Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
828,582 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 828,582 | 0 | A | T | 99.1%
| 531.4
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/114); minor base C (2/0); total (113/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 828,583 | 0 | G | C | 99.1%
| 533.3
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (113/112); minor base T (0/2); total (113/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 828,584 | 0 | T | A | 99.6%
| 536.5
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/112); minor base G (0/1); total (113/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGGTGATAGCCAGAAACGGCAAAGCGATTCTCTATGACACAGGACTGGCCTGGCCTGAAGGGGATAGTGGGCAACAACTGATTATCCCCTGGCTCCACTGGCATAATCTTGAA > CP042583/828303‑828860
|||
aaCTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATg > 1:173665/1‑289 (MQ=255)
gggAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGt > 2:777508/1‑287 (MQ=255)
gaatccatattCTGCTTATGCCCTTGAAAATCGTCATAGTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCt < 2:609220/279‑1 (MQ=255)
cacaCTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGTCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTTAATGTGTGCAATGGCTATCATTTTCCTCATTGTTCTTACtt > 1:713037/1‑288 (MQ=255)
aTGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGAt > 1:177118/1‑289 (MQ=255)
gCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTa > 1:860723/1‑289 (MQ=255)
cGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGTTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAAc > 2:391159/1‑289 (MQ=255)
tGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGAGTAAACg > 1:936927/1‑288 (MQ=255)
cGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGa < 1:379663/289‑1 (MQ=255)
tCATATTTCATGGCATTGTTCTGAGCGTGTTTCTTGCAAATCTATTAGCAATTCCCGTGGTGACAGTTATCACGGTTCCGTTGTTCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAAc < 2:1604006/289‑1 (MQ=255)
cATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTATTGCCGTCCGGTCTTTGGCATTACTTTTCTGGGGGTTAAAGTGTTTGCCGGAAGGGTGGACCAATATTGCTGAATGTTGGCACTGGACACCATTTTCCCCATGTTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACTCTTGGAGAACg > 2:810286/1‑289 (MQ=255)
tGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAAGGCCTTGCGAACGTTTCCAGCa > 2:925195/1‑289 (MQ=255)
tGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCa < 1:583323/289‑1 (MQ=255)
tGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCa > 1:1705965/1‑289 (MQ=255)
tGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTCACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCa > 2:1356360/1‑289 (MQ=255)
ggCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCaa > 2:1637259/1‑289 (MQ=255)
tAGTCTGACTTCTTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCCCGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAAtgtgt < 1:1453988/289‑1 (MQ=255)
acctcgtttATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTg > 1:1166928/7‑289 (MQ=255)
acctcgtttATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGGGGCTg > 1:1273617/7‑289 (MQ=255)
acctcgtttATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGAGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTg > 1:1298168/7‑289 (MQ=255)
cctcgtttATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTgg < 1:1500906/284‑1 (MQ=255)
tcgtttATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAg < 1:1589542/286‑1 (MQ=255)
ttGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:157154/289‑1 (MQ=255)
aaTCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGAtgt > 1:1666438/1‑289 (MQ=255)
aaTCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCATGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGGGGCTGGAGGCTTGCTGAtgt > 2:1129982/1‑289 (MQ=255)
aaTCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTCGAGCAAGGGCTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTACAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCCCAATTGCTGAATTTTGGCAATGGCTAGCATCTTTCCCATGGGTCTTACTGGTGGTATTGCCATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCCGTGTGTGTGGCCGGAGGCTTGCTGAtgt > 2:1378561/1‑289 (MQ=255)
ttAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTCATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGACGGGTGGATCAACATTGCTGAAGGTTGGCAATGTCTATCATTTTCGCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAACCGCCTGGCGACCGTTGCAAGCAATGTGTGCGGCGTGAGTCTTGCTTATGTGCTgg > 2:83597/1‑288 (MQ=255)
ttCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAg > 1:10464/1‑264 (MQ=255)
ttCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCtgtg > 1:109855/1‑289 (MQ=255)
ttCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCtgtg > 1:576837/1‑289 (MQ=255)
tCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:764126/1‑289 (MQ=255)
ggTGACATTTATCACGGTTTCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCaaaa > 1:1685318/1‑288 (MQ=255)
ggctttattcaggattCCGTTGATCCCCGCGGCGATGGTTGTGCGTTTAAGCGGGCCGTTATTCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGGTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCTCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAAcc < 2:1729993/274‑1 (MQ=255)
aTTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGTCCGCTGTGGCAAAAACCTCg > 1:978867/1‑288 (MQ=255)
aTTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCg > 1:882714/1‑288 (MQ=255)
ttATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCACTGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGTTATGGTGATTAAACGCCTGGCGAAAGTTGCCAGCACTGTGCGTGGCTGGTGGATTGATGATGTGTTGGCCGTTGTGGGaaaacacatgca > 2:1708187/1‑280 (MQ=255)
ttATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCCAAAACCTCGa > 2:1203081/1‑287 (MQ=255)
tattaatggTTCGCTTGTTCCTGGCCGCGATGGTTGTGCGTTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGAcc < 2:904970/282‑1 (MQ=255)
gTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCAGCTGTGGCAAACACCTCCACCttaggcgt > 2:441386/1‑282 (MQ=255)
ttCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTCAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGt < 1:1065522/288‑1 (MQ=255)
ttCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGt < 1:1024418/288‑1 (MQ=255)
ttCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGt < 1:1414373/288‑1 (MQ=255)
tCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTgg < 2:1031675/289‑1 (MQ=255)
gtttgtacTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGGGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAg < 2:170226/282‑1 (MQ=255)
aTCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGt > 1:1852026/1‑289 (MQ=255)
ccTCGCCGCGATGGTTGTGTATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTAc < 1:1523220/289‑1 (MQ=255)
ccTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAg < 1:64644/283‑1 (MQ=255)
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gCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAACCCTCGAGCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGGTGATAGCCAGAAACGGCCAAGCGATTCTCTATGACACAGGACTGGCCTGGACTGAAGGGGATACTGGGCAACCACAGATTAATCCCTGGCTCCACTTGCAGAATCTTTaa > 2:321493/1‑289 (MQ=255)
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CTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGGTGATAGCCAGAAACGGCAAAGCGATTCTCTATGACACAGGACTGGCCTGGCCTGAAGGGGATAGTGGGCAACAACTGATTATCCCCTGGCTCCACTGGCATAATCTTGAA > CP042583/828303‑828860
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
