Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
758,872 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 758,872 | 0 | A | T | 98.9%
| 620.6
/ ‑6.2
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (128/136); minor base C (3/0); total (132/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 758,873 | 0 | G | C | 98.9%
| 609.0
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (127/135); total (132/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 758,874 | 0 | C | G | 99.2%
| 619.5
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/135); minor base T (2/0); total (132/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758596‑759152
|||
cGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGtt < 2:195975/289‑1 (MQ=255)
aTCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTACACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCt < 1:1713324/289‑1 (MQ=255)
tCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTg > 1:1883695/1‑289 (MQ=255)
ccGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGCTAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGATGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGCGGTGGTACACATTGCCCATCTCGGCCA‑T‑CTTTCGGTTTATCACGTTCTTCAGa > 2:1027700/1‑289 (MQ=255)
cTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGaaaa < 1:2047685/288‑1 (MQ=255)
cgcgtttaGTGCCGAATTTATTGGCTCGGTAACGGGCTTTGAGGGCGTACTCAAAGAGGGTCAGGGAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCATTGAAAGTGGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 2:1178852/283‑1 (MQ=255)
ccccTATAGCGCCTAATTTATTGGTGCGGTAACGGTCTTTGAAGGCGTACTCAAGAAGCGTCAGGAAGATGGCCTTGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 2:36393/286‑1 (MQ=255)
ccGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 2:128366/289‑1 (MQ=255)
gCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTAGCACGTTGGGCTGAAAAGTgggaa > 2:374660/1‑287 (MQ=255)
gCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATGGCCTATCTGGGCCA‑T‑CTTTCGGTGTATCCCGGTCGTCTGAAAAGTGGGCa > 2:1831280/1‑289 (MQ=255)
cgcCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGCTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGC‑A‑CTTTCGGTATATCACGTTCGGCTGAAAAGTGGGCAGATGAtt > 2:1813567/1‑289 (MQ=255)
aaTTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAgag > 1:1797715/1‑286 (MQ=255)
ttATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCa < 2:1146293/289‑1 (MQ=255)
tttGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgtc < 1:758433/289‑1 (MQ=255)
tttGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgtc < 1:1870505/289‑1 (MQ=255)
gtggAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAGGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTGGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgtc < 2:1761827/286‑1 (MQ=255)
gTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAg > 1:625510/1‑289 (MQ=255)
gTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAg > 1:526765/1‑289 (MQ=255)
tACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACCCATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTCCGTTGGAAAAGTGGGCAGATGGTTAGCGCCGAGCTCCAAAACGCCCATCGTCATCGTAGAgg > 2:532618/1‑289 (MQ=255)
cAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTa < 1:1761589/289‑1 (MQ=255)
aaggggggTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCGAGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCGCGGTGGTCTATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCGGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGGGCCGCCCGCCAATTGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTAc < 2:1232368/282‑1 (MQ=255)
cGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCTGGTACATAAGGCGCTGCGGCCGGAAAAAATCGTGCTTTGCGAAGAGCAGCCCGAAAATGGTTGTAACTTCGCGGGGGGGGATGAGATCAACATTGCCTATCTCGGAGC‑A‑CTATTGTTGTATCACGTCCGTCTGAAAAGTGGGAGTGTGATTAGCGCTCAGCTACAAACCGCACACAGTACTCGTAAGGAGTTaagtaccg > 2:839080/1‑282 (MQ=255)
cGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATGACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACTCCAATCGTCATCGACACGGGTTaacaa > 2:473122/1‑282 (MQ=255)
cGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGa > 1:2004372/1‑286 (MQ=255)
tCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGCAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACGTCGCGGTGGGCGAGGGGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGGCCAGCTACAAAACGCCTCTCGTCATAGGAAAGGGTTACCGCCCAgg > 2:489665/1‑289 (MQ=255)
tCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACACAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCgcacggg > 2:502148/1‑283 (MQ=255)
tCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTgg > 1:785803/1‑289 (MQ=255)
aGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTAc < 1:1918170/275‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGTGCTTGATTCGCCGGGGCGGGTGAAGACACTGAAAGTCGCGGCGGATGCCTAGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGcgacg < 2:849847/288‑1 (MQ=255)
aTGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCTATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 2:876432/221‑1 (MQ=255)
aTGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATATCGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATTCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCAAATGGTTGTAACTTTGCGGTGGGGGCGGTGATACCCATTGGCTAGCTCGGCGATT‑CTTCGGGT‑CATCACGTTCGTCTGCAACGTGGTCACATGATTACCACCCACCTCAAACACGCCCCTCCTCATCGCAATGGGCTAACCACCTgggtgagccc > 2:2139487/1‑282 (MQ=255)
tGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCg > 2:777250/1‑289 (MQ=255)
ggTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGt < 1:591175/289‑1 (MQ=255)
ggTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGt < 1:473122/289‑1 (MQ=255)
gCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGttt < 2:576531/288‑1 (MQ=255)
tgattcgccGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCCGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGACCATCGTAATCGTAAAGAGTTACCGACCGGGGTCGACGAAGTGCGTTtgtg > 2:1107616/8‑288 (MQ=255)
tcgccGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTggg < 1:1602786/286‑1 (MQ=255)
gccGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGGGTATCACGTTCGGCTGACAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCACTCGTCATAGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGGTTGTCCTGGGaa > 2:1602786/2‑289 (MQ=255)
ggggCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTg < 1:1167029/289‑1 (MQ=255)
ggCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTgg > 2:1478460/1‑288 (MQ=255)
gTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCcatcgt > 1:1123874/1‑228 (MQ=255)
aTCCACTGAAGGTCGCAGCGGATGCCTCGGTGGTCAGTAACGGGCCGGTACAGTTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCtgtg < 2:625510/288‑1 (MQ=255)
aTCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCtgtg < 1:1478460/288‑1 (MQ=255)
tCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTTGGGGAGGTGATAAACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGGGTCTCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCGCAGCTACAAAACGCACCTCGTCATCGTAAAGGGTTCACGACTCGGGGCCACGACGCGAGTCTGTACAGTACAGTGGACAgagttggg > 2:234500/1‑282 (MQ=255)
tCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACCTTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGCAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACAGACCTGGGGCGACGAAGCGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCtgtgtg > 1:983579/1‑289 (MQ=255)
gAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTg > 1:807692/1‑289 (MQ=255)
gACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGttt > 1:1362926/1‑289 (MQ=255)
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aaaaTCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGTCGAAACCGCCGGGCGGAt < 2:290799/289‑1 (MQ=255)
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tcGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGTCGAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGTCGCAGCTGCAAATGAAGCa > 1:214260/1‑247 (MQ=255)
|||
TACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758596‑759152
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A