Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
682,994 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 682,994 | 0 | A | T | 99.3%
| 666.6
/ NA
| 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (140/139); minor base G (2/0); total (142/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 682,995 | 0 | G | C | 99.6%
| 652.1
/ NA
| 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (142/138); minor base T (0/1); total (142/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 682,996 | 0 | C | G | 99.6%
| 665.6
/ NA
| 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (140/139); total (142/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATGTGGGCAGTTACCTACATCGGCGTGATTGTCTTTGTCGGATTGACGGCGTATGACAC > CP042583/682714‑683274
|||
cGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTg > 1:331823/1‑289 (MQ=255)
tCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc < 2:1557222/289‑1 (MQ=255)
tCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc < 1:522260/289‑1 (MQ=255)
tGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACggg > 1:232010/1‑289 (MQ=255)
aCAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAACTCTGAGCGCAGGTTTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTCTTCCGCGCTGACGGGTCt > 2:1140182/1‑289 (MQ=255)
aTTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCTGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTAc > 1:1378119/1‑288 (MQ=255)
aTTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGAc > 1:1204646/1‑279 (MQ=255)
aTTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTAc > 2:639308/1‑288 (MQ=255)
ttCCCACGTTCTGATTCAGTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTa < 2:358286/286‑1 (MQ=255)
ttCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACg < 1:413927/288‑1 (MQ=255)
ttCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACg < 1:446282/288‑1 (MQ=255)
acgttcttattcattCGTCCAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACGTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCGGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTc < 2:712072/275‑1 (MQ=255)
aCGTTCTGATTCATTCGTACGACCCCGAGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGAGGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGTCGCTGACGGGTCTTACGCTTTcc < 1:1451467/289‑1 (MQ=255)
aCGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCACT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTcc > 1:1298343/1‑289 (MQ=255)
tctgattcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTCTTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATGCTGCGCTGACGGGTCTTACCCTTTCCAGtt > 2:66471/10‑288 (MQ=255)
attcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTCTATGTCTCAAGTCTATTTCTGTCTTCCCGTTTGCTTGTTGCTGCACTCCGTTGTTGCCTGGTCGGCGGCACATTCCGCGGCCTTTCTGTCGCTTTTGTTCCATACCCGTGTCTTTTCAAGCTGTCTGATCATGTCACCCTTAGCATT‑GGTTGGTGTCTTATCAGCGGTGCTTCAAAAGCTTATCGCAGGTGTCGCGCGTATGCTCTTTATTGTTTATGCGGCGCTGACGTTGCTGACGCTTTCCATtatag > 1:971858/6‑287 (MQ=255)
ttcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTc < 2:1128807/285‑1 (MQ=255)
tcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCa < 2:832568/286‑1 (MQ=255)
tcaaTCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCa < 1:992607/286‑1 (MQ=255)
catacgtaactcccAGGCTGGATTTCAAACTTCTAGGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGATAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCAtt < 2:147736/278‑1 (MQ=255)
atctgtatacctccGGGATGGATTGTAAACTGTTCTGGCTCGAGATGATTGCTGGATGACCGTGGGCTTGTTGCTGACCGGATTGGTTGCCAGTTATGCGACTAATTCAGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGGTTCTTTTTAATCGGTCGGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCAtt < 2:1901941/277‑1 (MQ=255)
cGGTCTGGCTTGCAAGCTTATGTGGCTCAATTCTATGGCTGAGTGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCgctg < 2:682087/289‑1 (MQ=255)
cGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCgct > 1:196772/1‑288 (MQ=255)
ggctggctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCgcttct > 1:1599071/1‑289 (MQ=255)
ggctTGCAAACTTCATTGGCTAGAGTCTATGGCTGGAAGACCGTTGGCTTGTTGATGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTa < 2:1437724/289‑1 (MQ=255)
gctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTCTTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTCACGGGTCTTACGCGTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTGTa > 2:1614148/1‑288 (MQ=255)
gctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTa > 2:199463/1‑288 (MQ=255)
gctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTa > 2:965784/1‑288 (MQ=255)
gctTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTAt > 1:950634/1‑289 (MQ=255)
ttATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACt < 1:3383/289‑1 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTcc > 1:760724/1‑239 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt > 2:1164566/1‑289 (MQ=255)
cTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt > 1:863237/1‑289 (MQ=255)
tCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTcgtcgt < 2:1414837/288‑1 (MQ=255)
cAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCACAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCGTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTTCTTTCGTCGtt > 2:374241/1‑288 (MQ=255)
cAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGtt > 1:424011/1‑288 (MQ=255)
ggATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCTTCGTTACTGCCGGGATGt > 1:683288/1‑288 (MQ=255)
ggATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGt > 1:707490/1‑288 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTTTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCCATACCGCTGCTTCTATTGCCAGTACTTTTGTCTTTAATGCCGGGactt > 2:1746594/1‑284 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTc > 1:1004314/1‑289 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTc > 1:1929575/1‑289 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTc > 1:763443/1‑289 (MQ=255)
gATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTc > 1:635613/1‑289 (MQ=255)
agTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATGGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCa > 1:1876310/2‑289 (MQ=255)
gTTGGTTTGTGGCGTACCGCATTGTTTGCCTGGTAGGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTAACTAACCGTGTCTTTTTACTCGGTCTGATAATCGGGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTCTCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCGGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCaa < 2:1599071/289‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCaa > 1:1121653/1‑289 (MQ=255)
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aTGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCATCGCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATGTGGGCAGTTACCTACATCGGCGTGATTGTCTTTGTCGGATTGACg > 1:1525145/1‑288 (MQ=255)
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CGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATT‑GGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATGTGGGCAGTTACCTACATCGGCGTGATTGTCTTTGTCGGATTGACGGCGTATGACAC > CP042583/682714‑683274
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A