Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
831,827 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 831,827 | 0 | A | T | 98.0%
| 568.0
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base T (132/111); minor base G (2/3); total (135/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 831,828 | 0 | G | C | 98.8%
| 568.9
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (132/115); total (135/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 831,829 | 0 | C | G | 99.2%
| 578.9
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (133/115); total (135/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAAC > CP042583/831545‑832101
|||
ttattgtcggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTGCGTTg > 2:1433338/10‑289 (MQ=255)
ggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCggga > 1:1803696/2‑287 (MQ=255)
ggcAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGAACATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGCGAC‑GTGGAAATTGTCGCTATGGATGGTGTGCGTCGCTTTCGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGCGCGTGCGGGGGCCTTAAAGTGTGTTGATCGGGTa > 2:7437/2‑289 (MQ=255)
cAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGGAAt > 1:603692/1‑289 (MQ=255)
aTACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAAtag > 1:762118/1‑286 (MQ=255)
aCCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCa > 1:723568/1‑289 (MQ=255)
ccACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTTGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCa > 1:154942/1‑288 (MQ=255)
aacaGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAAcggc > 1:1339553/1‑289 (MQ=255)
aacaGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAAcggc > 1:354875/1‑289 (MQ=255)
cacaGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCtgtg > 1:220155/1‑288 (MQ=255)
cacaGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGGGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTACAGTCGGTTGATGGGGTAACCTGCAAaggcgggtt > 2:1120739/1‑286 (MQ=255)
cacaGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATC‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGGTTAAAGGCGGTTGGTGCGGTTATCGGCAACGGCGgtg > 1:1705378/1‑288 (MQ=255)
cacaGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAGCCACGCACAGAGGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAAACGACGACGGTTTACAGCATTCACCG‑CTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTTATGGTTTGCGTCTCTTTGGCAATGGCTGGTGTGTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGTGAGCGGGGGGCTGAAAGTCGCTTCGCGCGGTAATCGTCactgggtgtgt > 2:505458/1‑279 (MQ=255)
acgggggggTGATGAACCTGTGTTTTTTTATCACCGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGgt < 2:1339553/280‑1 (MQ=255)
gCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAGTGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGGGCTTAAAGTCGGTTGGTTCGGTGATCGTCAACGGCGGGGGCCCt > 2:1686469/1‑288 (MQ=255)
gatgaACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCg < 1:1789061/289‑1 (MQ=255)
gtTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGTTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAACTcccc > 1:517437/1‑289 (MQ=255)
ttGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGGTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTGAACGGCGGTGTGCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCa > 1:683396/1‑289 (MQ=255)
aTTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGCGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGc > 1:1944168/1‑289 (MQ=255)
tCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGCAATTGTCGCTATTGATGGTTTGCGTCGCTTTGGTCATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTACAGTCGCTTGATGCGGTAATCCTCAACGGCGGTGTCCCCCGCAGCGTGGAAACCCCCCTCCATct > 2:216015/1‑288 (MQ=255)
tCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGGGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATct > 1:632878/1‑288 (MQ=255)
tCAACGAACTGATGCTCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATGCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGTTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGGTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTATAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCTgt < 1:1528465/256‑1 (MQ=255)
gCACTGCTGCGCCTGGTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGGAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGGCGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGcc < 2:1231913/289‑1 (MQ=255)
cgcCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGCAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGACATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGc > 1:1779456/1‑289 (MQ=255)
gcttttGCGGTTTCTCCGGTTCGTTTTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCg < 2:650167/284‑1 (MQ=255)
ccTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCgg > 1:418974/1‑289 (MQ=255)
cgtgtctggttCTCCAGTTCGTTCTGGAGAGGGAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCTGATCATCGTAACCGCCGACCGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGTTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGCTGCGCTGGTCATCGACGGCGGTATCCATCGCAGAGGTGAACTCCCGATGCATTTGCTGCAGGGTCCGGCGGTg < 2:1738023/280‑1 (MQ=255)
ttCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACg < 2:1407639/288‑1 (MQ=255)
tctcCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAGTGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTa < 1:1686469/289‑1 (MQ=255)
tctcCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGGGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTa < 1:7437/289‑1 (MQ=255)
tcCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCCCGCAGCGGTGAAATCCCCATTCATCTGCTGCCGGGCCCGGCCGTGAATTTACGTGcc > 2:859209/1‑289 (MQ=255)
ttcgttcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTa < 2:723568/288‑1 (MQ=255)
tgcttcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGGGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTAcg < 2:437444/286‑1 (MQ=255)
ttcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCCGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAAGCTACGTACCGGTACGCGt > 2:699564/1‑289 (MQ=255)
tcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGt < 1:431208/288‑1 (MQ=255)
tcTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCCCTTAAAGTCGGTTGATTCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCCGCGGGGAAATCCCCATGCATCCTCTGCCCGGTCAGGCGGGGAATTTTCTGACCGGTTCGCGtt > 2:1347018/1‑289 (MQ=255)
cTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTtg < 2:1302415/289‑1 (MQ=255)
aTGCGGTAAAAGCCACTCTGGCGCAACACCCTGCTGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAACTTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCACTGGCTGGTGGTTGCCGGCGCGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTCCTCCTCGACGGCGGTGTCCCCGGCAGCGGTGACAGCCCCGTCCATCGCCTGCCGGGTCCCGCGGTGTATTTACGTACCGGTCCGCGTtttg > 2:353525/1‑288 (MQ=255)
gCGGTAAAGGCCATTCTGCGGAAACACCCTGTTTGGACGTTCACGGAAACCGAGCAGGGTTTACGCCTTG‑ACCGT‑TGGGGCGGGGTGGGGGAATTTGTGGTATTTGATGGTGGGGGCCGC‑TTGGGAATGGGTGGTGGGTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACg < 2:1932357/288‑1 (MQ=255)
gTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCCGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTTAGGCGGCGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGtt > 1:1650488/1‑288 (MQ=255)
gTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGCCGTTg > 1:897713/1‑289 (MQ=255)
gTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGtt > 1:1581203/1‑288 (MQ=255)
ccATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCt < 2:1836506/289‑1 (MQ=255)
ttgtGGCGCACCACCCTGATGTGCAGTTCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGa < 2:947260/286‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGa < 1:192106/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGa > 1:1203844/1‑289 (MQ=255)
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agcgGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCCGTCCTGTAACCCTGCGGCTGTCATTGCGTTGGTAAGCCCCGGGCaa > 2:1654305/1‑289 (MQ=255)
agcgGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCa < 1:1860468/288‑1 (MQ=255)
cgGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATTGCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCaaa > 2:654163/1‑288 (MQ=255)
cgGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCaaa < 2:358470/288‑1 (MQ=255)
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TTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATT‑ACCGTCTGGCGCGTGAT‑GTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAAC > CP042583/831545‑832101
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A