Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
689,895 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 689,895 | 0 | G | C | 99.2%
| 593.2
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (120/135); total (122/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 689,896 | 0 | C | G | 99.2%
| 602.9
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (121/136); minor base T (1/1); total (122/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 689,897 | 0 | T | A | 98.5%
| 594.8
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/135); minor base G (1/3); total (122/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGC‑TACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCT > CP042583/689618‑690173
||||
gggTTTGTAAATCAATAAGCGGTGCAAAGGGCTGCCCGTTGTCCGCCGCTCGCTGCCTTTGCCAGATCTACCAGATCCCTCCGACATGCCCCTG‑AAAAAGTGTGGCGGTATTCGGCTCCCTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGGGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCCCCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCa < 2:1205418/288‑1 (MQ=255)
ttttGTCCATCTATCACCGGTTCAAACGTATGCCCGTTGTCCTCCGCTCGATGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCCACATACCCCGGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGCCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATACCCTCCAGACCGCGAATTTACCCCGCCTGCATTTTCGCGATCAGTTCCTGACGTTTATCGCTTATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATgg < 2:1912768/288‑1 (MQ=255)
tGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCAACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGCTCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATTGTGGCGTCGTTGCAGGGCG‑ACCCGGGCATGgtgt > 2:1613820/1‑289 (MQ=255)
gTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCTCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCCTGGtgtg > 2:185950/1‑289 (MQ=255)
cAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGCTCAGTTCCCGACGGTTAACGCTGATGGTGGCCTCGATGTAGGGCG‑AACCGTCCATGGTGTGGGTGaa > 2:1119017/1‑289 (MQ=255)
aGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGGGGGTGAAATCCa > 2:1563471/1‑289 (MQ=255)
taaaaaGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 1:819827/287‑1 (MQ=255)
tCAAACGTCGGCCCGTTTCCCCCCGCTCTCTACTTTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGCCATACCCCTGTACAAAGT‑GAGCGTTATTCGGCTCCCTGCCGTCGGTGATCACCTGACTCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCCCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 2:273951/289‑1 (MQ=255)
tCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TGGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 2:956268/289‑1 (MQ=255)
tCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 1:266039/289‑1 (MQ=255)
cAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgcc > 2:495023/1‑287 (MQ=255)
tGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTCCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCCCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGGGGGTGAAATCCACCGCAGCTTCGCTa > 2:1349349/1‑288 (MQ=255)
gCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACg < 1:836849/289‑1 (MQ=255)
gCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACg < 1:495023/289‑1 (MQ=255)
cccGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGt > 1:1374995/1‑264 (MQ=255)
tccGCGCGCTGAGTTGGCCAGATCTGCCAGTTCCCTTCGACATACCCCTTGAAAAAGT‑TGGCGGTATTCGGCCCACTGCCGTCGGTGTTCACCGGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCCCCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTa < 2:1377454/289‑1 (MQ=255)
tgccagatctgccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCa > 1:1277230/1‑289 (MQ=255)
atctgccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAAACCCGACCCGCCGCtt > 1:154073/1‑287 (MQ=255)
ataccagttcACTTGGACATTCCACAGTAACAAGT‑CAGCGGTATTCGGCTCACTGCGGTCGGTCACTCCTTGAATCGGTGCGGCGGGGTTGGGGGGCTGCAGCTGTTCCGCAACGTCCACCGGAACAACCCCAAGCGCGGAAATGTTCCCCGCGTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGGTGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGACGTCCAGCGCCGCTTCGGTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGGTg < 2:322861/286‑1 (MQ=255)
ccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCCGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAg > 2:1751747/1‑289 (MQ=255)
ccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAg > 2:545306/1‑289 (MQ=255)
ccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAg > 2:582839/1‑289 (MQ=255)
atcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGa > 2:1077940/1‑289 (MQ=255)
cctcTTCGACATACCCCGGTACCAGGT‑TAGCGGGATTCGGCTCCCGGCCGTCGGTGATCACCGGAATCGGGGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCGCCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTc < 2:1638263/283‑1 (MQ=255)
tCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTaa > 2:157133/1‑289 (MQ=255)
aCCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTc < 1:874652/274‑1 (MQ=255)
aCCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTa > 2:390472/1‑289 (MQ=255)
gTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCCTCGCTAAGCTGTTCCAGCAAAATCCCGAACCGCAGCTTGCTGGAATCGAGGTGAATGCCGTCACCaaa > 2:1340038/1‑289 (MQ=255)
tACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAACATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCaaaa > 2:1453894/1‑289 (MQ=255)
tACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCaaaa > 1:1303789/1‑289 (MQ=255)
aGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATaaa > 1:1931523/1‑289 (MQ=255)
aGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATaa > 1:92888/1‑288 (MQ=255)
aGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATaa > 1:1426803/1‑288 (MQ=255)
t‑tAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAAc < 1:1077940/288‑1 (MQ=255)
gtcttCGCCTCCCGGCCTTCGGTGATCACCGGAATCGGTGCGGTGGCGTGGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGAAATAACCCCCAGCCCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGt < 2:1277230/285‑1 (MQ=255)
aTTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCACAAATAAACAGCAGTagc > 1:3381/1‑289 (MQ=255)
ttCGGCGCCGTGCCGTGGGTGGTCACCTGAGTGGGGGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGAAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTagca < 2:1166130/289‑1 (MQ=255)
tCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTagcag > 1:180134/1‑289 (MQ=255)
gctgCTGACGGCCGTCGGGGACCACCGGAACCGTGGGGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCCAAAAATCCACCGGACTAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCAGTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCGGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTagca < 2:1926085/285‑1 (MQ=255)
cgcgccgctgcgcgcGGTGACCACCGGAATCGTGGCGGTGCGTTTGGGCCGCCCCATATGTTCCACAAAATCCACGGGATTACCCACCAGCCCGGGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTagcagc < 2:1934882/275‑1 (MQ=255)
tccttccagTCGGTGATCACCTGAAGCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCACCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCggg < 1:570846/280‑1 (MQ=255)
cACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGAt < 1:370604/289‑1 (MQ=255)
tGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCAc > 1:660270/1‑289 (MQ=255)
cGTCGGTGATCCCCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATACCCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTAc < 1:1745960/289‑1 (MQ=255)
tCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCTCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCAATAcc > 1:734879/1‑288 (MQ=255)
gTGATCACGGGAGTCGTGGCGGGGGCGTGGGCGGCCACCATCTGTGCGGCAAAGGCCGCCGGAATAACCACCAGCCGGGAAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCa < 2:1173669/288‑1 (MQ=255)
tCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTc < 2:483222/229‑1 (MQ=255)
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aTAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTAcgc < 1:1951491/289‑1 (MQ=255)
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gTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCtt > 1:1090152/1‑288 (MQ=255)
||||
GGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGC‑TACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCT > CP042583/689618‑690173
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A