Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
735,375 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 735,375 | 0 | A | T | 99.0%
| 482.5
/ NA
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (97/107); minor base G (0/2); total (97/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 735,376 | 0 | G | C | 98.5%
| 476.9
/ NA
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (95/108); minor base A (2/1); total (97/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 735,377 | 0 | T | A | 99.0%
| 472.2
/ NA
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (96/106); minor base G (0/2); total (97/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGAT > CP042583/735096‑735656
|||
gggcgTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTgg < 1:68193/288‑1 (MQ=255)
gtTTGCCGTGTTTATCGGGGCGGGGATCGGGACGTTGCTGGGCTGGCTCGCTGGATATTATGAGGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAg < 2:606929/288‑1 (MQ=255)
tGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgttg > 2:482325/1‑289 (MQ=255)
tGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 1:525062/288‑1 (MQ=255)
tGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 1:22121/288‑1 (MQ=255)
cggcgATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg > 1:1433103/1‑289 (MQ=255)
cggcgATCGGGACGTTGCCGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGcc > 1:1141945/1‑266 (MQ=255)
cggcgACCGGGACGTTGCTGGGCTTGCCCGCTGGCTATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCAGGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGAGCGCCGTTGTTCCGGTGTTGGGACGCGGCATTGCTAAAGTGCTTATTGCACTCGCCATTCTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTCCGCGGACACACGCTGGTGTGGAA‑ACATCGTACCTTGATGGAGTATGCACGCAGTATTCGTTAAACCGATTTGACCGTTttgctacg > 2:1082442/1‑284 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:1010894/289‑1 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:994295/289‑1 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:967866/289‑1 (MQ=255)
cGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:1702071/289‑1 (MQ=255)
gggACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg < 1:133071/281‑1 (MQ=255)
gCTGGGCTTGGTCGCTGTTGTTTCTGAAGGCTGGTGGGATCTGCGGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTggg < 2:570107/289‑1 (MQ=255)
gCTGGGCTTGCTCGCTGGTTATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTggg < 2:385879/289‑1 (MQ=255)
gCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCTTGCCTggg > 1:625872/1‑289 (MQ=255)
gggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGAcc < 1:1043252/289‑1 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGCTATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATACCCTGCCTGGGACCg > 2:140076/1‑289 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTTGTTCCAGCGATATGACCGTTTTTTTGCATCATTCCCTTCCTTGGACCg > 2:665509/1‑289 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg < 1:1747321/269‑1 (MQ=255)
ggCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCg > 2:1747321/1‑269 (MQ=255)
ttattatGGAGGCGGGTGGGGTCGGGTTATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTGTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGGTATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 2:1663240/288‑1 (MQ=255)
tgttagcaaGGCTGTTGGGATCTGCTTGTGTTGCGTGTTTGCGTTGTGCTGTTTGCCTTCCCGGTTATTGTCCAGGTGATAGCTGTTGTGTCGGTGTTGTGAAGCGGCATTGCTAACTTGATTATTGCATTCGCCATTTTTTCCAGCCCCGCGTTTGCCCGCCTCGTGCGCGGCAACACTCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACTCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 2:1673625/281‑1 (MQ=255)
tattatGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCgtg < 1:799189/288‑1 (MQ=255)
aGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCCTTTCCTTCGTGGCGttttt > 2:1414707/1‑288 (MQ=255)
aGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACAGTTTTGTTGCGTCATAGCTTGCCTGGGACCGTCTGTTCTATCGTTGTGtttttt > 2:799189/1‑288 (MQ=255)
gCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCa > 1:1712589/1‑288 (MQ=255)
ggtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTggg < 2:1133738/257‑1 (MQ=255)
ggtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTGAc > 1:1820064/1‑286 (MQ=255)
ggtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCAt > 1:786430/1‑289 (MQ=255)
gtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGCAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTTCCAGAGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATAGCCTGCCCGGGTCCTGCTCTTCGATCGTGGTGttttttccctgt > 2:1109550/1‑282 (MQ=255)
gtggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGcc > 2:1010394/1‑217 (MQ=255)
tggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCGGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATg < 1:1706539/288‑1 (MQ=255)
tggGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATg < 1:1547762/288‑1 (MQ=255)
tCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCCTTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTTCTTCATATCCTGCTCGGGACCGTCTGTTCTATCGTGTGGTTTTTCACCATGCGCAtt > 2:1272461/1‑289 (MQ=255)
tCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGa > 1:1075091/1‑221 (MQ=255)
tCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGa < 2:1075091/221‑1 (MQ=255)
ggCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTttgtt < 2:1564449/229‑1 (MQ=255)
aTCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATc < 1:894592/234‑1 (MQ=255)
gcgcATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTAGCGTGGTGTTTTTCCACATGCGCCTTGGTAcatcgatt > 2:908539/1‑282 (MQ=255)
tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1003235/1‑288 (MQ=255)
tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1920366/1‑288 (MQ=255)
tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAAAACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1478600/1‑288 (MQ=255)
cTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATgcg > 1:1460777/1‑257 (MQ=255)
cTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATgcg < 2:1460777/257‑1 (MQ=255)
tGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctca > 2:1813467/1‑286 (MQ=255)
gCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCa < 1:1807516/166‑1 (MQ=255)
cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTTTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTTAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCCCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGGACGTCGATTATCTCTGCCGCCAGccccccatt > 1:633070/1‑281 (MQ=255)
cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGcc < 2:1759219/175‑1 (MQ=255)
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tcgttgtttttGCATTTGTCATTTTTTCCATCCCCGGTTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGAAAAACGCTGGTGTTGTA‑ACAGCAACACTTTATTGGGTCAGCCCGCAGTATTGGTGCCAGCGTTATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCg < 2:633070/280‑1 (MQ=255)
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aTCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCAGGCGGATAGGGTTTTTGCGCCGCATGTc > 2:1156840/1‑288 (MQ=255)
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gaccacggtgtgtTGAACACAGCAAACTTTTTTTGCTGCGGCACGCTGTTTTGGGTCCAGCGTTTTG‑CCCTGTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTAGCTATTTTTCTg < 2:45371/279‑1 (MQ=255)
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aaCCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCTGCGCATGTCGCTGGTTTTTCGGCCCTGGCTATTTTTCTTACCGTACTGGCCGTCAATttgttg > 2:1224126/1‑289 (MQ=255)
|||
CTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAA‑ACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGAT > CP042583/735096‑735656
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A