Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,952,920 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,952,920 | 0 | A | T | 100.0%
| 622.8
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (143/117); total (143/117) |
| * | CP042583 | 1,952,921 | 0 | G | C | 98.5%
| 604.8
/ ‑4.1
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/115); minor base A (2/2); total (143/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,952,922 | 0 | T | A | 99.6%
| 620.6
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (143/116); minor base C (0/1); total (143/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CCTCGCATACGCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACGCTTAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTAGTGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAA > CP042583/1952640‑1953201
|||
gCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAAccc > 2:404870/1‑289 (MQ=255)
caccaGTTCAGCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGc < 2:781493/289‑1 (MQ=255)
catTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGt < 1:1486600/289‑1 (MQ=255)
tttttCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCa < 1:976792/289‑1 (MQ=255)
aaCCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAat < 1:100388/289‑1 (MQ=255)
gATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGc < 1:1395367/288‑1 (MQ=255)
gATTATCCCCCGTCAAATCATAACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCa < 1:389272/289‑1 (MQ=255)
aTCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACAt < 1:746228/289‑1 (MQ=255)
ccccGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCg < 1:823205/289‑1 (MQ=255)
caCCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACt > 1:1745469/1‑289 (MQ=255)
ccATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACttt < 2:1549497/289‑1 (MQ=255)
tCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt > 2:1819552/1‑254 (MQ=255)
tCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt < 1:1819552/254‑1 (MQ=255)
tCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGgt > 1:839623/1‑289 (MQ=255)
gATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGgttg < 1:1647977/289‑1 (MQ=255)
ccTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGa < 1:946608/289‑1 (MQ=255)
aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTT‑AAAAGTGATGAACTCCTGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTTAGGCGGTTTGCCAAACCCGACGGGCAATTTTCCGGCCATATTGCTTAACCTTGCACATTCGGACCCAGA‑CGGACTTTGGTTGTTTTACTTCg > 2:479332/1‑289 (MQ=255)
cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTTCGTTGAAGGCACCCa > 2:303153/1‑288 (MQ=255)
cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACAGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCTGTGAAGGCACCCa > 2:1375221/1‑288 (MQ=255)
caacaaACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATc < 1:1198618/288‑1 (MQ=255)
caacaaACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCa > 2:1628414/1‑289 (MQ=255)
aacaaacaCCGCGGAACGCAGTTGTAATCAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAg < 2:1836380/289‑1 (MQ=255)
aacaaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAg < 1:682669/289‑1 (MQ=255)
aacaaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAg < 1:929582/289‑1 (MQ=255)
aacaaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAg < 2:204615/289‑1 (MQ=255)
caaacaCCGGGCAACGGCATTGTAAGGAGGCATTAAGCCTGGAAACCGATAATTCAGAGTGAATGAGCTCTTGCCATTCAATCGTAATGCTCACCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAGCGTGTTGAACTCATGTAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGTACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCt < 2:1914063/289‑1 (MQ=255)
aacaCCGCGAAACAGTGTTGTAATAAGGCATAACGATGGGAACCCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTTCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTAc < 2:1021204/289‑1 (MQ=255)
ccGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCa < 2:161223/289‑1 (MQ=255)
gcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATAcc > 1:1016021/1‑289 (MQ=255)
gcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATAcc > 1:1717960/1‑289 (MQ=255)
gCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTTAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCtt > 1:1335074/1‑289 (MQ=255)
ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCCCGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAACGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTaa > 1:635524/1‑288 (MQ=255)
tGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTaa < 2:731834/287‑1 (MQ=255)
ataaGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGAGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTgg > 2:1703571/1‑289 (MQ=255)
aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCCTACCGCCTTTAACCCTGGaaa > 1:266073/1‑289 (MQ=255)
aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGaaa > 2:916926/1‑289 (MQ=255)
aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGaaa > 1:1061866/1‑289 (MQ=255)
gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGc > 2:1047513/1‑253 (MQ=255)
tAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTgg > 2:1220004/1‑289 (MQ=255)
tAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACAGCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTgg > 1:1430631/1‑289 (MQ=255)
aaaGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCtctggataacg > 1:597344/1‑278 (MQ=255)
aaaccgatAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGAtttt < 2:1455451/282‑1 (MQ=255)
tAATTCAGATTGATGCGGTTCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGt < 2:1644160/289‑1 (MQ=255)
tAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGt < 2:395403/289‑1 (MQ=255)
tAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGt < 1:1551603/289‑1 (MQ=255)
aTTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCa < 1:1277883/289‑1 (MQ=255)
tGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCg > 2:1738847/1‑289 (MQ=255)
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aGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGaa < 1:525725/289‑1 (MQ=255)
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CCTCGCATACGCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACGCTTAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTAGTGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACC‑TGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAA > CP042583/1952640‑1953201
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
