Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
744,068 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 744,068 | 0 | A | T | 98.8%
| 565.5
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (104/133); total (109/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 744,069 | 0 | G | C | 100.0%
| 574.7
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (109/134); total (109/134) |
| * | CP042583 | 744,070 | 0 | T | A | 99.6%
| 571.6
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/134); minor base C (1/0); total (109/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
ATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTAGTAGCGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGC > CP042583/743790‑744345
|||
aTGCGGAGGTGGAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCGGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATC‑GGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 2:659101/289‑1 (MQ=255)
tGCGGATGGGAACCTGGAGCCGGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATAAAACTCACCTATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 2:378050/289‑1 (MQ=255)
tGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTgg > 2:120370/1‑288 (MQ=255)
tGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 1:601844/289‑1 (MQ=255)
tGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 1:69262/289‑1 (MQ=255)
cGGATGAGAAACTGGCTCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTc < 1:1399095/288‑1 (MQ=255)
cGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 2:1818420/287‑1 (MQ=255)
aTGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCtgat > 2:226335/1‑289 (MQ=255)
ggATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTTATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGGTGATTTCGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCCTTTAATGGTTTGGTGGATGGtttg > 2:1872763/1‑287 (MQ=255)
aTCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCCATGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGATTGATGAATGGGTAtt > 2:1652102/1‑287 (MQ=255)
ccTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGATTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTg > 2:208082/1‑289 (MQ=255)
ccTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGcccacaagacg > 2:304436/1‑280 (MQ=255)
gaatAAAATAATGACCAGCTGTGGGGTTGGTCAGGCGCGTAAGGCTGATAAGGTTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGAGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACTCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGt < 1:1443942/286‑1 (MQ=255)
acatctgtgccAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACGCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGGTGCCTGGGCGAAGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGGGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGAc < 2:166147/280‑1 (MQ=255)
aaTCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGAcc > 1:529328/1‑289 (MQ=255)
gagcAGCTACGTGGTGGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGTTATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 2:1720696/286‑1 (MQ=255)
gACCAGCTATGTGGTTGGGCATGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGTCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCACACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGTCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 1:1476418/289‑1 (MQ=255)
gACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 2:1158326/289‑1 (MQ=255)
cTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCtt > 2:550310/1‑288 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGc > 1:1686567/1‑289 (MQ=255)
gCAGGGTCTTACGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCa < 2:1185304/288‑1 (MQ=255)
gCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCa < 1:550310/288‑1 (MQ=255)
acAGGCGCTTAAGGCAGATACGATTAAACGCACCGAAAGGGTGACGGTCGTTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCa < 2:101923/287‑1 (MQ=255)
gcgcTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACgg > 1:1185304/1‑287 (MQ=255)
cgcTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACgg > 1:890134/1‑286 (MQ=255)
tAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGAt > 1:656473/1‑289 (MQ=255)
aaGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATCTGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAAATGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGAt > 1:871136/1‑288 (MQ=255)
ccGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGcc > 1:932445/1‑289 (MQ=255)
ccGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGcc > 1:1073465/1‑289 (MQ=255)
aaaaGATT‑AACCCCCCGGTTTGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 1:1359188/287‑1 (MQ=255)
aTAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGTGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCggg > 1:104123/1‑289 (MQ=255)
taggATTAACCTCACCGGTATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:261537/286‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACTCAGCGAGATGGTGACGGTCGGTAGAGATGACTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTGTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:1300125/289‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:982223/289‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:763025/289‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:716248/289‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:414083/289‑1 (MQ=255)
tAAGATTAAACGAACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGGGACGGGAAAGCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg < 2:1436912/289‑1 (MQ=255)
aaaCTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg > 2:1319519/1‑282 (MQ=255)
aCCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCAcc > 1:984233/1‑288 (MQ=255)
ccGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCGGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCgggg > 2:19065/1‑275 (MQ=255)
ccGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGaa < 2:1372686/205‑1 (MQ=255)
ccGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACcgc > 1:253419/1‑289 (MQ=255)
cGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACcgcg < 1:120370/289‑1 (MQ=255)
cGATATGGGGACGTTCGGTAAGGAGGCCTGGGCGACGGGAACTCCGGCATTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAACCCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACcgcg < 2:920551/289‑1 (MQ=255)
tGGTGACGGTGGGTAAGGAGGCCTGGGCGACGGGAACTCCGTCACTGCGTGGTTCATCGGTAATTTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTAGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTAGCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGa < 1:37599/289‑1 (MQ=255)
aCGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCCCGgtaag > 2:802056/1‑286 (MQ=255)
gtcggtAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 1:1260594/225‑1 (MQ=255)
gtAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGGCgggg > 2:1095207/1‑257 (MQ=255)
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tAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCt < 1:935112/288‑1 (MQ=255)
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ggAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGgcg < 2:1486098/288‑1 (MQ=255)
gAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGgcgc < 1:1496278/288‑1 (MQ=255)
|||
ATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTAGTAGCGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGC > CP042583/743790‑744345
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
