Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
556,822 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 556,822 | 0 | G | C | 99.0%
| 462.6
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (92/106); minor base T (1/1); total (94/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 556,823 | 0 | C | G | 99.5%
| 464.4
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (93/106); total (94/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 556,824 | 0 | T | A | 99.5%
| 471.8
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/106); minor base G (0/1); total (94/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GCCATACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACGTGTGT > CP042583/556534‑557094
|||
aTCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGcc > 1:715700/1‑289 (MQ=255)
tCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCg > 1:683573/1‑289 (MQ=255)
ggTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGtt > 1:1783150/1‑289 (MQ=255)
attaattaAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCg > 2:1785452/1‑289 (MQ=255)
attaattaAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCg > 2:565795/1‑289 (MQ=255)
attaattaAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCg > 1:695505/1‑289 (MQ=255)
cGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAatat > 1:1874216/1‑289 (MQ=255)
aCCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGa < 2:889025/288‑1 (MQ=255)
cGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGatta > 1:1156665/1‑289 (MQ=255)
cGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGatta > 2:408365/1‑289 (MQ=255)
gCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGattat > 1:1222478/1‑289 (MQ=255)
ttAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCCGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGAGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTc > 2:226420/1‑289 (MQ=255)
gCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATg > 2:1935778/1‑288 (MQ=255)
ctgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga > 1:1009922/1‑289 (MQ=255)
ctgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1297975/289‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGTTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATAACCACAGCTTTAATCTGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1741632/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGCTCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1707337/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1482823/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:46558/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:381599/288‑1 (MQ=255)
tgatAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:858639/285‑1 (MQ=255)
aaaCGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGgtg > 2:1330928/1‑289 (MQ=255)
aaCGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGgtgt < 2:1052394/289‑1 (MQ=255)
ggTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:179293/279‑1 (MQ=255)
gTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACATTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAat > 1:778003/1‑289 (MQ=255)
aTGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGc < 2:32458/266‑1 (MQ=255)
cGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGATTAAAATCTGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTTTTAAATATTCACCGa > 2:1107884/1‑289 (MQ=255)
gttgttCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGaa < 1:743616/289‑1 (MQ=255)
gttgttCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGaa > 2:1279574/1‑289 (MQ=255)
gttgttCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGGTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGAGTATTTTTATCCCTGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTTACCGaa > 2:1717684/1‑289 (MQ=255)
ttCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTa > 2:560192/1‑289 (MQ=255)
tCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCAt < 2:1437303/251‑1 (MQ=255)
aaaTAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAata < 1:90303/266‑1 (MQ=255)
aaaTAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCTAATTTATTGGTaatta > 2:59008/1‑289 (MQ=255)
aaTAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGaattaa < 1:1393553/289‑1 (MQ=255)
aaTAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATCATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGaattaa < 1:194427/289‑1 (MQ=255)
aGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGTTGGTGTTAAATATTTACCAAAATTAATTTGaattaattc > 2:1432608/1‑287 (MQ=255)
aCGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCAc < 2:248806/289‑1 (MQ=255)
ccacATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCa < 1:1004595/289‑1 (MQ=255)
aTCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACg > 1:262175/1‑289 (MQ=255)
cTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga > 2:703229/1‑226 (MQ=255)
tAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATg > 2:1696523/1‑212 (MQ=255)
tAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAAt > 1:193534/1‑289 (MQ=255)
aaTCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAAtt < 1:1228870/289‑1 (MQ=255)
cGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTaaa < 2:1618649/289‑1 (MQ=255)
aCGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCTATTGCATGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCATCGTCTTTCCAGACGCGACTTAAACTa > 1:394611/1‑289 (MQ=255)
cGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTAt < 1:408365/289‑1 (MQ=255)
aaTTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGgtagta < 2:371692/288‑1 (MQ=255)
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cGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGtt > 2:811442/1‑197 (MQ=255)
ccGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACgtgtgt > 2:1011321/1‑289 (MQ=255)
|||
GCCATACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACGTGTGT > CP042583/556534‑557094
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
