Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
761,556 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 761,556 | 0 | A | T | 99.1%
| 825.6
/ NA
| 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (182/165); minor base G (1/2); total (186/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 761,557 | 0 | G | C | 99.4%
| 824.9
/ NA
| 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (183/167); minor base A (2/0); total (186/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 761,558 | 0 | T | A | 99.7%
| 841.7
/ NA
| 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (185/167); minor base C (1/0); total (186/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTA > CP042583/761277‑761834
|||
aTGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGttt > 2:450860/1‑289 (MQ=255)
gcAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGCAGCATTGTGCGCGCCGGGTGA‑CGGCCCCGAACAAGGGGTTCGtaa > 2:1343434/1‑289 (MQ=255)
gaagtGCCGGTTATTCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGAAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaataa < 2:1428521/284‑1 (MQ=255)
aGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaata < 1:1516781/286‑1 (MQ=255)
gCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATggtggt < 1:1091109/289‑1 (MQ=255)
cTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGgtggtg < 2:605566/289‑1 (MQ=255)
ccTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTgg < 2:1837623/289‑1 (MQ=255)
aTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGc > 1:1302525/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCCCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTTAGTGGTAGc > 2:1536643/1‑289 (MQ=255)
ctgTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGaa > 1:889505/1‑289 (MQ=255)
ctgTTCGTTCACTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTAGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAGGGAGGGGAGTGGTAGCGTTGaa > 1:1544654/1‑289 (MQ=255)
cgaCCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCg < 1:450860/287‑1 (MQ=255)
ccAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGACGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTa < 1:304876/289‑1 (MQ=255)
gTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGGGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAACACACTGCTCGGTAt > 2:1860863/1‑287 (MQ=255)
cttcCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGTGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTATCGTTGAAAAACCACACCTCGGTATGCTGCAACTCGa > 2:1655326/1‑289 (MQ=255)
ccAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATgg < 1:123792/289‑1 (MQ=255)
tGCAATAATGTGTATAAGCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATTCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGca < 1:1001316/286‑1 (MQ=255)
tgtgTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCagaag > 2:923960/1‑287 (MQ=255)
tataATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCttt > 2:1670720/1‑289 (MQ=255)
tataATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCttt > 1:1500978/1‑289 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:274412/1‑288 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:1851931/1‑288 (MQ=255)
tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:979203/1‑288 (MQ=255)
cgCCCCTGGTGATGTGGAGGTAAATGTTGGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAGCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGcc < 2:557045/289‑1 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCa < 2:694849/236‑1 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGccc > 1:1925867/1‑289 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGcc > 1:1263644/1‑288 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGcc > 2:492318/1‑288 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGCAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGcc > 2:1762114/1‑288 (MQ=255)
gCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGCTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCg > 1:708784/1‑243 (MQ=255)
tgatgaTGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCttt > 2:1224022/1‑289 (MQ=255)
gatgTGAAGGTCACTGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATcc < 1:1742840/289‑1 (MQ=255)
gtgAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑ACAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGATCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCACGCTTTATCCTg > 1:327185/1‑288 (MQ=255)
aaGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTTTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCAATGCCCGGTCGGCTGCAGCCCGATGGCACACACGAAGACTTTTGTGACTGCCCGCTTTAACCTTccca > 2:865762/1‑287 (MQ=255)
tGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAATCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGGGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 2:29866/1‑288 (MQ=255)
tGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 1:1573262/1‑288 (MQ=255)
tGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTTGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCCCCCGt > 1:95451/1‑289 (MQ=255)
gCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGtt > 1:647983/1‑289 (MQ=255)
tGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGttttt > 1:799159/1‑288 (MQ=255)
tGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGttttt > 1:1758493/1‑288 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGttt < 1:1218430/158‑1 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc > 2:1881469/1‑289 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc > 2:1742868/1‑289 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc > 1:823584/1‑289 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc < 1:1670720/289‑1 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAAACCTTTGTTACTGCCCGCTTTCTCCTGCCTCATTTGCGACCGTTTTGgc > 2:900023/1‑289 (MQ=255)
cgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATcgc > 1:1471439/1‑223 (MQ=255)
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gcgcC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTa < 1:608891/288‑1 (MQ=255)
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TCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTA > CP042583/761277‑761834
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A