Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
641,294 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 641,294 | 0 | A | T | 99.6%
| 626.9
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (122/144); total (122/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 641,295 | 0 | G | C | 99.6%
| 628.6
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (121/144); total (122/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 641,296 | 0 | T | A | 98.5%
| 613.4
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (120/143); total (122/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACC‑TGGGAAGGT > CP042583/641014‑641566
|||
cgacAGTGCTGAAATGTTTGAAAAACTGACCTGCATTAAAGGTGCTTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCcg < 2:70894/286‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCcg < 1:1633119/289‑1 (MQ=255)
tataaatgttttGAAGAACTTAACAGCATTAAAGGTGGCTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCGACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTCCGCATATCTGACTATGACGGTTACAACCATTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCATACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATGCCCGCGTca < 2:1707823/278‑1 (MQ=255)
gtTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGc > 1:295098/1‑288 (MQ=255)
gtTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGc > 1:1556244/1‑288 (MQ=255)
tttGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCa > 1:149439/1‑288 (MQ=255)
tttGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGATGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACgggcct > 2:847907/1‑284 (MQ=255)
tGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTct > 2:1617493/1‑287 (MQ=255)
gCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCaa > 1:776668/1‑287 (MQ=255)
cGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCCGCATTTTCGCCCGACGGCAGCaaccg > 2:1191088/1‑286 (MQ=255)
cGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTGACAACGGTGCACCCGCATTCTCGCCAGACGGCCGCAAACTGGCAt > 2:364529/1‑289 (MQ=255)
ttGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTgtc > 1:733218/1‑287 (MQ=255)
tACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCCCGCCAGACGGCAGCAAACGTCCATTC‑CCCTTGCCCaaa > 2:1560170/1‑288 (MQ=255)
cGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAAcc > 1:429517/1‑289 (MQ=255)
tgttCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCgg < 1:1690286/288‑1 (MQ=255)
gttCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTa > 1:479550/1‑289 (MQ=255)
ttCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAg > 1:119698/1‑289 (MQ=255)
tCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGCCGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACCACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAg > 1:857962/1‑288 (MQ=255)
aGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGACTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTc < 2:892524/288‑1 (MQ=255)
aCCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTg < 1:1033681/226‑1 (MQ=255)
cAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAAc < 2:507304/289‑1 (MQ=255)
cggcggTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGTTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGATGTACGTCAGGTGGCTTCATGTCCGCCTCACAACGTGGCACCTGCATTCCTGCGAGACTGCAGCACACTCGCATTCTGCCTT‑TGCACAAACGGTAGTcgtacact > 2:683018/1‑281 (MQ=255)
cggcggTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGaa > 1:1777406/1‑285 (MQ=255)
cggcggTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAAcacg > 1:1543818/1‑286 (MQ=255)
aTGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCTCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGc < 1:1749485/289‑1 (MQ=255)
tGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCt > 1:1233995/1‑289 (MQ=255)
tGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCGCCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATCC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTTAACCTTTACGTATTGGATTTAGCTTCTgg > 2:204311/1‑289 (MQ=255)
tggcccatagtaCTATGACTTTTACGACCAGTTTGCCGTCCACCGGTCACCGCAGCCGCTGCTGTCTCCGGCGTGGTCACCAGCCGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGt < 2:308826/278‑1 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGCTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGCTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGt < 2:720652/288‑1 (MQ=255)
tATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGa < 2:1371882/288‑1 (MQ=255)
aTCTGACTCTGACGACTCAAACCGATTCATCGTTCACGTTTCACCGCAGCGTCTGATGTCGCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGGGGCCTTCGGAAGCGGTCGCTCCGCGCTGGTTCTTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCGTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGAGGGCAGCAAACTGGCGTTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATc < 2:632015/289‑1 (MQ=255)
ggcGGTTACAGCCCGTTTGTCGTGCGCCGTGAACCGCAGCCGCTGATGTCGCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGAATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGa < 2:559130/287‑1 (MQ=255)
gACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTg > 1:1060747/1‑288 (MQ=255)
ttACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGgca > 1:642592/1‑200 (MQ=255)
ttACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGa < 1:252261/288‑1 (MQ=255)
ttACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGAt > 1:915655/1‑289 (MQ=255)
cAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGt < 2:648342/289‑1 (MQ=255)
cAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGt < 2:869427/289‑1 (MQ=255)
cAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGt < 1:61858/289‑1 (MQ=255)
cgaGTGTGTCGGTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCGCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTGTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGc < 2:1862723/287‑1 (MQ=255)
ccAGTTTGTCGTTCACCGTTCACGGTAGCCGCTGCTGTCTCCTGCTTGGTCACCGGACGGTTCTAAACGAGCTTATGTGCCCTTGTAAAGCGGTCGTTGCGCGCTGGTTATTCGAACGCTGGCAAATGGGGCTGTACGTCAGGTGGCTATTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTAGCCAGACGGCAGCAATCTGACATTC‑GCCTTGTCTAAAAACGGTAGCCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGACAGGTGACTGATGGTCGc < 2:433081/289‑1 (MQ=255)
ccAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGc < 2:378066/289‑1 (MQ=255)
cagtgagTCGTTCACCGTTCACCGCAGCAGCAGCTGTGTCGCGAGTGGTCACCAGACGGTTCTACGCTGGCTGATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGAACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGGACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCGGATACGCCAGGTGACTGATGGt < 2:761555/279‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTACTGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCCGTa > 2:1913642/1‑289 (MQ=255)
ttGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTaa < 2:5326/289‑1 (MQ=255)
tGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATCCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑TCCTTGACGAAACCCGGTAGTCTGAAc > 2:1629177/1‑229 (MQ=255)
tCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATac > 1:1623755/1‑288 (MQ=255)
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cTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTTGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCCTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTCACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATAACCACGGCGGTGCGCCCCAACGTATTACCGTGGGagg > 2:1418138/1‑287 (MQ=255)
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CGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACC‑TGGGAAGGT > CP042583/641014‑641566
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A