Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
703,511 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 703,511 | 0 | G | C | 99.5%
| 436.2
/ NA
| 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (108/81); total (109/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 703,512 | 0 | C | G | 99.0%
| 442.2
/ NA
| 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (107/81); minor base T (1/1); total (109/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 703,513 | 0 | T | A | 98.9%
| 434.0
/ ‑4.9
| 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (106/81); minor base G (1/1); total (109/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703231‑703792
|||
ccACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑tcg‑tc < 1:541214/289‑1 (MQ=255)
cACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑tcg‑tcg < 1:728794/289‑1 (MQ=255)
cACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑tcg‑tcg < 1:579836/289‑1 (MQ=255)
cGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGGA‑tcg‑tcctt > 2:1661660/1‑286 (MQ=255)
cGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑tcg‑tcgga > 1:1443515/1‑287 (MQ=255)
atcatGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTATTCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTTGCGGTGTGGGGGGGCGAA‑TCG‑TCGTGATGGGAAccccg > 2:229958/1‑286 (MQ=255)
atGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCg > 1:1699785/1‑289 (MQ=255)
atGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCg > 1:965204/1‑289 (MQ=255)
aCCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAt < 1:1659260/287‑1 (MQ=255)
aCCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAt < 2:182951/287‑1 (MQ=255)
gaacgtcgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTACAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACt > 1:451342/10‑289 (MQ=255)
gtcgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTc < 1:148895/284‑1 (MQ=255)
cgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCCACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGT‑CTACGCGTTCGT‑ATCGGCAACCCTGCCATAAAAGTTATTAGTATGCACTGTTcgc > 2:156427/4‑287 (MQ=255)
cgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTTAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCg > 1:429967/4‑289 (MQ=255)
cgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCTGAATCGGAACCCGTGCCGTAAAAGTTATGGGTATCAACTTTCCCg > 2:160296/4‑289 (MQ=255)
cgaggTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCg > 1:20064/4‑289 (MQ=255)
gTCGGGGTGGGCTGGTTGGTGAGAATTGTATTCCTCAAATCTTTGGTCTTCGCCGTGCGTGACCCACTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACTCACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGaa < 2:1442726/288‑1 (MQ=255)
gTCAGGTTGGTTTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGaa < 1:1553629/288‑1 (MQ=255)
tCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGaa < 1:462364/287‑1 (MQ=255)
tCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAAACGGAATCCGTGCCGTAAAAGGTATGAGTAACAACTTTTCCGGAATGATTTAGGgc > 2:754714/1‑289 (MQ=255)
ggttggtGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGgccgc < 2:336045/289‑1 (MQ=255)
ttggtcgtaaTTTTTTTCTTCACTTCTTAGGTGTTCGCCTTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACTTCGCTGTTGGGCTGAGTAATCTTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGccgccg < 2:681424/281‑1 (MQ=255)
ttgataataTTTTATTACTCACATCGTTGGACTTCGCCGTGCGTGAACACGTCCAGCTATTCAGATGGCTGGTTGGGAGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGTTAATCCTTCTGTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTTGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGccgccg < 2:1393588/280‑1 (MQ=255)
tggtGAGAATTTGATTACTCACATGTTGGGTATTCGCCGTGCGTGGCCGAGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTATTATTCGACGCCCCGGCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGGGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGccgccg < 2:305265/288‑1 (MQ=255)
tGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTc > 1:882217/1‑288 (MQ=255)
tGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTc > 1:901471/1‑288 (MQ=255)
gagaATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTcc > 2:615405/1‑288 (MQ=255)
aTTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TGGTAATCGGAATCCGTGCCGTCAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCaa > 1:1670349/1‑288 (MQ=255)
aTTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGTAATAATTCAGGGGCGCCGTTCCCTCat > 2:1176961/1‑288 (MQ=255)
ttattaCTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCTCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATg < 1:1470918/289‑1 (MQ=255)
ttaCTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATgggg < 1:836102/289‑1 (MQ=255)
cTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAg > 1:1522099/1‑289 (MQ=255)
cGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCg > 1:595778/1‑289 (MQ=255)
gCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATTAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGTCAGACTAGCCCGGCACACCGa > 2:459281/1‑289 (MQ=255)
gCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGa < 1:1116946/289‑1 (MQ=255)
tgcgtgaccAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATgg > 1:1791039/8‑288 (MQ=255)
gcgtgaccAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGTGGGGGCAGAATACCCCGGCAAACCGATGGTc > 2:770996/7‑289 (MQ=255)
gtgaccAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCg < 1:1330850/284‑1 (MQ=255)
accAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCTGTGGTCGAC‑TCG‑TCGGTATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTAGCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCACAGTCCCCGCAGATGGGGCAGAATCGCCGGGCAAACCTATGGTCgg > 2:550008/2‑286 (MQ=255)
gCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGATAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGccgccg > 1:1429767/1‑286 (MQ=255)
cTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTg > 1:1275727/1‑289 (MQ=255)
tgttaacgtCGGTGGGGGCCTGGATAATATTCGCCGCCCCGCCCGTAACAGCCGTCATCAGGTAGTCCTGATTTAAGCGGGGGCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTg < 2:1795416/280‑1 (MQ=255)
tCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCgt > 1:1587408/1‑289 (MQ=255)
tCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCgt > 1:690536/1‑289 (MQ=255)
ccattCGCTGGTGGGTTGAGTACTATTCCACCCCCCGCCCATAATCGCCGTAATCAGCTATTCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCTAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCgtg < 2:876065/285‑1 (MQ=255)
cacaTCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCgtg < 1:770996/289‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGtgttgt > 2:701486/1‑288 (MQ=255)
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cGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGgcg < 1:1511951/289‑1 (MQ=255)
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CCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703231‑703792
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
