Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
682,994 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 682,994 | 0 | A | T | 100.0%
| 540.8
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (110/118); total (110/118) |
| * | CP042583 | 682,995 | 0 | G | C | 99.6%
| 531.9
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (109/118); total (110/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 682,996 | 0 | C | G | 99.1%
| 546.5
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/117); minor base T (1/1); total (110/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATGTGGGCAGTTACCTACATCGGCGTGATTGTCTTTGTCGGATTGACGG > CP042583/682714‑683264
|||
cGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTg > 1:543952/1‑289 (MQ=255)
cGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGATGTAACGACGATGCTCTTTAGGCTTTATTCGGCGCTg > 2:84679/1‑289 (MQ=255)
cATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc < 1:1301402/288‑1 (MQ=255)
cATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc < 2:1899213/288‑1 (MQ=255)
cATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGGGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc < 1:670330/288‑1 (MQ=255)
ggACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGCGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTTTTCGGCGCTGACggg > 2:746030/1‑288 (MQ=255)
ttCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACg < 1:360474/288‑1 (MQ=255)
ttCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCATGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACg < 1:1053396/288‑1 (MQ=255)
tCCCACGTTCTGATTCAATCGGACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCt < 1:1690900/289‑1 (MQ=255)
aCGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTcc < 2:1096548/289‑1 (MQ=255)
cGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCa < 2:1041568/289‑1 (MQ=255)
gtttcggttcgaTCGTTCACCCCCGGGATGGCGTGCAAACTTATTTGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCAGTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTACCCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAg < 2:45682/278‑1 (MQ=255)
gTTCTGATTCAATCGTCCAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAg < 1:93155/289‑1 (MQ=255)
tctgattcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGta < 1:288882/280‑1 (MQ=255)
ctggattcaaTCGTACACCCCCGGGCTGTCTTGCAAACTTATTTGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGta < 2:96922/280‑1 (MQ=255)
aaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCAtt < 1:453188/288‑1 (MQ=255)
aTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTg > 1:96922/1‑289 (MQ=255)
aTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCGCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTg > 1:1813201/1‑289 (MQ=255)
tCGTACAGCCCCGGGCTGGCTTGCAACCTTATATGGCTCAAGTCTTTGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGGTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGt < 2:41590/289‑1 (MQ=255)
gTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCt > 2:1190219/1‑289 (MQ=255)
ccccGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATAcc > 2:915692/1‑288 (MQ=255)
cGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCgct > 2:1444799/1‑288 (MQ=255)
ggctggctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCgctgct > 1:844077/1‑289 (MQ=255)
gctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCt > 1:315315/1‑253 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTCTTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTTACGGGTCTTACGCTTTCCATTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTCtgtcgt > 2:403718/1‑289 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCg > 1:1821984/1‑261 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCg < 2:1821984/261‑1 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt > 2:313262/1‑289 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATCCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt > 2:388040/1‑289 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTCGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAAACGGTCTGCTCATCGCGCAATTAGCATTGGCTCTTGTGTTATCAGCGCTTATTCAAAAGCCGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCCCTTTACGCTTTATTCTGCCCTGACGGGTCTTACGCTCTACAGTAGTTTCTTTGTCTCTACCTCTGCTTCTCTCCCCAGTACTTTcttcgt > 2:1663850/1‑289 (MQ=255)
tCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCTCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt < 1:1613340/288‑1 (MQ=255)
tCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt < 2:83812/288‑1 (MQ=255)
gTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTcc < 1:1479558/234‑1 (MQ=255)
tGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc > 1:1777602/1‑213 (MQ=255)
tGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCggg < 1:1498241/289‑1 (MQ=255)
ggATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCCGTACTTTCGTCTTTACTGCCgggtggtt > 2:610064/1‑284 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACTGCATTTGTTGCCTGGTATTCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTGTTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTCTGCTATATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTc > 1:1323018/1‑289 (MQ=255)
ccGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGGATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTAATCCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCTTTACTCCCGTGATGTTCTgcg > 2:659026/1‑288 (MQ=255)
ttgttgCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGc < 1:593383/288‑1 (MQ=255)
ttgCCGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACg < 1:1608929/201‑1 (MQ=255)
tgCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGt < 1:1135934/288‑1 (MQ=255)
gACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCgg > 1:1870505/1‑270 (MQ=255)
gACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGt > 1:717871/1‑289 (MQ=255)
cATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTcca > 1:1238593/1‑288 (MQ=255)
gttttGCGGGTAATTCCGCGGCCGTGATGGGGCTGTTATTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCCTCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGa < 2:489885/285‑1 (MQ=255)
gTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTTTCTATACCGATGCGTCTATCGCGAGTACTTTCGTCGCTACTTCCGGGCTGTTCGCCGCATGTATCCCTTACGGTTACACCACGATGCTCGAt > 2:1705114/1‑289 (MQ=255)
aaTTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt < 1:136347/224‑1 (MQ=255)
aTTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCtt > 1:383779/1‑289 (MQ=255)
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gcgGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCa < 2:1202114/289‑1 (MQ=255)
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aaaGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCATCGCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATGTGGGCAGTTACCTACATCGGc > 1:386385/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
