Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,779,481 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,779,481 | 0 | A | T | 99.4%
| 384.4
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (98/65); minor base G (1/0); total (99/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,779,482 | 0 | G | C | 98.8%
| 372.5
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (96/65); minor base A (2/0); total (99/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,779,483 | 0 | T | A | 100.0%
| 386.4
/ NA
| 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (99/65); total (99/65) |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAATT > CP042583/1779205‑1779761
|||
gcgcAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGaata > 1:1145620/1‑289 (MQ=255)
cgcAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGaata < 1:48235/288‑1 (MQ=255)
cGTCCCAATGGCCTGGATTATACATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATAGTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTCTTTTCGCGTAAAATCTCGTTTTTTCCATGATTCCATTTCAGGGATGAATATATTGAACCGCAAAATAaaca > 2:247673/1‑287 (MQ=255)
cGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAatca > 2:1202687/1‑287 (MQ=255)
cGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAatca > 1:795909/1‑287 (MQ=255)
tCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTACAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCt > 2:1882097/1‑288 (MQ=255)
ttgATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGcc < 1:1620115/287‑1 (MQ=255)
tGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGcc < 1:193129/289‑1 (MQ=255)
tGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGcc < 1:432987/289‑1 (MQ=255)
tttATAAATCTGCTTAACTGAATGGCAACGGGGCCCAGACGTGGTTATAATTGGTTCGTGGGAACACGAGGTTGAACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCctg < 2:1009042/287‑1 (MQ=255)
taAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCctgctgct < 1:627399/289‑1 (MQ=255)
ctcATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGtt > 1:981755/1‑289 (MQ=255)
tcATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTta > 1:593028/1‑289 (MQ=255)
cATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCATCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATTCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAACATATTTCACCGCAGAATTATCTCTTGCAGATTCCGCCTGTCGCTGTGTtat > 2:1609392/1‑289 (MQ=255)
aTTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTtata < 1:189223/289‑1 (MQ=255)
aaCGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCctg > 1:1255236/1‑262 (MQ=255)
aCGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGc < 2:1104764/289‑1 (MQ=255)
aCGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGc < 2:1532817/289‑1 (MQ=255)
cGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCa > 1:342814/1‑289 (MQ=255)
tCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGCGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAAtt > 2:1743890/1‑289 (MQ=255)
tGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACaaa > 2:988059/1‑289 (MQ=255)
ggTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGGTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGAGCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAAGATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACaaaa < 2:936269/289‑1 (MQ=255)
aaTTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATaa < 1:1202687/289‑1 (MQ=255)
aaTTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATaa < 2:1145620/289‑1 (MQ=255)
gttcgttGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCa > 1:130087/1‑288 (MQ=255)
gttcgttGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCa > 1:451872/1‑288 (MQ=255)
gttcgttGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCAc < 2:491471/289‑1 (MQ=255)
ttcgttGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTTATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCa > 2:231341/1‑287 (MQ=255)
tGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCCTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTATAATATCGTTTATTTACTTAATACATTTAAGGGATGAAGATATGTCACCGCAGAATAATCACATGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGTCAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCTCTCCCGGTTGGCa > 2:81594/1‑289 (MQ=255)
gCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAg < 2:356866/289‑1 (MQ=255)
acaGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGtt < 2:970856/289‑1 (MQ=255)
aGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTaa > 1:1716661/1‑289 (MQ=255)
gCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTCTTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAAAGCACCTTGCCCGCCCGGGTGGCGGGTAAGt > 1:728581/1‑289 (MQ=255)
gCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGt > 1:1152548/1‑289 (MQ=255)
tgtgGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGttt > 1:466690/1‑289 (MQ=255)
tAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCctgctg < 2:1156934/202‑1 (MQ=255)
tAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCg > 1:800273/1‑288 (MQ=255)
aGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCTATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGAACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTgtgt > 2:143959/1‑285 (MQ=255)
ggCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTTGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTAACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTTCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAAAAAAATGATAACGCACATTGCCCGCCCGGTTGGCCGATAAGTTTGCCTACGGc > 1:1051932/1‑288 (MQ=255)
ccTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGt > 1:178262/1‑188 (MQ=255)
gAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGt > 1:1578262/1‑287 (MQ=255)
gAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGACGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTACCTTCGGCCAGt > 2:1740287/1‑287 (MQ=255)
aaaaTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCt > 1:295850/1‑289 (MQ=255)
aaaaTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATA‑TTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCg > 1:885751/1‑284 (MQ=255)
aaaaTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATA‑TTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCg < 2:885751/284‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCCGGTTTTTTTATTTTCTGTGTTCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAACCAACTAATTCGCTAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCCTTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCCGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACACTCTAACTTACAACAAAACGATAACGCACATTGTCCGCCCGGTGGGCAGGTGAGTTCCGTTGCGGCCGGGGCTCTTa > 2:787570/1‑288 (MQ=255)
gTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGCTCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTACGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCAACTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTACGTTTGCCTGCGGCCCGAGCTTTTAt > 2:290644/1‑288 (MQ=255)
aCCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGcgacga < 1:82264/288‑1 (MQ=255)
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aaTATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAAtt > 1:906250/1‑289 (MQ=255)
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GCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAATT > CP042583/1779205‑1779761
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
