Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,958,324 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,958,324 | 0 | A | T | 100.0%
| 590.5
/ NA
| 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (152/94); total (152/94) |
| * | CP042583 | 1,958,325 | 0 | G | C | 99.2%
| 569.1
/ NA
| 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/94); minor base T (2/0); total (152/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,958,326 | 0 | T | A | 99.6%
| 581.4
/ NA
| 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (151/94); minor base C (1/0); total (152/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACAGTGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTAGTGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAGATGGCATAGATGGCTTCCTTGGATTGACCTGGAATCAGGAGTTAGCCGCGACAATCGACCGACTGGAAAGTCTGGATCGAAATGAACTGCGTAAACAGTTTTCCATTAAGCGACTCAATGAAATGGAGATTTATCCGGGAGTGACCT > CP042583/1958047‑1958603
|||
ttGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACt < 1:930430/287‑1 (MQ=255)
tGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGc < 2:1570015/254‑1 (MQ=255)
gtgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCCCATTTTATTTTTCCCCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTACTTGAGTCTACCGAAAAACCTTTGATTGAAAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGCTAAACGCTGGGGTTTTTTACACATTgg > 2:1037856/1‑289 (MQ=255)
gtgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATAAGGCAGAATGGATATTGTAAAACGCTGGGTTTTTTTAAAATTTgg > 1:423298/1‑289 (MQ=255)
gtgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCCCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAAGGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGAATCAGAAAAGATTAACCAAATGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGATTTCAGGATTACGCCGACCGGATATTTATAAAAGCCTGGATTTGTTAAACTTTgg > 1:1707522/1‑289 (MQ=255)
tataACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATCTTGATAAAAGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTg > 1:192598/1‑289 (MQ=255)
taACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGAAACGCTTTCAGTATTACGCCTACCGGATATTTAAAAATGCGGGGATTTTTTACAATTTGGGCCGAc > 2:498446/1‑289 (MQ=255)
aCTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAg < 1:1265688/289‑1 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAACATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACAAGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGTGAAACATGAACTTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGAGTGGCTATTTTGCAGAAATTGACACAGAAAAGATTAACCAACTGCATGAGTCTCCTGAAAAACCTTTTATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCAGACCGGGTATTGATAAACGCTGGGATTGTTTACACTTTGGGCTGACAGGc > 2:560543/1‑288 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTgg > 1:591049/1‑244 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGAtttttt > 2:1424403/1‑269 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACt > 2:75469/1‑274 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGc > 1:998802/1‑288 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGc > 1:491309/1‑288 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGc > 1:870568/1‑288 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGAC‑‑TCAGAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATAAA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGTCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCAc > 2:382632/1‑288 (MQ=255)
ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAAATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACAAAATGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGATTTCAGGATTACGCCGACTGGAAATTGATAAACGCTGGGCTTTTTTAAATTTTTGGCTTACAGGc > 1:1256087/1‑288 (MQ=255)
tGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCAc < 2:961610/289‑1 (MQ=255)
ttATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACct < 2:870568/289‑1 (MQ=255)
ttATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACct < 1:1694800/289‑1 (MQ=255)
tataCAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACct < 1:841556/288‑1 (MQ=255)
aacaGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCGTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATAAA‑TGAAACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTAAACTTTGGGCTGACAGGGCGCTCTGCtt > 1:679427/1‑289 (MQ=255)
caGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTACCTCATCCGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGATGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACGGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGACGCCTGGATATTGGAAAAAGCAGGGATATTTGACACTTAGGGCCTACAGGCCGCTCTCCgttt > 2:169091/1‑289 (MQ=255)
caGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTTCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGCGGAAAAATAAATGGGTATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGAATCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTTGGCTGACAGGCCCCTTTGCtttt > 1:161483/1‑289 (MQ=255)
caGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAAAGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCtttt > 2:1026398/1‑289 (MQ=255)
caGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCCGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTTATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATAGTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACCGGCACCGTTGCtttt > 2:735603/1‑289 (MQ=255)
caGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGAAATGCACATTTTATTTTCCCTCATCCGTTTTAAGATGAGAAACATGAAATTCAACGGATGAAAAATAAATGGGAATTATTGGCTAATTTGCAGAAATTGACACAGAAAAGATTAACCAACTGCTTTAGTCTACTGGAAAAACTTTAATGGGTAATAAAAAGTGA‑ACGCTTTTAAGGTTAAGCCGACCGGATATTTGAAAACGCAGGGGTTTTTTAAACTTTTGGCTGAACGGCACCACTGGtttt > 2:1727511/1‑289 (MQ=255)
tAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGa > 1:1036453/1‑288 (MQ=255)
aataatAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATc > 1:806549/1‑288 (MQ=255)
taaAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGAATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCga > 1:1460604/1‑289 (MQ=255)
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tctcGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGAt < 1:82961/289‑1 (MQ=255)
tcGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGAATGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGTGGACAGGGCCACCTTCTTTTGCTCCCGCGCAGAAtttac > 2:426690/1‑284 (MQ=255)
aaaGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTcgtgccgtgc < 2:1504516/289‑1 (MQ=255)
aaaGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTcgtgccgtgc < 2:806549/289‑1 (MQ=255)
gCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTg > 1:741499/1‑289 (MQ=255)
gCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACTGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAaca < 1:1209463/289‑1 (MQ=255)
gCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAaca < 1:901695/289‑1 (MQ=255)
acaTTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCC‑CGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAAcaca < 1:946053/288‑1 (MQ=255)
attttattttCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAaca < 2:405482/285‑1 (MQ=255)
ttttattttCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTAGTGAACACA‑g > 1:1473235/1‑287 (MQ=255)
ttattttCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTc < 1:1015451/289‑1 (MQ=255)
tttCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑GGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAg < 1:1568225/289‑1 (MQ=255)
cccTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGGATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAGATg > 1:432712/1‑289 (MQ=255)
cccTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTTCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAGATg > 2:1097514/1‑289 (MQ=255)
cATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCAACTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATg > 2:1306100/1‑240 (MQ=255)
ttttAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAGATGGCATAGATgg < 2:54392/289‑1 (MQ=255)
ttttAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACA‑TGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACA‑GCCTCGAAGATGGCATAGATgg < 2:1057338/289‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
