Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
607,455 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 607,455 | 0 | A | T | 97.1%
| 628.1
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/146); minor base C (8/0); total (127/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 607,456 | 0 | G | C | 99.6%
| 645.5
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (127/145); minor base A (0/1); total (127/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 607,457 | 0 | T | A | 99.6%
| 639.4
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (125/146); total (127/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGCGTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607176‑607735
|||
tGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCAc < 1:1927314/289‑1 (MQ=255)
cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCATCGTTTAACGCGTAAACGCCCGCAGAACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCCATGCAGCCCCGCtc > 2:778185/1‑288 (MQ=255)
cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACTCCCGCAGCACGGGATGCGCCGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGCTCCCCCGTGCATGGTCCCATGCAGCACCCAtc > 2:1194514/1‑288 (MQ=255)
cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGCATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCGTGCAGCCCCGAtc > 2:1394010/1‑288 (MQ=255)
aCCTACTGGTGGGTAGTGAAGCCAATGGCGCCGGGCTGGAGTTCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTGGAAACTGATGGGTGGTTGGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGGAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTgg < 2:2188719/289‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGGCGCGGGGGGTATTGCTGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCCCAAAGTGGGGATTgg > 2:458544/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCgg > 1:983955/1‑287 (MQ=255)
cTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGGAATGGGCTCATGCCGCCCCGATCTCAAAGGGGGGATTGGCGGGc > 2:923474/1‑289 (MQ=255)
tggtggGAAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGAt < 1:2217344/266‑1 (MQ=255)
ggtggGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTg > 1:1043199/1‑289 (MQ=255)
ggtggGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGCTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTg > 1:424919/1‑289 (MQ=255)
gggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGa < 1:937256/288‑1 (MQ=255)
gggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGAGCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCGGGaa > 1:512896/1‑289 (MQ=255)
ggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCCGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGGATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCCGCACCGATCCCAAAGTGGGGTGTGGCGGGCTGGCAg > 2:36288/1‑289 (MQ=255)
ggTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGGGGGGATTGGCGGGCTGGAAg > 2:803096/1‑289 (MQ=255)
tAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAgg < 1:803096/288‑1 (MQ=255)
aTGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCCATGCAGCACCGGTCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGGTGGGAgggtg > 2:540225/1‑286 (MQ=255)
tGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCCGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCCATGCAGCACCGTACCCCAAGTgg > 2:2217344/1‑266 (MQ=255)
tGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGt > 1:232044/1‑289 (MQ=255)
aCGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGttt > 2:2098674/1‑289 (MQ=255)
cGCCAATGCGCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTa < 1:368102/289‑1 (MQ=255)
cGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGttt > 1:1406090/1‑288 (MQ=255)
aaTGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGa > 1:1010127/1‑289 (MQ=255)
tGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAg > 1:1621420/1‑289 (MQ=255)
ccGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGt > 1:1861119/1‑275 (MQ=255)
cgcTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTg > 1:463001/1‑288 (MQ=255)
cTGGGGATCACGTTCGGTCAGTTAACGGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCGCGGACGGGGGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGAc < 2:1345524/288‑1 (MQ=255)
cACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCg > 1:877276/1‑289 (MQ=255)
tCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTGTACTGAAGGAGGGGGATCGACGCCCGATTgg > 2:1480308/1‑289 (MQ=255)
ggTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCa > 1:530783/1‑289 (MQ=255)
tGTTGGGTTCAACACGGATGGGTGGTTTGCTCGGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGt < 2:174271/289‑1 (MQ=255)
tGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGt < 1:340462/289‑1 (MQ=255)
gTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTg > 2:900265/1‑289 (MQ=255)
tGAGTTCGAAGCTGGTGGGTGGTTTGCTGTGAAGGGAGACGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGCTGATAATGCCGTCTGGACCGGCGGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGACAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGa < 2:1673321/288‑1 (MQ=255)
tGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTa < 1:145636/244‑1 (MQ=255)
tGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGa < 2:1257691/288‑1 (MQ=255)
tGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGa < 1:923474/288‑1 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGa > 1:1156638/1‑246 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGAt > 1:121903/1‑287 (MQ=255)
aGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGGGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGAttt > 1:1379803/1‑288 (MQ=255)
gaCTGATGGGTGGTGTGGTCTGCGGGGGGCGCGTTGCGAGG‑CGCGGATGGATGATAATGCCGTCGGGACCGCCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGGTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCGAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGa < 2:201900/287‑1 (MQ=255)
aaCTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGaa > 2:279787/1‑289 (MQ=255)
aaCTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGGATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGaa > 1:554735/1‑289 (MQ=255)
ttggtggtTT‑CTCTGGCGGGGGCGCGTTTCGGAGACGCGGCTGGAGGATGATGACGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGAGGAAAGCAGGCCAGCGTTTACCGCTTAACCGCCCGCAGAACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGAACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTCGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 2:1035242/286‑1 (MQ=255)
tgggtgggTTGCTCGGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑GGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 2:979478/288‑1 (MQ=255)
ggggTGGTTTGCCCTGACGGGGGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCa < 2:530783/287‑1 (MQ=255)
gtggtTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAggg < 2:2228354/288‑1 (MQ=255)
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|||
ATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGCGTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607176‑607735
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
