Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
831,827 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 831,827 | 0 | A | T | 99.1%
| 507.3
/ NA
| 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/111); minor base G (1/1); total (108/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 831,828 | 0 | G | C | 99.6%
| 512.1
/ ‑5.3
| 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/112); minor base T (0/1); total (108/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
| * | CP042583 | 831,829 | 0 | C | G | 99.6%
| 517.5
/ NA
| 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (108/112); total (108/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACG > CP042583/831547‑832102
|||
attgtcggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGAt > 1:386708/8‑289 (MQ=255)
ggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGGGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTa > 1:373115/2‑289 (MQ=255)
ggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTa < 2:1345438/288‑1 (MQ=255)
aTACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCg > 1:811001/1‑288 (MQ=255)
aGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGgt < 2:1132166/289‑1 (MQ=255)
caGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTc > 1:520003/1‑288 (MQ=255)
gatgaACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGc < 1:720397/288‑1 (MQ=255)
gaACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTg < 1:1350339/289‑1 (MQ=255)
aaCCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGa > 1:267051/1‑289 (MQ=255)
tgtgTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGCGCGGGGCGCTGAAAGTCGGTTGATTCGGTAATCGTCAACGGGGGTTGTCCTCCCAGGGGTTaact > 2:1417400/1‑286 (MQ=255)
tgtTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTACAGTCGGTTGATGCGGTAATGGTCAACGGCGGTGTCCCTCTCAGCGGCGAAATcc > 2:575760/1‑288 (MQ=255)
tgtTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATcc > 1:1121612/1‑288 (MQ=255)
gtTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATccc < 1:73377/288‑1 (MQ=255)
gtTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATccc < 2:386708/288‑1 (MQ=255)
gcactggtggcgcTGTTGCGTGTTCTCCCGTTGGTTTGGAGAGGGTAAAAGCCATTCGGGCAGAACACCCTGATGTGCAGAGCATCGTAACCGAAGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCGATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGcc < 2:1434747/277‑1 (MQ=255)
gCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGcc > 1:798172/1‑289 (MQ=255)
tGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCggg > 1:901244/1‑288 (MQ=255)
gATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTc > 1:492666/1‑289 (MQ=255)
gATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATACTGGCCCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCCACGGCGGTGTCTCTCTCAGGGGTGCCATGCCCACGCATCTGCTGCCGTGTc > 2:173807/1‑289 (MQ=255)
gcCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCg < 1:1487039/289‑1 (MQ=255)
tGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTg < 1:1426076/289‑1 (MQ=255)
cgTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGTGAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTg < 2:1013564/288‑1 (MQ=255)
gTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGa > 2:269263/1‑289 (MQ=255)
gttcgttcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATCTACGTACCGGt > 1:1633508/1‑288 (MQ=255)
gttcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTAcgcg < 2:492666/289‑1 (MQ=255)
cTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGAAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTtg < 1:1011871/289‑1 (MQ=255)
aTGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGGGGTGTCCCTCGCACCGGTGAAATCCCCCTGCATCTTCTGCCGGGGCAGGCGTGGACATTAAGTACCGTTAccgctttgta > 2:1188655/1‑280 (MQ=255)
gTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGtt > 1:1704740/1‑288 (MQ=255)
tAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTg < 1:806781/288‑1 (MQ=255)
tAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCCCGCAACGGTGAAATCCCCAGGCATCTGCTTCCGGCTCCGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTg > 2:1170869/1‑288 (MQ=255)
aaaaGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTACCCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCt < 2:901244/289‑1 (MQ=255)
aaaaGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGc < 1:1221764/288‑1 (MQ=255)
aaaaGCAATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACAACGGTTTACATCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCt < 1:348076/289‑1 (MQ=255)
aaaGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTTTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTc < 2:1769345/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGAc > 1:947524/1‑275 (MQ=255)
tCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGaa > 1:1459582/1‑289 (MQ=255)
gcAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTa > 1:132972/1‑289 (MQ=255)
cccTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCg < 1:1045644/289‑1 (MQ=255)
cTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGAt > 1:1794737/1‑289 (MQ=255)
cTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGAt > 2:1477720/1‑289 (MQ=255)
tgtgCAAATCATCGTAACGGAGGACGGTTTACAGGCTTACCGGTTGGCGGGTGATGTGGGAATTGTCGTTGTTGAGGGTGTGCTGCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCg < 2:1693616/289‑1 (MQ=255)
gtgCAGATGATCGTAACCGTCGACGGTTTACAGCATGACCGGCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTGATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGATGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTTATGCGGTAAGCGGCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCGGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCgg < 2:1364819/289‑1 (MQ=255)
tgCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATTGAGTGGCGGTGGCggg > 2:630975/1‑289 (MQ=255)
tgCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCggg > 1:240498/1‑289 (MQ=255)
tgCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCCCCGCTTGAACATGTAGTGGCGGTgggggg > 1:1818657/1‑289 (MQ=255)
tgCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGGCAGGCGGTGGATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACTGTTCTCATGTTGGAGCTGTAGTGGCGAGgggggg > 2:761887/1‑289 (MQ=255)
tgCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCCCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTGGCTCCGCTTGAACCTGGTGTGTCGATTGgggg > 2:600801/1‑289 (MQ=255)
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cgcTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGatcatc < 2:464402/235‑1 (MQ=255)
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ATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACG > CP042583/831547‑832102
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A