Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
663,431 |
6 bp→CGACGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 663,431 | 0 | G | C | 97.6%
| 371.5
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (76/84); total (78/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,432 | 0 | C | G | 98.2%
| 374.5
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (76/85); total (78/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,433 | 0 | T | A | 98.8%
| 381.8
/ ‑5.1
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (76/85); minor base C (2/0); total (78/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,434 | 0 | G | C | 98.8%
| 377.2
/ ‑5.8
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (76/85); total (78/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
| * | CP042583 | 663,435 | 0 | C | G | 98.8%
| 376.2
/ ‑3.1
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (76/84); minor base . (2/0); total (78/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 663,436 | 0 | T | A | 100.0%
| 389.8
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (78/86); total (78/86) |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATT > CP042583/663162‑663706
||||||
ttAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCCTTATTACTCCGGAAACTGGAAG‑CGACGATTTTGGGtggctg > 2:1340992/1‑288 (MQ=255)
aaaaGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCg > 1:1619629/1‑289 (MQ=255)
tttCATCGAATTTCTTTATTAATTACCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAAAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTaaaaa > 2:410313/1‑289 (MQ=255)
gAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAAc < 2:1074840/289‑1 (MQ=255)
tttaATTCCCACGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTAAGCTTAAATAGTTGAACATGTGAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGc < 2:155773/288‑1 (MQ=255)
attaATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGc < 1:1047382/289‑1 (MQ=255)
gcgcCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAAt > 1:785000/1‑289 (MQ=255)
cgcCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAAtt > 1:1844387/1‑289 (MQ=255)
cgcCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTGTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATGCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGCCG‑ATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAATTTAAAtt > 2:1111646/1‑289 (MQ=255)
gcCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTa < 1:1001192/289‑1 (MQ=255)
aaCCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGt > 1:162372/1‑289 (MQ=255)
ccTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAACTTAATGCAAAAATGtta > 1:1829603/1‑289 (MQ=255)
ctcccTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGCTGTACGCCCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACCGAACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTCTTACTCCGGAAAATGGACG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGCCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTaa > 2:1266895/4‑289 (MQ=255)
ccTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCg < 2:1634970/289‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTg > 1:44217/1‑289 (MQ=255)
cTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGa > 1:1766590/1‑289 (MQ=255)
ttttGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCAACTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAg < 2:1693221/289‑1 (MQ=255)
gTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaa < 1:428247/289‑1 (MQ=255)
cTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTagag < 1:421333/289‑1 (MQ=255)
tGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGAt > 2:850341/1‑289 (MQ=255)
gCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGAt > 1:1512985/1‑288 (MQ=255)
gCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATg > 1:486593/1‑289 (MQ=255)
gTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt < 2:965342/288‑1 (MQ=255)
gTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt < 1:959510/288‑1 (MQ=255)
gTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt < 2:1512985/288‑1 (MQ=255)
tGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTg > 2:1112958/1‑288 (MQ=255)
gTACTCTCAAATAGTTGAACATGTAAGTCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTTCCGTTAATGCAGGTGACGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACCAACTGGACTCTGCCGGTATGACAAATGCCTTAATAATTGATAATTCATACTTCAGTATGACGCCGGAAAAGGGAAG‑CGACAATTTTGGGTTGCTGGCCGTTAAAAATTTGAACTGCATTTAGCCATCTTAAATTAATGAAAAGAAGTTATTACTCATTGAGCTAAAGTAATTAGAGATGCTTTGcc < 2:219583/289‑1 (MQ=255)
gTACGTTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTGTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGcc < 2:1169148/289‑1 (MQ=255)
gTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGc > 2:793084/1‑288 (MQ=255)
tACGCTCAAATAGTTGAACATGTAACTCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGccc < 1:291783/289‑1 (MQ=255)
aCGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCTGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCt < 1:767155/289‑1 (MQ=255)
aCGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCt < 1:110625/289‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATg < 1:1427417/289‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAAGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATg < 1:708581/289‑1 (MQ=255)
tGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCata < 2:314559/289‑1 (MQ=255)
tGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCaa > 2:188470/1‑289 (MQ=255)
aaaTCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATaa > 1:699914/1‑289 (MQ=255)
cTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTa < 1:1380103/289‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTa < 1:789862/289‑1 (MQ=255)
cctccATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaaa > 2:1474445/1‑238 (MQ=255)
cctccATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaaa < 1:1474445/238‑1 (MQ=255)
tttttATTCTTCGCGTTAATTAAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCTGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAAtt < 2:44217/289‑1 (MQ=255)
tttttATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAAtt < 2:671372/289‑1 (MQ=255)
ttcGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCatt > 1:18596/1‑289 (MQ=255)
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attaCTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGAt < 1:931016/289‑1 (MQ=255)
aCTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa > 2:215398/1‑256 (MQ=255)
cTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGtt < 1:660043/231‑1 (MQ=255)
||||||
TTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATT > CP042583/663162‑663706
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
