Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
607,455 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 607,455 | 0 | A | T | 97.7%
| 597.0
/ NA
| 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/126); minor base C (6/0); total (136/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 607,456 | 0 | G | C | 99.2%
| 607.2
/ NA
| 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (134/126); minor base T (1/1); total (136/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 607,457 | 0 | T | A | 98.5%
| 612.6
/ NA
| 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/128); minor base C (4/0); total (136/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGC‑GTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607177‑607735
|||
gccctggTTACGCATTGCTAACCTAGTGGTGGGTAATGACGGCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCAcc < 2:1070574/283‑1 (MQ=255)
ccGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCg < 1:425695/288‑1 (MQ=255)
cgcgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGa > 1:1899651/1‑288 (MQ=255)
cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGAtc > 1:1690915/1‑288 (MQ=255)
cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGGTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGCAAGGGGCTCATGCAGCACCGGtc > 2:513987/1‑288 (MQ=255)
tGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTgggg > 1:111401/1‑289 (MQ=255)
cTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCACAGCGGGGAt > 1:1105933/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGc > 1:665466/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGGGGGGATTGGCgg > 1:1728025/1‑287 (MQ=255)
ggtggGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGCCCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCACGCAGCACGGGATGCGAAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGTTGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCCCCGATCTCAACGGGGGGATGGGCAGGCTg > 2:26313/1‑289 (MQ=255)
gggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGaa > 1:415968/1‑289 (MQ=255)
gggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGa < 1:1425533/288‑1 (MQ=255)
ggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTCACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGGTGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAATCGGGGATTTGCGGGCTgggcg > 2:1586281/1‑286 (MQ=255)
tAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAgg > 1:1920034/1‑288 (MQ=255)
tAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAgg > 1:1360628/1‑288 (MQ=255)
tAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGACATCAAAGTGGGGATTGGCGGGTGGGATGGc > 2:1075175/1‑289 (MQ=255)
tGACGCCAATTCCCCCGCGCTGGGGCTCACGCTCGGTCAGTTGACTGTTGGGTTCGGAACTGATGTGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGt < 2:294476/289‑1 (MQ=255)
tGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATTATGCCGTCTGGACCGCCTGGCGATTGCCGATGACAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAAAGCCCGCCGCCCGGGATGCGAAGTTAACTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCCATGCACCACCGAGCTCCAAGTGGGGGTTGGCGGGCCGGCAgccggt > 2:1818083/1‑284 (MQ=255)
aCGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGTGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGt < 1:1559362/287‑1 (MQ=255)
aCGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTGTAACGCTTAAACGCCCGCAGCCCGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTTGTGATTGGCGGGCTGGGAGGCCGtgt > 2:1479141/1‑287 (MQ=255)
cGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTa < 1:797958/289‑1 (MQ=255)
ccAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGttt > 1:462894/1‑286 (MQ=255)
cagtGCCCGCGGGCTGGAGGTCACGCTCGGTCAGTTAACAGTTGGGTTCGAAACTGATGGGTGGTGTGCTCTGACGGGTGCGGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCGGGCGATGGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACt < 2:1327973/285‑1 (MQ=255)
aaTGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGa > 1:487742/1‑289 (MQ=255)
ccccGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTTATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCAACGATCTGACACTGGGTGTTGGCGGGGTGGTAGGCCGtttccgtgtggcg > 2:1440308/1‑279 (MQ=255)
ccccGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGCGCTCAAAGTGGGGATTGGGGGGCTGGGAGGCGGTTTACTTGAGGAt > 2:1198007/1‑289 (MQ=255)
ccGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAACGCCGTTTACTGAGGGATgg > 2:836086/1‑289 (MQ=255)
tCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGGTCCGCCGGTAATGGCCTCCTGCGGCACCGCACTCAAAGGGGGGCTTTGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGTTGGTGACCGACTCCCGCTTgc > 2:351261/1‑288 (MQ=255)
cGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGc < 1:964306/289‑1 (MQ=255)
gTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCa < 1:1795505/225‑1 (MQ=255)
ttAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCaaatcga > 1:1490508/1‑285 (MQ=255)
tgaCTTTTGAGTTCGACACTGATGGGTGGTTCGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGAGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGCAAGCAGCCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCGGGCGGTCGCGGGTTGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCaaatcga < 1:153240/286‑5 (MQ=255)
tGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGt < 1:1382970/289‑1 (MQ=255)
tGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGGTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCaaatcgaagcg < 2:111401/288‑9 (MQ=255)
tGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGa < 1:1680250/288‑1 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTCTTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCAATGCAGCACCGATCCCCAAGTGGGGAATGCCGGGCTGGAAGGCCGTTTCCTGGAGGTGTGTGGCCGACTCCCGATTGGAAAATCGCAGCGTGAtt > 2:1925216/1‑288 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAACGTGGGGATTGGCGGGCTTGAAGGGCGGTTACTGAAGGGTGGTGACCGACTCCCGAGTGGCAAAACGAAGCGTgtt > 2:1018357/1‑285 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCaaatcgaa > 1:233299/1‑275 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCATTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCaaatcgaa < 2:233299/280‑6 (MQ=255)
ttCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATCGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGACCTCAAAGTGGGGATCGGCGGGCTGGACGGCCGTTTACTGACGGGTGTTGACCGTCCCCCGCATCGCAAACCCAAGCGGGTTTc > 2:135494/1‑287 (MQ=255)
cGAATCTGATGGGTGGTTTGACCGGACGGGTGCCGGGTGCGAAGCGCGGGTGGATGATAATGCCGTCTGGAGCGGCTGGCGATTGCAGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACGGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATg < 2:63268/289‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 1:327572/288‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 1:1168577/288‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 1:860080/288‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGACGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 1:973476/288‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTGTGCTGTGGCGGGTGCCGGTTGGGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 2:1675107/288‑1 (MQ=255)
tGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTaaa > 1:1766296/1‑289 (MQ=255)
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aaTGGGCCCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTGACCAGCTGCTCTAGGCCAACCGCATTCCCGCCTTGCCGCGGCCGGAATATCCTGAGTTCGATCGCGCCCCGCAGGTTCCATTCGGGC‑GTGCGCACTGCCAGCTTTGCCCGCAACGTAACCGCACGGGCTAACGCTTACAGGGGCAAATCTCACAACGcacctc > 2:916413/1‑286 (MQ=255)
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TGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGC‑GTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607177‑607735
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
