Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
735,375 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 735,375 | 0 | A | T | 99.1%
| 541.2
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/114); minor base G (1/1); total (116/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 735,376 | 0 | G | C | 100.0%
| 550.1
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/115); total (116/115) |
| * | CP042583 | 735,377 | 0 | T | A | 98.7%
| 537.3
/ ‑5.6
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/111); minor base G (0/3); total (116/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGAT > CP042583/735101‑735656
|||
ggggggcgTGTTGGCCGTGTTTATCGGGGGGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGGGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTAt < 2:1641513/285‑1 (MQ=255)
cgggcgTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTg < 1:1186429/288‑1 (MQ=255)
ggtggtTTGCGGTGTGTAGCGGGGTGGCGTTCGGGACGTTGCTGGGCTTACTCGCTGGATATTATGAAGGGTGGTGGGGTCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTCCTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCAGCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTg < 2:762326/284‑1 (MQ=255)
gtgtTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGTTCGGGACGTTGCTTGGCTTGCTCGCTGGTTTTTATGAGGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGcc < 2:504011/288‑1 (MQ=255)
gtTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTAtt < 2:1521126/271‑1 (MQ=255)
cGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttg < 1:1665738/289‑1 (MQ=255)
tGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 1:373740/288‑1 (MQ=255)
tGCGGCGATCGGGACGTTGCGGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 1:1788182/288‑1 (MQ=255)
cggcgATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg > 1:440340/1‑289 (MQ=255)
cggcgATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg > 1:1386880/1‑289 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:1816074/289‑1 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:299764/289‑1 (MQ=255)
gggACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACCGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATCTGACCGTTTTGTTGCGTCatat > 2:1053470/1‑287 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGAcc < 2:1618086/288‑1 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCg > 1:518043/1‑289 (MQ=255)
cTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGt < 2:1386880/288‑1 (MQ=255)
tGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTAGTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACTTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAACTCTTCATTGATGCCGCCACCAGCATTGGTTCCAACGAACTGACCGTTCTGTTGCCTCCTATCCTGTCTGGGACCGtcc > 2:1264901/1‑287 (MQ=255)
gCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGACACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCCGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTTCTTCATTTCCTGCCGTGGACCGTccct > 2:1822242/1‑289 (MQ=255)
gCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTctct > 1:778485/1‑289 (MQ=255)
cTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTctct > 1:1413373/1‑288 (MQ=255)
tCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGTGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGt < 1:866649/283‑1 (MQ=255)
tCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGTGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGt > 2:866649/1‑283 (MQ=255)
tattatGAAGGCTGGTTGGCGCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTGCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 1:164173/288‑1 (MQ=255)
tattatGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 2:1646821/288‑1 (MQ=255)
tattatGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 2:1570073/288‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGtttttaa > 1:860324/1‑286 (MQ=255)
gCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCa > 2:1342339/1‑288 (MQ=255)
tggtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCCTATCTTGCCTGGGACCGGCCCTGCTATCGTGGTGTTGTTCACCa > 2:1322371/1‑289 (MQ=255)
tggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGACACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCAAGCGCTATGACCGTTTTGTTTCGTCATATCCTACCTGGGACCGTTACTTCTATCGTGGTGtttttacagtttc > 1:1018360/1‑281 (MQ=255)
ggagtggCTGATCAGGCGCATTTGCGGTGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGCTCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGAATTGCTACCGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATgcg < 2:1003925/283‑1 (MQ=255)
tCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTTCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCAtt > 1:989363/1‑289 (MQ=255)
gcATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAATCAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTCTTGGTGCCAGCGATACGACCGTTTTGTTGCTTCATAGCCTCCCTGGGACGGTCCCTTTTATCGTGGTGTTTTTCACCCTGCTCATTGGTatcccgctta > 2:833249/1‑279 (MQ=255)
aTTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtct < 2:1430745/289‑1 (MQ=255)
tttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttg < 2:1266729/212‑1 (MQ=255)
ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCTTATCCTGCCTGGGACCGTCGCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGGACCTCGATTAtc > 1:1255841/1‑286 (MQ=255)
ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtc > 1:1714473/1‑286 (MQ=255)
ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtc > 1:1655437/1‑286 (MQ=255)
ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtc > 1:1644765/1‑286 (MQ=255)
cTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 1:402640/203‑1 (MQ=255)
cTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt > 2:402640/1‑203 (MQ=255)
tttGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTc > 1:735312/1‑288 (MQ=255)
ttGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGTTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGCTTATCCCTTCCGCCAGtctct > 2:322723/1‑287 (MQ=255)
tCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctcatttc > 1:1486075/1‑281 (MQ=255)
tACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTgc > 2:1028225/1‑289 (MQ=255)
ggCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAg < 1:499383/289‑1 (MQ=255)
tCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgc < 2:1714473/288‑1 (MQ=255)
tCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgc < 1:914832/288‑1 (MQ=255)
cGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGccgccg > 1:153755/1‑289 (MQ=255)
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tATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCAGGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTGGTTGGGCGAt > 1:851336/1‑289 (MQ=255)
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GGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGAT > CP042583/735101‑735656
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
