/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GCGCATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGAGCCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAAC > CP042583/606331‑606886
|||
gcgcATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGgcg > 2:483944/1‑288 (MQ=255)
gcATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAAAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCt < 1:383887/288‑1 (MQ=255)
cATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGTACTTGAGGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCAGAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGGGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTcgctggcgctgg < 2:1228335/289‑1 (MQ=255)
ttGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGAt > 2:1847621/1‑289 (MQ=255)
aGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGCGTCGCTTGCGCCGGATGCCATag > 2:353494/1‑289 (MQ=255)
aGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATa < 2:1385760/288‑1 (MQ=255)
aGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATa < 2:1462924/288‑1 (MQ=255)
aatgaaAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGCTCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAACGTGGTTGAAGCCATTCCCGGACTGAACAATAGCACGCGGATCTTTCGTAACCCCGAGTCGCTGGCGCTGGACGCCATAAAGCCttg > 2:1671714/1‑287 (MQ=255)
aTACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCt < 1:1872922/289‑1 (MQ=255)
aCCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGGGGAGAGCGAg > 2:957036/1‑289 (MQ=255)
aCCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAg > 1:1381391/1‑289 (MQ=255)
aCCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCCGGTGGGAGGggagggag > 2:181271/1‑289 (MQ=255)
aCCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCGGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGAGTCCACAGAGTGTTTGCAAGGCGGGTGGGAGGAGAGGGAg > 2:1530726/1‑289 (MQ=255)
atTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCg > 1:1750045/1‑289 (MQ=255)
atTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCg > 2:59270/1‑289 (MQ=255)
tCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCt > 2:1728903/1‑226 (MQ=255)
ccTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGtctc > 1:1086185/1‑287 (MQ=255)
tGCATAACGCAAAATAAGAGGGATCTGAAGTGCAACGAGCTCGTTGTTATCTGATCGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCtt < 2:905768/289‑1 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCtggt > 1:1193241/1‑250 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGGGGCGCTGGGACCGGAgctcggcttta > 2:1443969/1‑279 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGc > 1:1416414/1‑274 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTGTCGCTTTa > 1:145798/1‑289 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTa > 1:78738/1‑289 (MQ=255)
cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTa > 1:571231/1‑289 (MQ=255)
aTAACGAATAATAAGAGGGATCGACAGTGCAAGAGGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAGCGGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTAt < 2:275537/289‑1 (MQ=255)
cGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCt > 1:1847632/1‑281 (MQ=255)
tacAGAGGGCTCGAAAGGGCAACGAGACCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGATGGAACTGGAACCGACGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATGCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCg < 1:521690/287‑1 (MQ=255)
ataagagGGATCGAAGGGCCAACGAGCGGTTTGTTAGCTGATAGGTGAAGCGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCg < 2:1900139/286‑1 (MQ=255)
atCAGAGGGATGAGAATTGCAACGAGCGCGTTGTTAATTGATAGGTGAAACGGCGTTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGGGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCg < 1:330126/289‑1 (MQ=255)
tcggagGGAGAGAAAGTGCACTGAGGGCTTTGTTTTCTGATAGGGGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCCCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCgg < 2:813505/286‑1 (MQ=255)
taagagGGAGCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCgg < 1:1841338/287‑1 (MQ=255)
agGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCggtggt > 1:1119253/1‑289 (MQ=255)
gggATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCggtggt < 1:270471/288‑1 (MQ=255)
ggATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGttt > 1:165705/1‑289 (MQ=255)
aTCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACACTATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGTAGGCGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCCCTTTATTGAAATTACGGTTGTTTAc > 1:1708712/1‑289 (MQ=255)
tCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAg < 2:773054/243‑1 (MQ=255)
tCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGA‑TTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGgcg > 2:1174503/1‑197 (MQ=255)
tCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGA‑TTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGgcg < 1:1174503/197‑1 (MQ=255)
tGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGc > 1:1545219/1‑289 (MQ=255)
aaCGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAg < 2:1191516/288‑1 (MQ=255)
aGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCgg > 2:186718/1‑288 (MQ=255)
tAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCggtgg > 1:1432861/1‑288 (MQ=255)
tAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCggtgg > 1:1027462/1‑288 (MQ=255)
ggTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCggt < 1:427588/284‑1 (MQ=255)
ggTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCggt > 2:427588/1‑284 (MQ=255)
ggaaaaCGGGGGTAGAGCGGGAACTGGAACCGCCGGTGCCACTGGCTAGCCAGGAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAAAGATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTcg < 2:517952/285‑1 (MQ=255)
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cGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGATTTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGCGTTTGCCGGAACAACTACCACCGCCACg > 2:683077/1‑289 (MQ=255)
ggTGATTTTGCGTACTCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGGTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGATGGTGCATGAGGACCGGAGTTGTCGGTGGGCGCGGCCGAGGTCGGGTGGAGCGAAAAACGGGTTGTTGAATTGATCTCCTCCGTGGCATACATAGATTGGTGTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATACAGGGAGTTAGCCGGAGCACATAAACCCGCCAcc > 2:1052244/1‑287 (MQ=255)
tGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTAGACACGCCACGgcg > 1:95481/1‑289 (MQ=255)
|||
GCGCATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGAGCCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAAC > CP042583/606331‑606886
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A