Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
665,741 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 665,741 | 0 | A | T | 98.4%
| 574.7
/ NA
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (110/133); minor base G (2/2); total (114/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 665,742 | 0 | G | C | 100.0%
| 583.1
/ NA
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (114/135); total (114/135) |
| * | CP042583 | 665,743 | 0 | C | G | 98.8%
| 571.2
/ ‑5.7
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (111/134); minor base T (2/1); total (114/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CACCAGAAATTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCAT > CP042583/665454‑666021
|||
caGAAATTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAATGCTCTGGGGGTTGAGGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGGCGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATATCTTAAACTGGTACGGCGGTATTATCTGCTTAAGGTCCTTATTaatgaa > 2:848753/1‑285 (MQ=255)
aaaTTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCCCCTTATTACCCAAAGt > 2:1155197/1‑289 (MQ=255)
aTTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTa > 1:1575366/1‑289 (MQ=255)
aaCAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGt < 1:57408/289‑1 (MQ=255)
cATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGaa < 2:1348522/289‑1 (MQ=255)
tCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAg > 1:10397/1‑288 (MQ=255)
ggCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATa > 1:627972/1‑289 (MQ=255)
ggCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATa > 1:1470346/1‑289 (MQ=255)
gCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATa > 1:174567/1‑288 (MQ=255)
gCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCGGGTACGGCGGTATGATCGGCTTAAGCTCCTGATTATCTAAAGTTAAATTATTCTAATGGTTAGCTGAAGACTTTAAAAATa > 1:470048/1‑288 (MQ=255)
aCTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCAttt > 2:1465270/1‑289 (MQ=255)
aGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGAt < 1:1107283/289‑1 (MQ=255)
aCCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATgg < 2:452406/288‑1 (MQ=255)
ccGATGAAAATCCTCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGt < 1:66765/288‑1 (MQ=255)
ccGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGt < 1:198505/288‑1 (MQ=255)
gATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAAttcttc < 1:508450/241‑1 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGaa > 1:1518006/1‑243 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:10511/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:1405554/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:1717065/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGATCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGATGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTACTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCAGAGACATTTAAAAATAACCTAGCATCTGATGGtacgg > 2:1847573/1‑285 (MQ=255)
agaTCCGCGAAAAGATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTTGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTa < 2:299507/286‑1 (MQ=255)
cGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTattatt < 2:924536/289‑1 (MQ=255)
tCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCt < 2:10511/289‑1 (MQ=255)
cgttGTGCTGGGGTTGATGGGCTGGATTTTCAGTAAGGCGCTGGGGGTTGATGAAGCCACAGGTGCAATCGTTGTTAGGGCAACCATGCTACTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTGATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCTAACGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAATATAACCTGGCAGTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCt < 2:1654379/286‑1 (MQ=255)
cTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTGCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCt < 1:900646/288‑1 (MQ=255)
tttGTGCTGGCGCTGCTGTGCTGGATTTTCATTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCa < 2:788495/289‑1 (MQ=255)
gtgCTGGCGCCGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTGCCTCAGCa < 2:196011/289‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGt < 2:545463/246‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGt > 1:545463/1‑246 (MQ=255)
cgcTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCg < 1:1347221/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGt > 1:1876048/1‑289 (MQ=255)
gctgggctggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGGTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAAAGTTGCTTTCTTCGTTATTAGTTTCCTTAGTATTAGCTTGCGt > 2:840843/1‑289 (MQ=255)
gctgggctggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTattatt < 1:407277/268‑1 (MQ=255)
tggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATttct < 2:1228557/289‑1 (MQ=255)
gATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATttcttc > 1:865895/1‑289 (MQ=255)
aaGTCTCTGTGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 2:1405554/288‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTGATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 2:242685/288‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 2:660805/288‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 1:724241/288‑1 (MQ=255)
aGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAg > 1:1219034/1‑289 (MQ=255)
tGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTa < 1:601265/282‑1 (MQ=255)
tGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTa > 2:601265/1‑282 (MQ=255)
tGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCta > 1:356056/1‑289 (MQ=255)
gggTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCtata < 2:627972/288‑1 (MQ=255)
gggTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATCATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCtata < 1:1653971/288‑1 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCTTGGCAATAGTTGTTATGGCACACATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTTGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGt < 2:517342/289‑1 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGt > 1:1281674/1‑206 (MQ=255)
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tgaATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGc < 2:10397/288‑1 (MQ=255)
tgaATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTCATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCt < 1:1174208/289‑1 (MQ=255)
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aCCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCATCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTATTTCCTATTTTGTTGCTATGTTCCCGGTATTTGCCATGCTgtggaatg > 2:1086363/1‑282 (MQ=255)
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tgctgGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGgcgc < 1:1865751/289‑1 (MQ=255)
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tCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGt < 2:1757810/287‑1 (MQ=255)
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cTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCa > 1:643079/1‑287 (MQ=255)
cTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTCCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATTCTGGCGAACGTATCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTCGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTAAGGCGGCATCGTTCCTCACTATGGCGGCGCGCCcggtccggtctc > 2:326460/1‑286 (MQ=255)
|||
CACCAGAAATTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCAT > CP042583/665454‑666021
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
