Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
665,741 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 665,741 | 0 | A | T | 99.2%
| 631.5
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (132/134); total (133/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 665,742 | 0 | G | C | 100.0%
| 630.6
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (133/135); total (133/135) |
| * | CP042583 | 665,743 | 0 | C | G | 99.6%
| 624.9
/ NA
| 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (132/134); total (133/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATC > CP042583/665473‑666022
|||
ggATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGa < 2:497451/288‑1 (MQ=255)
aaCAAAACCGTCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAAGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCATGGCAATCGTTATTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGt < 1:618938/289‑1 (MQ=255)
cAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTa > 1:205137/1‑289 (MQ=255)
aaCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTa > 1:586100/1‑286 (MQ=255)
aaCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTa > 2:1206559/1‑286 (MQ=255)
aaCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTa > 2:426107/1‑286 (MQ=255)
ccATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGGTTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGa > 2:1438969/1‑277 (MQ=255)
gCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATaa > 2:1464367/1‑289 (MQ=255)
gCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATa > 1:697279/1‑288 (MQ=255)
cTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAAc < 1:937848/288‑1 (MQ=255)
gCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAAc < 1:168670/285‑1 (MQ=255)
aCTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCAttt > 2:655520/1‑289 (MQ=255)
aCCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATgg < 2:825425/288‑1 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATg > 1:1401174/1‑245 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 2:953921/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:1096797/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 2:780168/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:1357331/1‑289 (MQ=255)
aTGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACg > 1:1322060/1‑289 (MQ=255)
cgAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATTGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGTAAACTTTGCt > 2:1058278/1‑289 (MQ=255)
ctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGttatta > 2:213137/1‑289 (MQ=255)
cGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTattatt > 1:1766554/1‑289 (MQ=255)
gtgCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCa < 2:756815/289‑1 (MQ=255)
ttcTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTTGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAAACATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCa < 2:1348062/286‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGaa > 2:1699473/1‑204 (MQ=255)
cTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTa > 2:1912616/1‑289 (MQ=255)
tGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTa < 2:624614/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTc < 1:1645670/275‑1 (MQ=255)
gctgggctggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGt > 1:1756429/1‑289 (MQ=255)
gATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATttcttc > 2:329009/1‑289 (MQ=255)
aTTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATttcttc < 2:1638053/288‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGCATGCACCGTGGCACTCTTTGTTATGGCAACCATTCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCTGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGT‑ACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAg < 1:1627547/289‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 2:797556/288‑1 (MQ=255)
aaGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTa < 1:975414/289‑1 (MQ=255)
aaGGCTCTGGGGGTTGATTAATCCCCCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGt < 2:586100/288‑1 (MQ=255)
gTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGt > 1:1419412/1‑289 (MQ=255)
ttggggTTGATGAGTCCACGGTGGCAATCGATCGGAGGGCAAGCATGCTGCTGCGGTGTATCGGTACCTGGGAAGAAGTGGGTCAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCGTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTAGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAAGAACCTGGCATTTGAGGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGGGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCta < 2:685898/287‑1 (MQ=255)
ggTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTatat < 1:1226740/288‑1 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTc > 2:333568/1‑239 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTc < 1:333568/239‑1 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCtata > 1:283705/1‑285 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGt > 2:1136370/1‑289 (MQ=255)
ttGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATGTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGt > 1:1054212/1‑289 (MQ=255)
gatgaATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTTCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTg > 2:741727/1‑289 (MQ=255)
gatgaATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTTCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGtt > 1:45366/1‑288 (MQ=255)
tCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCt < 1:157197/274‑1 (MQ=255)
cGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACgg < 2:634280/198‑1 (MQ=255)
cGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGtta > 2:1416603/1‑218 (MQ=255)
ggCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTa > 2:1152896/1‑289 (MQ=255)
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|||
GGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATC > CP042583/665473‑666022
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
