Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
744,575 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 744,575 | 0 | A | T | 99.5%
| 438.9
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (100/87); minor base G (1/0); total (101/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
| * | CP042583 | 744,576 | 0 | G | C | 100.0%
| 443.8
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (101/87); total (101/87) |
| * | CP042583 | 744,577 | 0 | T | A | 99.5%
| 444.0
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (100/87); minor base G (1/0); total (101/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTAGCGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCAGTGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATC > CP042583/744295‑744856
|||
gAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGAcc > 1:1885909/1‑289 (MQ=255)
agcaATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCAt < 1:863414/287‑1 (MQ=255)
gcaATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATAcc > 1:1549228/1‑289 (MQ=255)
gATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATATTTGGGTTCTTCGGCCAACCAAGGCGGTTATCCGTTT‑ATCTCCGGAATGGTTGGGGCGGAAACCCGCCGGAACCGGTTTTAAGAGTCTGGAGAATTAATGAACCTGGGGTTCCGGCTCCTTGGAAA‑CGTTACGGCAATTAAAACTTAATGCACCCTTTGGGCCCCTGCCCGCCTGGTTTGGTGAT‑AGAGGGGAGGGAATTCCGGGGCAAGGGGAACGGGGCGCGGTGACCATCCGGCGTGGGCaccgga > 2:295224/1‑284 (MQ=255)
aTGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGaa > 1:1862893/1‑289 (MQ=255)
aTGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGaa > 1:1263525/1‑289 (MQ=255)
tGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGaaaaa > 1:1111219/1‑286 (MQ=255)
aCAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATAGGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCAGTTTTAAGGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCAAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAg < 1:209309/289‑1 (MQ=255)
ggAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACcgcg < 2:466314/263‑1 (MQ=255)
ccACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTAGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGGGTta > 2:752532/1‑289 (MQ=255)
cGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTTACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCTTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGATGCGGGCTCAGTGTCCATACCCCGTGGGCAGCTGACACACCTGCAAGCGTGTtat > 2:823338/1‑287 (MQ=255)
gATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCTGGGCGATATGTGTTTAATCTCCGTAGTGTTGTGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCTCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGTTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTta < 1:1601883/274‑1 (MQ=255)
gATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTCGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAAc < 1:634160/288‑1 (MQ=255)
ataATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCa < 1:1432869/289‑1 (MQ=255)
aaTCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCCTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCa > 1:372728/1‑287 (MQ=255)
tCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCtt > 1:1834180/1‑289 (MQ=255)
ggTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAACCCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCgaaagctac > 2:129443/1‑280 (MQ=255)
ggTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTta > 1:971924/1‑264 (MQ=255)
ggTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTta < 2:971924/264‑1 (MQ=255)
ggTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTac > 2:1477501/1‑288 (MQ=255)
tgcttcggcTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGGGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgca < 2:600417/282‑1 (MQ=255)
tgattcggcTACCCGGGGCGATATGCGTTTACTCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAACCCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGACACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgca < 1:312754/282‑1 (MQ=255)
gcttcggcTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgca > 1:1159259/7‑288 (MQ=255)
tcggcTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgca > 2:569992/4‑285 (MQ=255)
tACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGaaa < 1:1484717/289‑1 (MQ=255)
ggCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTc > 1:1181715/1‑289 (MQ=255)
gCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCa > 1:231646/1‑289 (MQ=255)
gCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGGTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgca > 1:1552204/1‑272 (MQ=255)
ttatGCGTTTAATCTCCGTGGGTTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCGGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAgg < 2:1549228/287‑1 (MQ=255)
atatGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAgg < 1:1003618/288‑1 (MQ=255)
atatGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAgg < 2:776378/288‑1 (MQ=255)
tatGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGttt > 1:139476/1‑289 (MQ=255)
tatGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCCGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGGAGCTTACCGGCCCGCTGAAAAAAGGTCAGGtt > 2:1405263/1‑289 (MQ=255)
gTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGGTATACGTTAACGGAACAGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGACAGGTTGTCgg > 1:1341707/1‑289 (MQ=255)
cGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTaccgcaccg > 1:888391/1‑256 (MQ=255)
aGTGTTGGGGGCTAAACCCGCCCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTc < 2:1111219/289‑1 (MQ=255)
aGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTc < 1:295224/289‑1 (MQ=255)
gggggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAACGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCtt > 1:1738228/1‑289 (MQ=255)
ggggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTa > 1:506791/1‑289 (MQ=255)
ggggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTa > 1:1621708/1‑289 (MQ=255)
ggggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTa > 1:170492/1‑289 (MQ=255)
ggggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGGCGGGACCATTGATTTCACGCTTa > 2:687880/1‑289 (MQ=255)
gggCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTa < 1:1170682/288‑1 (MQ=255)
gAAAACCGTCCGTTTCCCTTTTACAGAGTCT‑GAGAAAATTTTGCCCTGGGGGTTTCGCTTCTTTTGAACCGTGACGCCCATT‑AAACCTGAGGCCAACTTTGTGACGCAGGGGGGTTGGTTTTGTGGTAAGAGGGGAGTGAATCTCGGGGG‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCCAACCGGGTGGGGAGCTTAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACgg < 2:425095/288‑1 (MQ=255)
gAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGt > 1:543088/1‑289 (MQ=255)
gAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGATTCTTTGAAACCGTGGCGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGt > 2:169984/1‑289 (MQ=255)
aaaaCCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGt < 1:1427975/288‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTCGTATACGGTTTAATGGTTCT‑GCGAAATTTTTTTCCTGGGGTTTCCGTGTATTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGAGGCCACCTTGGGGATTCAGCGCGTCTGGTTTGGGGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTaa < 2:1938073/289‑1 (MQ=255)
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aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 1:294652/289‑1 (MQ=255)
aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 2:1268135/289‑1 (MQ=255)
aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 1:1632398/289‑1 (MQ=255)
|||
GAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTAGCGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCAGTGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATC > CP042583/744295‑744856
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A