Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
758,872 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 758,872 | 0 | A | T | 99.6%
| 553.4
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/124); minor base C (1/0); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 758,873 | 0 | G | C | 99.2%
| 542.7
/ ‑2.4
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (110/123); minor base A (1/1); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 |
| * | CP042583 | 758,874 | 0 | C | G | 99.6%
| 552.7
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/124); minor base T (1/0); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758593‑759152
|||
aTCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCg > 1:1054424/1‑286 (MQ=255)
aTCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGCATCCCGTTCGtac > 1:1309244/1‑287 (MQ=255)
tCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGGCGCGCCCGGAAAAAATCATTCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTg > 2:1739822/1‑289 (MQ=255)
tCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTg > 1:765599/1‑289 (MQ=255)
tCCAACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCCCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCCCCCGCCAATGGTTGTAACTTCCCGGTGGGGGAGGTGATACACAGTGCCTATCT‑TCGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTctgct > 2:1591381/1‑284 (MQ=255)
cGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGaa > 1:555261/1‑289 (MQ=255)
ccGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 1:1464780/289‑1 (MQ=255)
tgtggccccGATTTTTTTGGCGCGGTAAACGCCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTGGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAg < 2:142903/281‑1 (MQ=255)
cgcCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTTGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTGACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACAGTGCCCATCTGGGGCAACGTTCGGGT‑TATCCCGATGTTCTGAAAAGTGGGGAgatgaat > 2:654839/1‑287 (MQ=255)
cgcCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGAtt > 2:588266/1‑289 (MQ=255)
ccGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAACAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACCTTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTAGCACGGTCGTCTGACACGTGGGCAGATGATTAg > 2:1127293/1‑289 (MQ=255)
aaTTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAgcg > 1:1006970/1‑288 (MQ=255)
aTTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGcc < 1:506884/289‑1 (MQ=255)
tATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAg < 1:1029418/289‑1 (MQ=255)
ctcggTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACaa > 1:1277467/5‑289 (MQ=255)
ctcggTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACa < 1:1200310/284‑1 (MQ=255)
tcggTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACaaa > 1:1680443/4‑289 (MQ=255)
tCTGTGAAGGCGTACGCAAAGAGCGTCAGGAAGATTGGCAGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGGGCATG‑CATTGAAAGACGACGCGGATGCCTCGGTGGACGATAACGGGCCGGTACATGGGGGGCTGCGCCCGGAAAGAAGCAGGGTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATAGTTGTAGCTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatc < 2:838368/288‑1 (MQ=255)
tttGAAGGCGTACGCAAAGGGCGGCAGGAAGCTGGCCTGGTGCTGGATTAGCCGGTGCTGGTGCATC‑CCCTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGGGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgtc < 2:1776644/289‑1 (MQ=255)
tgggaGGCGTACGCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGGGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACAGGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgtc < 2:1232802/284‑1 (MQ=255)
cggTACTCAAAGAGCGTCAGGCAGAGGGCCTGTGGCGGGATTCGGTGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTa < 2:1208138/286‑1 (MQ=255)
cGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTaaa > 1:1826283/1‑289 (MQ=255)
gTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCGGCGCCCGGCAACAATCATTCTTTGCGCACAGCCGCCCGCCAATGGCTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTCTCACGTTCGCCTGAACAGTGGGCAGATCATCAGCCCCCAGCTCCCACACGCCcatcgtcaccgcaca > 2:90329/1‑284 (MQ=255)
cAAAGTGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTGGATTCGCCGGGGCGGGTGCATC‑CACTGAACGTCGAGGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTa < 2:1005579/289‑1 (MQ=255)
gCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGGTCGTCTGAAAAGTGGGCAGAGTATTAGCCCCCAGCTACAAAACGCCCATCGCCATCGTAAAGGGTTACCgcc > 2:1695620/1‑286 (MQ=255)
tCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTgg > 1:423231/1‑289 (MQ=255)
tCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGACTCGCCGGGGCTGGCGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGGAAAGGGTTACCGACCTgg > 1:1456572/1‑289 (MQ=255)
cAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTggg < 1:376342/289‑1 (MQ=255)
aaGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGc < 1:216422/287‑1 (MQ=255)
tGGCCGGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGGGAATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGGTGCCTCGGTGGTCGATAGCGGGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGcgacga < 2:1073025/288‑1 (MQ=255)
ggCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAg < 1:268325/289‑1 (MQ=255)
ggTGCTTGATTCGCCTGGGGGGGTGGATA‑CACTGAAAGGCGACGCGGATGCCTCGGGGGTCTATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGGGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTTATACACATTGCCTATCT‑CGGAGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATAGTCATCGTAAAGGGTTGCCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGt < 2:769765/289‑1 (MQ=255)
gTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGt < 2:79099/288‑1 (MQ=255)
gCTTGATTCGCCGGGGTTGGTGCATC‑CACTGCAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGttt < 1:1356613/288‑1 (MQ=255)
gCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGttt < 1:1256828/288‑1 (MQ=255)
gCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGttt < 1:940828/288‑1 (MQ=255)
gttggccGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTAGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGGGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACGTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCt < 2:1318042/283‑1 (MQ=255)
gccGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTCTCT‑CGGCGATCTTTCGGGGTATCACGTTCGTCTGAAAATTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAACACGCCCATCCTCATCGTAAAGGGTTAACGACCTGGGGGGACGACGGGCGTTTGTCTTGGGaa > 2:154235/2‑289 (MQ=255)
gccGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGaa > 1:521546/2‑289 (MQ=255)
ggCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTgg > 1:606234/1‑288 (MQ=255)
gCTGGTGCATC‑CACTGCAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGa < 1:547126/288‑1 (MQ=255)
gCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGa < 1:908967/288‑1 (MQ=255)
ggTGCATCACAC‑GACAGTCGACGGGGATGCTGCGGTGGTCGTTACCGGTCCGGCACATGGGGAGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGGGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAg < 2:1553563/288‑1 (MQ=255)
ggtgcgtccgcgtgaaGTCGCGGCGGATGCCTAGGTGGTCGATAACGTGCCGGTAACTGGGGCGCTGCACCAGTCCCCCCTCCTGGTTGGCGCTCCCCCGCGCTCCCCTTTTTTTCCCTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCCCGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAg < 2:1651730/274‑1 (MQ=255)
aCTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCt < 1:1235736/266‑1 (MQ=255)
aCTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCt > 2:1235736/1‑266 (MQ=255)
tGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCCATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCCTTCGGAGTTTCACGTTCGTCTGACAAGTGGGCAGATGGTTAGCGCCCAGCTACCAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGATACCGGCCTGTGGTGACGAACTTGCTGTTTGCGGTGAAGTGGACCGCtagttggtggt > 2:1865622/1‑279 (MQ=255)
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|||
ATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATC‑CACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCT‑CGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758593‑759152
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A