Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
663,431 |
6 bp→CGACGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 663,431 | 0 | G | C | 99.5%
| 433.1
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (92/94); total (92/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 663,432 | 0 | C | G | 100.0%
| 440.8
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (92/95); total (92/95) |
| * | CP042583 | 663,433 | 0 | T | A | 100.0%
| 441.4
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (92/95); total (92/95) |
| * | CP042583 | 663,434 | 0 | G | C | 98.9%
| 436.2
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (92/93); minor base A (0/2); total (92/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,435 | 0 | C | G | 99.5%
| 437.6
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/94); minor base A (0/1); total (92/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,436 | 0 | T | A | 99.5%
| 442.8
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (92/94); minor base G (0/1); total (92/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
AAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGGCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATT > CP042583/663165‑663706
||||||
aaaaGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTCATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCg > 2:834387/1‑289 (MQ=255)
aGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGATa < 1:15366/289‑1 (MQ=255)
gTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTaaaa > 2:1917816/1‑289 (MQ=255)
cATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAAttt < 1:1135653/289‑1 (MQ=255)
cGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTaa < 1:164621/289‑1 (MQ=255)
gAATTTCTTTATTCACTCCCAGGCGTCCGGTAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAAATGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAAc < 2:75663/289‑1 (MQ=255)
tttCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGc > 1:1342603/1‑289 (MQ=255)
aaCCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGCGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATTCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGACTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTACGGAAACTGGAAGCGACGATTGTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTGAATTGCATTTAGCCAAACTAAATGAATGaaaaaagtg > 2:1624915/1‑286 (MQ=255)
aCCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCGTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTTAACATGTAAATCTTCCTCTTTC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTCGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTTATAATTTATGCTTCATTATTACATCGTAAAATGGAAGCGACGATTCTGGGTGACTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGtt > 2:662787/1‑289 (MQ=255)
ccTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGtta > 2:1781492/1‑289 (MQ=255)
ccTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCg < 1:834150/289‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATg > 2:351000/1‑276 (MQ=255)
tGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTa < 2:903532/289‑1 (MQ=255)
gTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaa < 2:1822369/289‑1 (MQ=255)
ttAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaaa < 1:444839/289‑1 (MQ=255)
cGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTaaa > 2:1487250/1‑285 (MQ=255)
cTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTagag < 1:1917816/289‑1 (MQ=255)
gTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt < 2:1200438/288‑1 (MQ=255)
gTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt < 1:1749337/288‑1 (MQ=255)
gTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGcc < 1:1284954/289‑1 (MQ=255)
gTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGcc < 1:1718181/289‑1 (MQ=255)
aCGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCt < 1:271163/289‑1 (MQ=255)
acAACTAGTTGAACATGTACATCCGCCTCCATCTTTTTTTCATCTTCCCGTTAATGCAGGATCCGCACTACTGAGTACTTTACCGGCATTGTTAAACCAACTGGCCTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGCAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTACAAATTTTAACTGCATTAAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTAATTAGAGATGCATTGGCCTTaa > 2:591637/2‑289 (MQ=255)
cAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATg < 2:1949783/289‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGt > 1:18109/1‑289 (MQ=255)
aaTAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTa > 1:1992674/1‑289 (MQ=255)
ttGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCat > 1:522637/1‑289 (MQ=255)
gAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTATCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCata > 1:160682/1‑288 (MQ=255)
gAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCGTTAATGTAACCata > 2:991538/1‑288 (MQ=255)
gAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCata > 1:1704299/1‑288 (MQ=255)
gAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCata > 2:724034/1‑288 (MQ=255)
gAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCata > 1:548732/1‑288 (MQ=255)
aaaTCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTagag > 2:988675/1‑255 (MQ=255)
aaaTCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTagag < 1:988675/255‑1 (MQ=255)
cgtC‑TTTTTTATTCGTCGCGTTATTGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTCGACTCTGACAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGttttt < 2:482152/287‑1 (MQ=255)
tATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAgg > 1:223290/1‑289 (MQ=255)
ttcGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCatt > 2:1403803/1‑289 (MQ=255)
ttcGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCatt > 2:1084908/1‑289 (MQ=255)
cgcgTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTCGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCtt > 1:928177/1‑234 (MQ=255)
cgcgTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTaa > 1:328914/1‑164 (MQ=255)
cgcgTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAgtt > 1:814283/1‑213 (MQ=255)
cgcgTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCa > 2:270498/1‑258 (MQ=255)
cgcgTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCattat > 1:431908/1‑289 (MQ=255)
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gTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATtattat < 1:766856/289‑1 (MQ=255)
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cTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATaaa < 2:651681/277‑1 (MQ=255)
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AAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGGCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATT > CP042583/663165‑663706
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
