Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,463,349 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,463,349 | 0 | A | T | 99.5%
| 512.5
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/99); minor base C (1/0); total (119/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,463,350 | 0 | G | C | 99.5%
| 509.0
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (118/100); minor base A (1/0); total (119/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,463,351 | 0 | C | G | 99.5%
| 513.8
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (118/100); minor base T (1/0); total (119/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
ATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTA‑TGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAG > CP042583/1463078‑1463627
|||
atCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGAt > 1:1002904/1‑289 (MQ=255)
tgtCTCCGTCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATACAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCa < 1:105193/288‑1 (MQ=255)
tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 1:683535/1‑289 (MQ=255)
tctcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCCCATCTCCCGCTGGAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAATTGAGGCCAGtg > 2:400047/1‑289 (MQ=255)
tctcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAATGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATtg > 1:614412/1‑289 (MQ=255)
tctcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAGATTTGATGCCATtg > 2:1535182/1‑289 (MQ=255)
tcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTAC‑‑AGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:1166450/289‑1 (MQ=255)
cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCGATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:1511553/289‑1 (MQ=255)
cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:713842/289‑1 (MQ=255)
cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:773203/289‑1 (MQ=255)
cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 2:596435/289‑1 (MQ=255)
cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:40854/289‑1 (MQ=255)
tGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCgg > 2:1771701/1‑289 (MQ=255)
tGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCgg > 1:1145665/1‑289 (MQ=255)
cGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTgg > 1:1849203/1‑289 (MQ=255)
aTCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACCAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCGGGTa > 2:138160/1‑289 (MQ=255)
tctcTACCGGGCGCGTGGGTTCTTCGTGCAGATCCAGGATATGGGTGGCGGCAACGGAGCAACAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACGACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCGGGTAg < 2:1101979/289‑1 (MQ=255)
tctACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCg < 2:285692/289‑1 (MQ=255)
gACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCg > 1:329536/1‑288 (MQ=255)
aCGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGt < 1:1064027/270‑1 (MQ=255)
aCGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGc > 1:1829337/1‑288 (MQ=255)
gccTGGGGAACTCCGGGAAGTTCCAGCTAATGGTGGGAGGCAACGGCGCAAAAGGGATGGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACGATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCAc < 2:447117/287‑1 (MQ=255)
gCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACCAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGc > 2:486814/1‑286 (MQ=255)
gggATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATTACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGGCGGCGTTGCTGGTGGCGTTGCGGCCGTGGt > 2:253989/1‑288 (MQ=255)
gggATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTc > 2:427705/1‑289 (MQ=255)
gggATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGGTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGt < 2:1849203/288‑1 (MQ=255)
gATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTGGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCa < 1:1438437/288‑1 (MQ=255)
tcCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCATGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGc > 1:1831629/1‑288 (MQ=255)
ataTCCAGCAGATGGTTGGGGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTAGCCATCCATAAAGATAAAAAGGTGGCAATCGTCAACTAGGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGGCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCGCGGGTCATGGCACGAGcc < 2:413900/286‑1 (MQ=255)
aTCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAg > 1:889617/1‑258 (MQ=255)
aTCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAg < 2:889617/258‑1 (MQ=255)
aTCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCgg > 1:1785700/1‑288 (MQ=255)
aTCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATCTCTGAAGACAAATTTGACGCCCTTGTGGTCGGGGCGCGCGTGGCGGGTAGAGTTGCCGCGTGGGTCATGGAACgtgtcagg > 2:870981/1‑282 (MQ=255)
tCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGc < 1:1692555/284‑1 (MQ=255)
gCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGa > 1:741688/1‑289 (MQ=255)
atatGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTgg < 1:1685336/286‑1 (MQ=255)
atagtgTTGGGGGCAACGGCGCAAAAGGGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAAGGCGCCAATCTTCAACTCTGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGAt < 2:928443/283‑1 (MQ=255)
tatGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGt < 1:1222849/289‑1 (MQ=255)
tGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTc > 2:1816352/1‑288 (MQ=255)
ggTTAGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCt < 1:1309993/289‑1 (MQ=255)
ggcggcAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCAc > 2:591858/1‑254 (MQ=255)
gcggcAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAACGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCCCATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCCCTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGGTCTGGTGa > 1:587026/1‑289 (MQ=255)
gcggcAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGa > 1:478540/1‑289 (MQ=255)
ggcAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCGGGTAGCGTTGCCGGACTGGTCATCGTACGAGCCGGGCGGGCGGTCCTGGGGaga > 2:652789/1‑287 (MQ=255)
cGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGGTGTCCTGGTGATAGAAc > 2:1004903/1‑288 (MQ=255)
ggCGAAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAAGGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAcgc < 1:1274222/289‑1 (MQ=255)
cgcgacaacgcgATTGCCGCCATGAATAAAGATAAACAGGCACCAACCTGCAACTATGCCGACTACGTCCTGGTGGGAGATATCTCCAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCGGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAcgc < 2:587026/278‑1 (MQ=255)
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gCATAACGCATGTCGGATGACAAATTGTATGCCATTGTGGTCGGGGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTA‑TGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTATCAGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGag < 2:855574/288‑1 (MQ=255)
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ATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTA‑TGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAG > CP042583/1463078‑1463627
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
