Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
734,098 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 734,098 | 0 | A | T | 99.5%
| 436.7
/ NA
| 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (87/97); minor base G (1/0); total (88/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 734,099 | 0 | G | C | 97.3%
| 408.9
/ NA
| 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/5); new base C (88/92); total (88/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 734,100 | 0 | C | G | 99.5%
| 431.0
/ NA
| 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (88/95); total (88/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTG‑AGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAC > CP042583/733832‑734376
|||
gATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGt > 1:1389601/1‑289 (MQ=255)
aGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATgaga > 1:1209329/1‑289 (MQ=255)
ggAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGcc > 1:918586/1‑288 (MQ=255)
tGGGATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGGGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCtt < 1:1912483/288‑1 (MQ=255)
ggAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCtt < 1:1745828/287‑1 (MQ=255)
tGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGcc < 1:159709/289‑1 (MQ=255)
ggCTTAATGTCGTTTGCAAACGTTTCCTGGGGTTGATTCCGACGGTGTTTTTCGTCTCGGGGCTGGTGTTTTTGTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGcc < 2:1559660/288‑1 (MQ=255)
ttAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAAc > 1:432509/1‑289 (MQ=255)
cGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCtgtg > 1:292966/1‑288 (MQ=255)
gTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 1:1057917/289‑1 (MQ=255)
gTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCATGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 1:763944/289‑1 (MQ=255)
ttttcagtggCTTCCGGGGGTTGTTTCCGTGGCGGTTGATCGTGTCGGTGCTGGTGTTTTTGTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGGCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 2:1824941/279‑1 (MQ=255)
ttATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGTTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGGTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGCCGTCCGGTTGCCGTTGAGATGTCCAGCCGCTTAATGCCAACGCtgtg > 2:302288/1‑286 (MQ=255)
tATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTg > 1:18477/1‑289 (MQ=255)
tATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTCCAGGGGGATTTTGGCCTTTCGATGGTGTCGC‑CG‑CGTCCGGTTGCCGTTGAGCTTGCCAGCCGCTGTGTGCCAACCCTGTGGcg > 2:1070077/1‑287 (MQ=255)
tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTTTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAc < 1:1423268/289‑1 (MQ=255)
tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGa > 2:620036/1‑288 (MQ=255)
tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTGATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAc < 1:302288/289‑1 (MQ=255)
cAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAcc < 1:1298570/289‑1 (MQ=255)
caCGCTTGTTGGGGTTGATTCCTGCGCTGTTGTTCGCCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATAGGCTGCCCGGCGGTCCGGCTCGCTTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCAt < 2:1389601/288‑1 (MQ=255)
cGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGTTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATaa < 1:1627629/289‑1 (MQ=255)
cGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATaa < 1:698595/289‑1 (MQ=255)
aCTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTTTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCTGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGt > 1:1003650/1‑289 (MQ=255)
aCTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGACCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGt > 1:34478/1‑289 (MQ=255)
gTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAATCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGAGAAGCCGCTGTATCACCAGTTCTTGCACTATACCAGCAATGATGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑TGTCGTCCGGTTGCCTATGAGATTGCCTGCAGCGTTATGCCAACGCTGTGGCGCAACATTACCAGTAAGGTc > 2:1587856/1‑289 (MQ=255)
ttGTTTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTTTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTc < 1:1587856/288‑1 (MQ=255)
aTTCCGAGGCTGTTTTTCGTTTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATCGGCTGCCCGGCGATCCGGGGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:18477/289‑1 (MQ=255)
aTTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:292966/289‑1 (MQ=255)
ttccggccgtGTTTATCGTCTGGGTGCTGGGTTTTGTGTTTGTCCATATGCGGCCCGGGGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTGATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:1481379/279‑1 (MQ=255)
ttCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 1:987431/288‑1 (MQ=255)
ccGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCgg < 1:366472/289‑1 (MQ=255)
gccGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGtt < 1:19913/287‑1 (MQ=255)
aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGTGATTGCCAGCCGCTTTCTTCCACTGCTTTGGCCGACCATAACCAGTATGGTCTCGGCGGttt > 2:1315982/1‑288 (MQ=255)
aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTta > 1:679159/1‑289 (MQ=255)
aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGGGGCTGACCATACCCAGTTAGGTCTGGGCGGt > 2:1345869/1‑287 (MQ=255)
gCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTtata < 1:324402/289‑1 (MQ=255)
tGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGtt < 1:534064/284‑1 (MQ=255)
tttATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTg > 1:1938759/1‑289 (MQ=255)
ctcggTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCATTCTGCCAACGCCTTGGCTTGCCATAACCAGTATGGTCTGGGGGGTTGTTTTTGGTAtctgt > 2:534064/5‑285 (MQ=255)
gtgtTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTCAGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTTTGGCGGCGGGAATTa > 2:709386/1‑289 (MQ=255)
tttgtttgTCCCGCTGCTGCGCGGCGATCCGGTGCGATTGGTTGCCGGGGCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGCACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATcgcc < 2:1035145/289‑1 (MQ=255)
ttATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATcgccg < 1:1315982/289‑1 (MQ=255)
tctCCATAGGGTGCCCGGCGGTCGGGCGCATTTGATTGCCGGGCCCGAGGCTGATGCGAAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTc < 2:918586/287‑1 (MQ=255)
tGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTc < 2:698377/289‑1 (MQ=255)
tGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTc < 1:1193612/289‑1 (MQ=255)
gtgccATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTc < 1:624913/286‑1 (MQ=255)
tgtgctgcCCGGCGTTGCGGAGCGATGCATTGCCGGGCCAGAAGCTGATGCGCATGTTATAGACCTGGTGCGTCAGCAGCTGGGTT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGAGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑TGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGt < 2:1748163/287‑1 (MQ=255)
atGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTCTGGTCTGGCCGGTTATATTTGGTATGGCTGCGGGATTTATCGACCCCGTCTGGCGTa > 2:1535354/1‑289 (MQ=255)
atGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg > 2:1796637/1‑241 (MQ=255)
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cccGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCGGGCGTAACCGTTGGCCTGGTCGATTGAGGTTGACATTTGCgg > 2:823890/1‑289 (MQ=255)
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cAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGCTCGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGAAGGACCATTGCGGTGTCGGGGATctcgt > 2:1688620/1‑285 (MQ=255)
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t‑tGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAAtt < 2:432509/288‑1 (MQ=255)
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atatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTa > 1:1027889/1‑288 (MQ=255)
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aGGGGGATTTTGGCCTGTCGATTGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGtt < 2:805498/288‑1 (MQ=255)
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ggggATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATAGTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTgg < 1:1810512/288‑1 (MQ=255)
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ggATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGTTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt > 1:705553/1‑209 (MQ=255)
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ttttGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGGTTGAGTATGACCTTTGCGGTGGCGGGGATCTTGTTTCCGGCATTTGCTCGGGGGATGCTTTTAATTCAGGTACTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCCTGGGTGCAGACACGTGgcagca > 2:621680/1‑288 (MQ=255)
|||
GATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTG‑AGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAC > CP042583/733832‑734376
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
