Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
663,632 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 663,632 | 0 | A | T | 99.6%
| 528.9
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (121/103); total (121/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 663,633 | 0 | G | C | 99.6%
| 519.3
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (120/103); total (121/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 663,634 | 0 | C | G | 99.6%
| 529.9
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (121/102); total (121/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAAT > CP042583/663353‑663913
|||
cgaaCTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGgc > 1:1950387/4‑288 (MQ=255)
aaCTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGcgcg < 1:1781264/288‑1 (MQ=255)
gACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGtt > 1:879783/1‑286 (MQ=255)
ctGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTTAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGt > 2:1749752/1‑287 (MQ=255)
gcccatATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGc < 1:361889/284‑1 (MQ=255)
cAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCg < 1:1909072/288‑1 (MQ=255)
aCAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACAttt > 1:1704497/1‑289 (MQ=255)
aCAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACAttt > 1:1402120/1‑289 (MQ=255)
tccTTCATACTTTGTAAATCATGCTTCATTATTAATCCGGAAAATGGAAGCGACGC‑TTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATTAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTTATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCGGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:1906082/288‑1 (MQ=255)
gcgttCATACTGGGTAATTGATGCGGCATTATTACTCGGGAAAATGGAAG‑GGACGGTTTTGGGTGGCGGGACGTTAAAAATTTTAACGGCATGTAGCGAACTGAAAGGAATGAAAAAAGGTTATTAAGCGTTGGGGTAAAGTGATTAGGGAGGCTTTGCCCGTAATGTAACCATATCGGAATAAGTTATGGTTTTAAAGTGGGGGCATTATGATGAAAAAAATACCCTGCGTGAGGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:221464/286‑1 (MQ=255)
gcattCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAGTGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCAGAGCGCAATAAGATATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGGGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTATCGGAACATTTACCAGa > 1:1001591/4‑289 (MQ=255)
gCCTTCATACTTGGTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa > 2:1546103/1‑289 (MQ=255)
gCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGCAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTTCAATTAACCATCTTAAATTAAAGAAAAAATGTTATGAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACGATAACGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGGGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:32088/289‑1 (MQ=255)
gCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 1:1284210/289‑1 (MQ=255)
gCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:93043/289‑1 (MQ=255)
gatAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCa > 1:610858/3‑289 (MQ=255)
ttCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGcgcg > 2:716660/1‑289 (MQ=255)
ttCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGcgcg > 1:1012388/1‑289 (MQ=255)
aTGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATa > 1:491107/1‑289 (MQ=255)
ttaCTCCGGAAAATGGAAG‑GGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATg < 2:1161003/289‑1 (MQ=255)
taCTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATgg < 2:1402120/289‑1 (MQ=255)
cTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCa > 1:1770726/1‑289 (MQ=255)
cGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAAtt > 2:101109/1‑289 (MQ=255)
tggaagcgacgattttGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCAAAATTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTACTGTTAGCGGAACATTTACGCGAAGATCAAACGAAGCGCGATCAAATCTTGATGGCAATTATgggat > 1:1852279/13‑287 (MQ=255)
aagcgacgattttGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGa > 1:1621756/10‑230 (MQ=255)
tttGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGa > 2:1871007/1‑286 (MQ=255)
ctggcCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGa > 1:369426/1‑289 (MQ=255)
ggcCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACg < 2:1828306/289‑1 (MQ=255)
gcCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACgg > 1:1251533/1‑289 (MQ=255)
gCATTTAGCCAACTTAAATGAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCa < 2:452335/289‑1 (MQ=255)
aTTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACt < 1:1871007/289‑1 (MQ=255)
tttAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTg < 2:1567693/289‑1 (MQ=255)
aCTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGGTGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGTGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTaa > 1:108115/1‑289 (MQ=255)
cTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTaaa > 1:1465737/1‑289 (MQ=255)
cTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACGGACCAGTaaa > 1:1304219/1‑289 (MQ=255)
aaTTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCg < 1:1563226/289‑1 (MQ=255)
aaTTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCg < 1:1489088/289‑1 (MQ=255)
aaTTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCg < 2:491107/289‑1 (MQ=255)
tGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCatta > 1:514376/1‑289 (MQ=255)
tGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCatta > 2:291256/1‑289 (MQ=255)
aaaaTGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAg < 1:804609/289‑1 (MQ=255)
aTGTTATTAATCGTTGCGCTAAAGTCATTAGAGCTTCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTGAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCg < 2:685684/289‑1 (MQ=255)
aaTCGTTGAGTGAAAGTTATTAGGGATCATTTGGCCTTAATGTAACCATATCGAAATAAGTTATGTTTTTAAATTGGGGGCATTATTAAGAAAAAAATATCCTGCGTGGTGTTGCGAGGTGG‑AGCCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCTGAACATTTACCCGAAGAACAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCGGGTAGCGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCg < 2:1573850/289‑1 (MQ=255)
tCGTTGAGCTAAAGTAATTAGGGTTGCTTTGCCCTTAATGTAACCAGATCGCAATAATTTATGTTATTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGTTGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAATGTCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTAGGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGAt < 2:369426/289‑1 (MQ=255)
ttGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATcc > 1:83913/1‑288 (MQ=255)
gAGCTAAAGTCATTAGGTATGCGTGTCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTAGGGTTTTAAATTGGGGGCAGTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCGGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCcgcg < 2:1721747/289‑1 (MQ=255)
aTTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTa < 2:744522/217‑1 (MQ=255)
aTTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCAGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTa > 1:744522/1‑217 (MQ=255)
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|||
GCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAAT > CP042583/663353‑663913
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
