Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
700,778 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 700,778 | 0 | A | T | 99.7%
| 687.4
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (140/146); minor base G (0/1); total (140/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 700,779 | 0 | C | G | 100.0%
| 685.8
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (140/147); total (140/147) |
| * | CP042583 | 700,780 | 0 | T | A | 100.0%
| 691.4
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (140/147); total (140/147) |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAA > CP042583/700500‑701046
|||
gTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑a < 2:267858/288‑1 (MQ=255)
tCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agc > 1:824512/1‑289 (MQ=255)
tCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agc > 1:614423/1‑289 (MQ=255)
tCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agc > 1:1243810/1‑289 (MQ=255)
tCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agc > 1:1396157/1‑289 (MQ=255)
cATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc > 1:511848/1‑289 (MQ=255)
aTCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc < 2:922068/288‑1 (MQ=255)
aTCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc < 1:1445243/288‑1 (MQ=255)
cAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGcaac < 2:1694565/289‑1 (MQ=255)
cATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCaacaac < 2:768042/288‑1 (MQ=255)
cATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCaacaac < 1:1317226/288‑1 (MQ=255)
gCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑a < 2:435082/269‑1 (MQ=255)
gCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGAt > 1:622299/1‑289 (MQ=255)
cTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCGGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc < 1:1569383/254‑1 (MQ=255)
tCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCTTGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTg > 1:1913534/1‑289 (MQ=255)
cttcGAATTACTTATAAATTACCGGCTTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTACGGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCCCCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAt < 2:1243810/286‑1 (MQ=255)
cTACGTATTACTTATAAATAACCGCAGTACCGCTTTATTTATTGTTGTTGGTGGCGGGAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGCGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGAAGAAACAACAGTa > 2:1569383/1‑254 (MQ=255)
cTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAt < 1:486660/289‑1 (MQ=255)
aCGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAttt < 1:1939783/289‑1 (MQ=255)
tACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGtat > 2:635978/1‑289 (MQ=255)
tACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATCAATCCCTCGCAGGTGATTTTGGtat > 2:619101/1‑289 (MQ=255)
ttATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAg < 2:1030444/289‑1 (MQ=255)
aCCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACgttgt > 2:352877/1‑289 (MQ=255)
ccGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCCCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACgttgtt > 2:130899/1‑289 (MQ=255)
cAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcg > 1:1760340/1‑289 (MQ=255)
aGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGCGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcg < 1:352877/288‑1 (MQ=255)
tACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc > 1:759073/1‑217 (MQ=255)
tACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAAAAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcgtcg > 1:998667/1‑289 (MQ=255)
ccGCTTAATTTTTTTTTGTGGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAt < 2:518190/289‑1 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑agcagc > 1:832675/1‑212 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATACGTTACTTTGTTTCGTCAAtgtg > 2:558484/1‑289 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtt > 1:1826087/1‑288 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtg > 1:658868/1‑289 (MQ=255)
cTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGAtgtg > 1:1737751/1‑289 (MQ=255)
tAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 1:1645246/289‑1 (MQ=255)
tAAGTTATTGTTGTTGGGGGCGGAAGGGATGCTGTATCCACGGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGtgat < 2:30440/289‑1 (MQ=255)
aTTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTtcg > 2:1096907/1‑273 (MQ=255)
aTTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTa > 1:464033/1‑288 (MQ=255)
ttgGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCaacaac < 2:1828797/203‑1 (MQ=255)
ttgGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCaacaac > 2:612740/1‑203 (MQ=255)
ttgGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCAATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACATAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCCCTCGCAGGTGTTTTTTGGATATGTGACGTTTTTTCGTCGATGTGTTGAGTATCACGctt > 2:1854464/1‑289 (MQ=255)
ggCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGttttttt > 1:1279710/1‑288 (MQ=255)
ggAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACg < 2:1231228/288‑1 (MQ=255)
ggAAGTGATGCTGGATCCACTGGCGCCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACg < 1:1800461/288‑1 (MQ=255)
aTGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATaa > 1:731207/1‑289 (MQ=255)
gctttttCCACGGGCCCCGGCTGCGCCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGTGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTACGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATaaaa < 2:1347960/283‑1 (MQ=255)
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tCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATg > 2:1482279/1‑288 (MQ=255)
ccgccgCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGac < 2:824821/289‑1 (MQ=255)
cgcgAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAattgat > 2:1123286/1‑188 (MQ=255)
cgcgAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAattgat < 1:1123286/188‑1 (MQ=255)
|||
AGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAA > CP042583/700500‑701046
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
