Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
634,700 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 634,700 | 0 | A | T | 100.0%
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| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (135/132); total (135/132) |
| * | CP042583 | 634,701 | 0 | G | C | 99.6%
| 632.6
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/131); minor base T (1/0); total (135/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 634,702 | 0 | T | A | 100.0%
| 638.7
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (135/132); total (135/132) |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGCAAACAGATTTATAAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTAGTAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTG > CP042583/634421‑634979
|||
ggCAAACAGATTTATAAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGt < 2:1901154/289‑1 (MQ=255)
aCAGATTTATAAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCa < 1:1095142/289‑1 (MQ=255)
taAAGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGAt > 2:1988317/1‑288 (MQ=255)
taAAGATATGACCAAGTGGTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACGTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGAtt < 2:408573/289‑1 (MQ=255)
aGATATGACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTg > 2:1261420/1‑289 (MQ=255)
gACCAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCg < 2:194147/289‑1 (MQ=255)
ccAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGaa < 2:279400/289‑1 (MQ=255)
ccAAGTTCTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGaa < 1:1259252/289‑1 (MQ=255)
cTGGGGCAAGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTgg > 1:1447265/1‑289 (MQ=255)
aaaGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCa < 1:892495/287‑1 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGTTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCCCGGTTCAAACCTTCCAGCACTGTGGATCCCGGTTGCGAACGGCTGGATGCaaa > 2:892495/1‑288 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCg < 2:1196068/252‑1 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGAtt < 1:1111904/263‑1 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCaaa > 1:1538382/1‑288 (MQ=255)
aGTTGTTTGGTATCAACTTCGCTCTGGGTGTGGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCaaa > 1:539706/1‑288 (MQ=255)
tgtgGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGa < 1:562555/288‑1 (MQ=255)
tgGCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTTAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAACCCCAACCGCGTCCGATTTCAACTTGGAAAc > 2:611723/1‑289 (MQ=255)
ggCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAAc < 1:602082/288‑1 (MQ=255)
gCTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACt < 1:986602/288‑1 (MQ=255)
cTACCGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTa < 1:1424511/288‑1 (MQ=255)
ccGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCg > 1:1002207/1‑289 (MQ=255)
ccGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCg > 1:1564383/1‑289 (MQ=255)
ccGGTCTGACCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCg > 2:743013/1‑289 (MQ=255)
aCCATGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGgaga > 1:925401/1‑289 (MQ=255)
aTGGAGTTCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATgg < 1:78165/289‑1 (MQ=255)
gTTCCAGTTCGGGACTAGTTGGTTTTACTTTTCCCACTATGTAGGGGTTATCTTCGGTGCGCCGATGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAg < 2:369540/288‑1 (MQ=255)
tCCAGTTCGGGACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGATGGTGGCGCTCGGTTCAGACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCGGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGGTTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGGGGTGGTTAGCt > 1:693599/1‑288 (MQ=255)
ggACTAACTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGa > 1:369997/1‑286 (MQ=255)
gACTTACTTGTCTTACTTTTCCCACTATTTAGGGGTTATCTTCGGTGAGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCt < 2:1416696/288‑1 (MQ=255)
tAACTGGTGTTACTATTCCGCCTATGTAGGGGTTTTCTTCGTGGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAAGCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTg < 2:1264363/289‑1 (MQ=255)
aCTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTa < 2:1035527/252‑1 (MQ=255)
aCTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTa > 1:1035527/1‑252 (MQ=255)
aCTGGTCTTACTATTCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCt > 2:757598/1‑289 (MQ=255)
tCCCACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGAGGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTc > 2:80485/1‑289 (MQ=255)
cccACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTg > 1:396449/1‑231 (MQ=255)
cccACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTg < 2:396449/231‑1 (MQ=255)
cccACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCa > 1:1490838/1‑289 (MQ=255)
cccACTATGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTACGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACACGGTTGCTCa > 1:793872/1‑289 (MQ=255)
aTGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGaa > 1:235272/1‑289 (MQ=255)
aTGTAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGaa > 2:1223507/1‑289 (MQ=255)
tAGGGGATATCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGGATGGAGATGGTGAGCTTCTCCTAGCGGGTGCTTAAc > 2:1625654/1‑269 (MQ=255)
ggattttgtctgTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGGCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGt < 2:1538382/277‑1 (MQ=255)
atatCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTc > 2:1368496/1‑288 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTa < 2:1760966/226‑1 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTa > 1:1760966/1‑226 (MQ=255)
atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCt < 1:1311412/251‑1 (MQ=255)
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atCTTCGGTGCGCCGCTGGCAATCGAAGGTCTGATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTAGGTCTGTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTcaca < 1:1368496/289‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
