Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
694,081 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 694,081 | 0 | A | T | 99.6%
| 586.1
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/119); minor base G (0/1); total (131/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 694,082 | 0 | G | C | 99.6%
| 583.6
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (131/119); total (131/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 694,083 | 0 | C | G | 99.6%
| 583.8
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (129/120); total (131/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTAGCCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGAAGCGCCAGAACCTGTTATTCTCCGCGACCTTCTCTGACGATATTAAAGCCCTGGCGGAA > CP042583/693803‑694362
|||
tGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTggt‑ggt > 1:1881521/1‑289 (MQ=255)
ggcgcgcCGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCCGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGCCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTggt‑ggt < 1:797192/288‑1 (MQ=255)
ccccGTTGCCGAGCAGTGTTACCGTGAACCCAGCCCGATTCCGCAGCAGGCGAGCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGTCTAGCGCCCAGACCGGAACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCATACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGtt < 2:1627249/286‑1 (MQ=255)
gcCGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTtg < 1:138331/289‑1 (MQ=255)
cGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTtgg < 1:875817/288‑1 (MQ=255)
ttGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTTCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCCGATTGGCGCAAACGTCCGTCATTACAGCACCTACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTgggtgg > 2:589793/1‑289 (MQ=255)
gCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGAAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGgtggtg < 1:1748016/289‑1 (MQ=255)
cGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGgtgt < 1:510457/288‑1 (MQ=255)
cAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCCAAGGGCGTCGTCCGGTACGTTCGCCCATCCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCCGCGCCGATGGGCGAAAACGTCCGTGATTACCGCCAATCACTGAACCTTCGTTCGCTGGTGGGTGTTGGGGGGggtggtt > 2:210384/1‑286 (MQ=255)
ccGTGAACCCACCCCGAGTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCg < 1:1230532/289‑1 (MQ=255)
gggAACCCACCCCTATCAAGCAGCAGGCGATACCGGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGACCAGACCGGCAACGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTGGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCa < 2:758053/287‑1 (MQ=255)
aaccacccccTCTTCGCCGGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACGGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCCCGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAga < 2:814657/282‑1 (MQ=255)
aaCCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAgat > 2:1216572/1‑289 (MQ=255)
aaCCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAgat > 2:888908/1‑289 (MQ=255)
aaCCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTCGT‑GGTGGTTTGTTGGGTGAGTATTAACCCggcgaa > 2:761737/1‑284 (MQ=255)
aaCCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGCCGTCCGGTACGTGCGCGCATTCTTACCCCCACCCGTGAACTGGCGGCGCAGAGTGGCGAAAAGGTACGTGATTACAGCAAATGCCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTTGTGGGAGTATTAACCCGcgtag > 2:1245008/1‑285 (MQ=255)
acccacccCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGCACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGC‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAgatg > 1:643287/1‑289 (MQ=255)
cccacccCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCGGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAgatga < 1:1567122/289‑1 (MQ=255)
cagcagGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGCTTGGCTAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTCTTAACCAGCAGCTTATGAAACTGCTCggcg > 2:1385692/1‑289 (MQ=255)
cagcagGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGGGTgggg > 2:467661/1‑287 (MQ=255)
cagGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCa < 1:218776/266‑1 (MQ=255)
aggggagcctggCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACCCCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGgcggcg < 2:874702/277‑1 (MQ=255)
ggCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGtt > 2:1742484/1‑289 (MQ=255)
tCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCCGGT‑GGGGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGAGTACAAAACGGCGGGGCGGCGTTGgtgt > 2:1396654/1‑289 (MQ=255)
tGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCtg > 1:199913/1‑289 (MQ=255)
gCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGc < 1:738551/288‑1 (MQ=255)
ccGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCGAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCggg > 1:590215/1‑288 (MQ=255)
ccGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGGTCTTGTGGAAACCCCggg > 2:376178/1‑288 (MQ=255)
ccGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGAGGTTGAAACTGCGTTGCGGCGTGGATGCGCTGGTGGCAACCCCggg > 2:30017/1‑288 (MQ=255)
ggcgACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCGGATCACTCGCCGGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCAGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGAc < 2:1045003/288‑1 (MQ=255)
cgcgtcttagtGGCTCGCGCCCCGACCGGCACCGGCAGACCGCCGGGCCTTACGCTGCTGCTGTGGCAGCACCTGATCAATCGCCCGCCGCACGCCAAAGGGCGTAGTCCGGTACGTGCGCTCCTTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGGCGCGCAGATTGGCGAAATCGTCCGTGATTACAGCAAATCCCGGAACATTCGTGCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATTATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGAc < 2:643287/279‑1 (MQ=255)
tGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCt < 1:355129/289‑1 (MQ=255)
aTGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGgtgt > 2:38680/1‑215 (MQ=255)
cTAGCCCCCGGACCGGCCCCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCGGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGAGCGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCGTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGAcc < 2:507864/288‑1 (MQ=255)
accggcaccggcAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGCCGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGa > 1:48445/1‑289 (MQ=255)
ggcacctgcaAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATg < 1:954754/289‑1 (MQ=255)
ggacccggaaAAACGGCGGGTGGTACGCGGCCGCGGTTGCAACACCTGATCACCGGCCAGCCGCACGACAAAGGGCGTCGTCCGGTACGGGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATg < 2:1032290/285‑1 (MQ=255)
ccggcaAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGt < 1:1216572/289‑1 (MQ=255)
ccggcaAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGt < 1:1030705/289‑1 (MQ=255)
aaacacgcggttcttACTCGGCCGCTGTTGAAACCACTGTTCGCTTGCCAGCCGATCGCCAGAGGGCCTCGTCCGGTACGTGCGCTCAGTCTGACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATCCCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAAGCCGCAGATGATGATACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACAGCAGAATGCAGTGAAGc < 2:1006021/276‑1 (MQ=255)
gggCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATc < 1:376178/287‑1 (MQ=255)
tttCCGCTGCCGCTGTTGCCACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAGAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGACCTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTg < 2:691135/289‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAAtcct < 1:1245008/289‑1 (MQ=255)
gCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGAACTGTAACATCAGAATGCCGTGAAGCTGGGATC‑GGTTGAAAtcccc > 2:1358466/1‑287 (MQ=255)
tGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGAAGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAAtcctcgtcctcg < 1:761737/288‑1 (MQ=255)
ccTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGaa > 1:1408710/1‑286 (MQ=255)
aTCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTTGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTGGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGGGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAgacgac > 2:322960/1‑283 (MQ=255)
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aaCATTCGTTCGCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTg < 2:227463/169‑1 (MQ=255)
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TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACCGTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACGCCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTCATTCTTACCCCGACCCGTGAACTGGCGGCGCAGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTAGCCTGGT‑GGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCT‑GGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGAAGCGCCAGAACCTGTTATTCTCCGCGACCTTCTCTGACGATATTAAAGCCCTGGCGGAA > CP042583/693803‑694362
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
