Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,918,197 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,918,197 | 0 | A | T | 99.7%
| 677.7
/ ‑5.6
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (144/139); minor base C (0/1); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
| * | CP042583 | 1,918,198 | 0 | G | C | 99.7%
| 670.2
/ NA
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/139); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,918,199 | 0 | C | G | 99.3%
| 669.0
/ NA
| 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (142/140); minor base T (2/0); total (144/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGGAAGCTCTGCGTGAGAGTATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑AGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAA > CP042583/1917919‑1918475
|||
gggAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTg > 1:584569/1‑288 (MQ=255)
aGCGCTGCATGAGTCAATCAAAACGAACTGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGACACTTCTTCTCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGGGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGTTCTCTGCCAac < 2:451534/289‑1 (MQ=255)
tctGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAacac < 1:86152/288‑1 (MQ=255)
tGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCa > 1:23466/1‑288 (MQ=255)
gtcaaTCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGa > 2:107944/5‑288 (MQ=255)
tCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCgtc > 1:223001/1‑287 (MQ=255)
cAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCgtca < 1:125170/289‑4 (MQ=255)
gTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCTTGGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCGTGTG‑GCTGCGTTTTGTTGTGCCGGTTCTTGATGGTGTGCTGCTTGTTGGTTGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCTTCACGCTTCCCgtc > 2:1473618/1‑287 (MQ=255)
gTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCgtc > 1:1188387/1‑287 (MQ=255)
tCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTg > 2:428894/1‑288 (MQ=255)
cccACGCTTTTTGATCGCCGGCCGCCCGAGGCTTCGTCGCAGGACTCAAACGCCACTTATGGTATTGGGACGGCGCGCGGTTACGTCCGAATCAAAGCGTCGAAAGACGGTAATTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGGACGACGCC‑TATGAGCTGCTGGGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGc < 2:36980/288‑1 (MQ=255)
cACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGcc < 1:1082756/244‑1 (MQ=255)
cACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCg > 1:1028870/1‑289 (MQ=255)
tCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGc > 1:370202/1‑280 (MQ=255)
gCTCTGATGCCGTGCGAGACTGCTTCGCAGATCGCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGGACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGt < 2:493853/289‑1 (MQ=255)
tGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGa < 2:1874984/288‑1 (MQ=255)
gTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGa > 1:1649337/1‑288 (MQ=255)
gTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGa > 1:1833699/1‑288 (MQ=255)
gTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGAc < 1:428894/289‑1 (MQ=255)
gTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGAc < 1:611975/289‑1 (MQ=255)
cttcgcAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGc < 2:595802/250‑1 (MQ=255)
aTCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCCCACCGCCTACAAAt > 2:251964/1‑289 (MQ=255)
tcctAACGGCCCTAAGAGGATTGAACTGACGGGAGGTTACGTCAAAAACAAAGCCACGGAAGACGGTATTTGAGGCCAGGTGGTGCCGGAGTACGAGCACCTGCACGAAGCC‑TATGAGCGGGTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCGGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTc < 2:1206689/287‑1 (MQ=255)
ctctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTc < 1:742921/289‑1 (MQ=255)
ctACCGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCgg < 1:817674/289‑1 (MQ=255)
ctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCgg < 1:320751/289‑1 (MQ=255)
aCGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGt < 1:508033/289‑1 (MQ=255)
ccACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCa < 1:1473333/288‑1 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCTATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTTCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATCCGGGGTCaaaa > 1:107230/1‑289 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCgg < 1:1370117/281‑1 (MQ=255)
cTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac < 1:1401340/289‑1 (MQ=255)
aCGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACt < 1:408081/289‑1 (MQ=255)
aCGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACt < 1:1680638/289‑1 (MQ=255)
gTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTGTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGt < 2:1907854/288‑1 (MQ=255)
aTTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGtat < 1:1343163/288‑1 (MQ=255)
aTTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGcatt < 1:1558066/289‑1 (MQ=255)
tGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTAACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGtatta > 1:1505538/1‑288 (MQ=255)
tGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCCCACCCCCTACCAATTCGGGGTCaaac > 2:1245116/1‑277 (MQ=255)
aCCGCCGCGCGGTTACGTCAGAATAAAAGCGTCGAAAGACGGTATGTTGCGCCAGGTGGGGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAg < 2:246031/289‑1 (MQ=255)
ccgccgCGCGGGTACGTCAGCATCACAGCGTCGAAAGACGGTATTGTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGACCCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTTGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAGATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGa < 2:155891/289‑1 (MQ=255)
ccgccaCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGAAGGTATGTTGTGCCAGGTGGTGCCGGACTCCGAGGCACTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGGTGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGa < 2:1159591/289‑1 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTTCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAac > 2:560207/1‑288 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAacac > 1:782953/1‑274 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAaca > 2:1582965/1‑289 (MQ=255)
gcgcgGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAacac > 1:1296890/1‑288 (MQ=255)
gcgcgGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACAcc < 2:1649337/289‑1 (MQ=255)
ttACGTCTGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATGTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGACATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGa < 1:1579849/288‑1 (MQ=255)
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tATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:959174/1‑289 (MQ=255)
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GGGAAGCTCTGCGTGAGAGTATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑AGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAA > CP042583/1917919‑1918475
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A