Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
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3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
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mutation |
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| RA |
CP042583 |
634,700 |
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– / – |
–/– |
|
| |
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/ NA
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/107); total (129/107) |
| * | CP042583 | 634,702 | 0 | T | A | 99.6%
| 560.0
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (128/106); total (129/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ACAGATTTATAAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTAGTAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTG > CP042583/634426‑634979
|||
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gTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGc > 1:57856/1‑289 (MQ=255)
cTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTgg < 1:163672/289‑1 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCaaa > 1:391765/1‑288 (MQ=255)
cGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTc < 1:1521676/289‑1 (MQ=255)
cGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTc > 1:960677/1‑289 (MQ=255)
cGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTc < 1:518765/289‑1 (MQ=255)
cGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTc > 1:913153/1‑289 (MQ=255)
ggTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTg > 1:688387/1‑289 (MQ=255)
gCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGaaa > 1:1560043/1‑286 (MQ=255)
cTACCGGTCTGCCACTGGATGTCCATTTCGGTCCTAACTTGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATTTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCGTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTa < 2:1504619/288‑1 (MQ=255)
cTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTa < 2:1659344/288‑1 (MQ=255)
tACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTAt < 1:1082512/288‑1 (MQ=255)
ccGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCg < 1:1698566/289‑1 (MQ=255)
cGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGt > 1:1156880/1‑289 (MQ=255)
ggAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTg > 1:744921/1‑289 (MQ=255)
ttCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATg < 2:1673280/270‑1 (MQ=255)
cAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTtc > 1:1281442/1‑288 (MQ=255)
cGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGc > 1:1403164/1‑192 (MQ=255)
ggACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCATCTGGCTGGTGGCGCTCGGGTCAAACCTGTCCGCACTGGGGATTTTGTTTGCGAACGGCTGGATGCAAGACCCAATCCCGTCCGATTTCCACTTTGAAACTATTCGTATGGGGATGGTGGGCtcgccctgctt > 2:536277/1‑279 (MQ=255)
ggACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGc < 2:1283548/288‑1 (MQ=255)
aCTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTg < 2:1524443/288‑1 (MQ=255)
ttCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCATCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCt < 1:817487/289‑1 (MQ=255)
ttCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCt < 1:1472704/289‑1 (MQ=255)
tCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTc < 1:1000023/289‑1 (MQ=255)
cccACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTCGAAACTATGCGTATGGCGATGGTGAGACTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCa > 1:1479994/1‑289 (MQ=255)
aCTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGt > 1:251984/1‑289 (MQ=255)
cTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTa < 1:1347174/239‑1 (MQ=255)
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tGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGaaa < 2:1768751/289‑1 (MQ=255)
gTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAAt > 1:1746430/1‑289 (MQ=255)
ggATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGt > 1:1872177/1‑288 (MQ=255)
atatCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTc > 2:1315421/1‑288 (MQ=255)
atatCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTc > 1:343366/1‑288 (MQ=255)
tgtCTTCGTTGCGCCGCTGGCAATCGAAGTTCTGTTTGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTcac < 2:391765/287‑1 (MQ=255)
tatCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTca < 2:744921/288‑1 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGTACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTcac > 2:204011/1‑288 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCGGATTTCAACTTTGCAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCTGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCCGGTGAAATTCGTTcac > 2:911171/1‑288 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAAc < 1:1825058/218‑1 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTTCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTcac > 1:1885454/1‑288 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCt > 1:888739/1‑270 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCt < 2:888739/270‑1 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGtt < 2:260276/285‑1 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGtt > 1:260276/1‑285 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTcac > 1:1607961/1‑288 (MQ=255)
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ctggTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGt < 2:1324775/288‑1 (MQ=255)
ggCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGTAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTCCGGTATg > 1:1135266/1‑286 (MQ=255)
gcgcTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGgct > 1:436082/1‑288 (MQ=255)
|||
ACAGATTTATAAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTAGTAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTG > CP042583/634426‑634979
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
