Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,789,253 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,789,253 | 0 | G | C | 99.3%
| 631.5
/ NA
| 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (143/125); total (145/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,789,254 | 0 | C | G | 98.2%
| 616.2
/ NA
| 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base G (141/125); total (145/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,789,255 | 0 | T | A | 99.6%
| 644.7
/ NA
| 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/126); minor base G (1/0); total (145/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATAAACAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTGCTGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATGC‑TATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAA > CP042583/1788984‑1789534
||||
aaCAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGGGTAATCCTTTAACGATGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGGCATGCCCCCCATCG‑AAAACCGATGTAAGCACCCgg > 2:45881/1‑289 (MQ=255)
cgccgcgccgACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATACCGATGGAAGCCGCCGGGCAg > 2:833415/1‑288 (MQ=255)
cgccgACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCaa > 2:1025664/1‑288 (MQ=255)
aCCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTAACAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATACCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCACACAGCCCACcgacacccg > 2:1890081/1‑284 (MQ=255)
catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgg > 1:1834391/1‑288 (MQ=255)
catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTCCGCCCGCGGCGGCTCAGGATGCTGTGTACTAGGCAACAGATCACTCCTTCAACGATGGCCGACATCATGTAACTTCACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATTATGGTGCTCACCGACCTTCAGACCAACCAGCCCACCgccgactcg > 2:1766606/1‑285 (MQ=255)
tcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:1546554/289‑1 (MQ=255)
ggCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGa < 1:1397523/289‑1 (MQ=255)
gcagcaATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTa < 1:1404234/289‑1 (MQ=255)
gcagcaATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATAGATGTAAGCCGCCGGTCCGCCCAACCAGCCCACCCACGACCGGAccgcccaaga > 2:445170/1‑284 (MQ=255)
caATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgc > 2:721771/1‑288 (MQ=255)
aaTATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1025664/286‑1 (MQ=255)
aaTATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:363473/286‑1 (MQ=255)
aaTATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:700390/286‑1 (MQ=255)
aCCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCTGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTCCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATAGCGAAGTCACCCGCCGGTCAGCCCAACCAGACCACGCACGACCGGACCGCCGCGTAAgcggcaccatacc > 2:1110932/1‑280 (MQ=255)
aCGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGGTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGACGGTCGAGATCATACAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AACATCGATGTAAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAACCCACCGACGACCGGACCGCCGGGTACGCCGCCCAtcaacaccccc > 2:493113/1‑279 (MQ=255)
cGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCt < 2:181335/288‑1 (MQ=255)
ccGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGATATCATGCACCTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCCACCAGCCCCCCGCCGACCGGACCGCCGCGTAAGCCGCCCCttcacgccaccaacg > 2:140595/1‑275 (MQ=255)
ccGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg > 2:1878836/1‑257 (MQ=255)
cgattCTTCATAAGGGCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑Ca < 2:915778/285‑1 (MQ=255)
cGCATCTTCATAAGGCCGCGCGATCGCAAGGATGATCAGCCTTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑Ca < 2:1055363/289‑1 (MQ=255)
gCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTCAGCCGCCCCTTACCGCCCCTATCG‑cc > 2:1680453/1‑287 (MQ=255)
cATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑Ca < 2:649977/281‑1 (MQ=255)
cGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AACATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCCGCCCACCGAACACCGGACCGCCCAGCAAGCCGCCCATTCCCGCCCCTACAG‑CCACGGTATTGGCacgg > 2:556362/1‑285 (MQ=255)
ggCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGa < 1:333058/242‑1 (MQ=255)
ggCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGaa > 1:442119/1‑289 (MQ=255)
ggCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGaa > 1:287353/1‑289 (MQ=255)
tCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTc < 1:1680453/289‑1 (MQ=255)
gCAAGGAGGATCAGCATTTGAACCTGTGCAGCGACGAACGGGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTGAGCAGTGCGCCCGGGGCGGATCAGGATGCGGTGTACCAGGCCACCGAGTATTCCTGCAACGATGGTCGAGATGATGCAACTTGACGCGGTCATGCCCGCGATCG‑AATAGCGGTGTAAGCCGCCGGTGAGCCCAACCGGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa < 2:1367672/288‑1 (MQ=255)
ggATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgt > 2:1733918/1‑288 (MQ=255)
gatgatCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 1:842867/288‑1 (MQ=255)
gatCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTCAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCaa > 1:591830/1‑288 (MQ=255)
gatCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgcc < 1:411104/234‑1 (MQ=255)
gatCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgcc > 2:411104/1‑234 (MQ=255)
atCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAc > 1:71521/1‑288 (MQ=255)
atCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAc > 1:935815/1‑288 (MQ=255)
cATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCaaa > 1:548267/1‑288 (MQ=255)
cATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTACTGGCAACAGAATCGTCAATCTGCAACCCaaa > 2:842867/1‑288 (MQ=255)
tttGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCa < 1:470271/289‑1 (MQ=255)
gCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGt > 1:1513575/1‑289 (MQ=255)
gCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGt > 1:728354/1‑289 (MQ=255)
aTTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCa < 1:465927/289‑1 (MQ=255)
tttCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTa > 1:1622033/1‑234 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCa < 1:833415/288‑1 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCa > 1:1231946/1‑280 (MQ=255)
gACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTGATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGa < 2:1487877/288‑1 (MQ=255)
cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGa < 1:1796786/288‑1 (MQ=255)
cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGAc > 2:1267414/1‑289 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
