Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
700,778 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 700,778 | 0 | A | T | 99.1%
| 519.2
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (97/120); minor base G (1/1); total (98/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 700,779 | 0 | C | G | 100.0%
| 521.4
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (98/122); total (98/122) |
| * | CP042583 | 700,780 | 0 | T | A | 99.1%
| 520.8
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (96/122); minor base C (2/0); total (98/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAATAC > CP042583/700504‑701049
|||
cGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATagc < 2:314648/288‑1 (MQ=255)
cATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATagcagc > 2:455545/1‑289 (MQ=255)
aTCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATagcagc < 2:1672050/288‑1 (MQ=255)
aTCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATagcagc < 2:1876535/288‑1 (MQ=255)
gCATCTGTTGCCGGACGCGGCGTTAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTGCTTCTAAATTCCCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGcaacaa < 2:1030268/288‑1 (MQ=255)
cATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGcaacaa < 1:1554102/287‑1 (MQ=255)
cTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTa > 2:1372412/1‑289 (MQ=255)
tGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTAt > 2:1618135/1‑289 (MQ=255)
tGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTAt > 2:771940/1‑289 (MQ=255)
ccGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATa > 1:904621/1‑289 (MQ=255)
ccGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTGGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACATGATTGATa > 2:1900603/1‑289 (MQ=255)
cGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATa < 1:516342/288‑1 (MQ=255)
tGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGtttt < 1:72336/289‑1 (MQ=255)
ttATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAAtctctc > 1:1454169/1‑289 (MQ=255)
aTCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGc > 2:740297/1‑289 (MQ=255)
aTCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAAAAACAGTATGAAAAGTTTTCATATTTAAtctctgac > 2:477238/1‑286 (MQ=255)
gTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGt < 2:1782356/289‑1 (MQ=255)
tCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCTAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACCCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGATTTGAAAGAGCCATAGCAACAACAACAGTATTGATAGCTTTCATAATTAATCACTCACAGGta > 2:315424/1‑288 (MQ=255)
tCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTg > 2:68694/1‑289 (MQ=255)
cTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAt > 1:1896130/1‑289 (MQ=255)
tACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGtat < 1:310016/289‑1 (MQ=255)
cGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGttt < 2:904621/289‑1 (MQ=255)
gTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGCATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcgtc > 2:1291490/1‑289 (MQ=255)
tgccGTTTAATTGTTTGTGGTTGGGGGCGGAAGTGAGGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcgtcg < 2:1454169/287‑1 (MQ=255)
tACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcg > 2:417772/1‑286 (MQ=255)
aCCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcgtc < 1:1724833/287‑1 (MQ=255)
ccGTTTATTTTATTGTTGTTGGTGGCGAAAGTGATGCTGTTTCCACTGGCCCCGGCTGCCGCGGCTTTCTCCGCCGGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAt < 2:1808943/289‑1 (MQ=255)
ccGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAt < 2:1588598/289‑1 (MQ=255)
gCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTAATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgt > 1:1808943/1‑289 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtg > 2:1004283/1‑289 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtg > 1:1675666/1‑289 (MQ=255)
ttAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtga < 1:1091164/289‑1 (MQ=255)
tagtttATTGTTGTTGGGGGCGGAAGCGATGCGGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTATCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTAATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 2:121818/286‑1 (MQ=255)
tAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 1:68694/289‑1 (MQ=255)
tAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 1:495921/289‑1 (MQ=255)
tttATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcgtcg < 1:1195815/279‑1 (MQ=255)
tgttgttgGTCGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATc > 2:841847/1‑288 (MQ=255)
tgttgGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGt < 1:1291490/289‑1 (MQ=255)
ttgGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGttt > 1:1118240/1‑289 (MQ=255)
ggCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTa > 1:301979/1‑289 (MQ=255)
ggAAGTGATTGTGTTTCCACTGGCAACGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACg < 2:1244518/288‑1 (MQ=255)
ggATGCTGTATCCCCTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCGTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACgagaga < 2:371320/287‑1 (MQ=255)
aTCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 1:1473717/254‑1 (MQ=255)
tCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtg < 1:76291/251‑1 (MQ=255)
tCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAag > 1:1609987/1‑289 (MQ=255)
cACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTAATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGAATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAagag > 1:825383/1‑289 (MQ=255)
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ttCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATttgttg > 1:1174802/1‑230 (MQ=255)
ccgcGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGacac > 1:1327410/1‑288 (MQ=255)
acGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAATAc < 2:523797/289‑1 (MQ=255)
|||
TCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAATAC > CP042583/700504‑701049
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
