Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
761,556 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 761,556 | 0 | A | T | 100.0%
| 658.5
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (141/136); total (141/136) |
| * | CP042583 | 761,557 | 0 | G | C | 99.3%
| 651.9
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/134); minor base A (0/2); total (141/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 761,558 | 0 | T | A | 99.6%
| 654.1
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (140/135); total (141/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTG > CP042583/761284‑761837
|||
ccTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAgg > 1:504694/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCCCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAGGGGtgt > 2:1903579/1‑287 (MQ=255)
gcAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGA‑CTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat < 1:666610/289‑1 (MQ=255)
cAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGGTGGGAAGATCAATGTATGTAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTCCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGGTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat > 2:612110/1‑289 (MQ=255)
cAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat > 2:233762/1‑289 (MQ=255)
cAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat > 1:936096/1‑289 (MQ=255)
aGAAGCTGCAGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat < 1:825505/288‑1 (MQ=255)
aGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaata < 2:936096/286‑1 (MQ=255)
cTGCCGGTTTTGCTCATCCTGTTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGGGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGc < 2:314056/288‑1 (MQ=255)
cTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGc < 2:1364640/288‑1 (MQ=255)
cTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTGCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGACCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGc < 2:201964/288‑1 (MQ=255)
tGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCa < 1:1163502/289‑1 (MQ=255)
cGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAGTTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCaaaa < 2:170562/289‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATCAAGCCAAAATTGTGGTGAGTg > 1:996122/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtggtgtgtggttgtagc > 2:1539803/1‑277 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGt > 2:1488528/1‑289 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGt < 2:715765/289‑1 (MQ=255)
gttccctcgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCa < 2:366124/280‑1 (MQ=255)
gttccctcgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTAAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCa < 2:377654/280‑1 (MQ=255)
tccctcgaCCGGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTGTAATCGTCGCCCCTGGTGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACt < 1:1910669/282‑1 (MQ=255)
tccctcgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAg > 1:683686/8‑237 (MQ=255)
tccctcgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAg < 2:683686/230‑1 (MQ=255)
ctcgaCCAGTCGGTGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCt < 2:74925/285‑1 (MQ=255)
ctcgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCt < 1:1653026/285‑1 (MQ=255)
cgcccggtgagcggTTCTTCAAGTGGCAATAATGTGTATAATCGTCCCCCCGGATGATGTGACGGTAAATGTATGCAGTTCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCg < 2:1084532/279‑1 (MQ=255)
ttcttcCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATcgc > 1:1351478/1‑289 (MQ=255)
tGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTCAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGCGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATCAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGTTAGCGTTGAAAAAGCACTGTCCGGTCTGCTGCATcgcgcaggccaa > 2:766842/1‑280 (MQ=255)
tGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGca < 2:511328/286‑1 (MQ=255)
tGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCacac < 1:1367558/289‑1 (MQ=255)
ataatGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCaga < 2:530480/289‑1 (MQ=255)
aatGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCagaag < 1:233762/289‑1 (MQ=255)
tcgtcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGca > 1:515732/1‑269 (MQ=255)
tcgtcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTtgtg > 2:1204371/1‑287 (MQ=255)
tcgtcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTtgta > 1:1824611/1‑286 (MQ=255)
gtcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACt > 2:1468757/1‑288 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACCCCAGAAGACCTTTTTGACtc > 2:1386433/1‑287 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACtt > 1:538826/1‑287 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:1123100/1‑288 (MQ=255)
cgCCCGTGCTGCTGTGGAGGTCTATGTATACAGTGCGCACGTTACGTCGCCGGCCGCAGTCGTTCCTGTGATGGGAGACTGCGCCCGATTCCGGAGTAACTCTCCGCTAAATCCGCCGATCTTAAATATCTGCGCGCCGACTTTCCGGTTGAGGATTGGTGCGGGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGAGCTTTGTGGCTGc < 2:705391/288‑1 (MQ=255)
cgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATTGATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGc < 1:1859595/288‑1 (MQ=255)
cgCCCATGATGATGGGAATGTCACTGTATGCAGGTCGCCCTTTCCGACGCGGTCCGCTGTCGTTCTTGACAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTACGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGc < 2:333312/288‑1 (MQ=255)
ccTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCt > 1:994138/1‑289 (MQ=255)
cTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCtt < 1:1008172/289‑1 (MQ=255)
tgatgaTGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCttt > 2:1298831/1‑289 (MQ=255)
atgatgTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCt < 1:274266/234‑1 (MQ=255)
atgTGAAGGTCAATGGAGGCAGGCGGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATcc < 2:1520542/288‑1 (MQ=255)
gtgAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCTCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTACTAAAGCTCAAATGGCGGTGAGTGGTAGCGTGAAAAAACCACTGCTCGTTATGCTGCTTCGCTATGGCACACCAGACGACCTGTGAGACTACACGTGTTATCCtc > 2:1621520/1‑287 (MQ=255)
ggTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGcctcat > 1:1075812/1‑285 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
