Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
761,688 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 761,688 | 0 | A | T | 98.6%
| 814.4
/ NA
| 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (168/181); minor base C (5/0); total (174/181) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 761,689 | 0 | G | C | 100.0%
| 831.8
/ NA
| 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (174/181); total (174/181) |
| * | CP042583 | 761,690 | 0 | T | A | 98.0%
| 816.9
/ NA
| 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (170/176); minor base C (4/3); total (174/181) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAG > CP042583/761409‑761966
|||
tGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAATCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGGGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 2:29866/1‑288 (MQ=255)
cAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGttt > 2:1846576/1‑289 (MQ=255)
gTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCCTTGAAAAAGCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCCATGGCACACCAGAAGACCTTCAGCACTGCCCGCTTTATCCGTCCCCATTTGCGCCCGctttg > 2:1860677/1‑288 (MQ=255)
tGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 1:127593/1‑279 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTTTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTAAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATTCTGCAGCGCGATGGCACACCAGAATACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTTCCTCATTTGCGCCCGTTTTTg > 2:1625265/1‑288 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc > 2:1881469/1‑289 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc > 1:806781/1‑289 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc < 1:1712746/289‑1 (MQ=255)
gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgc < 1:1670720/289‑1 (MQ=255)
cgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgcg > 2:1503967/1‑289 (MQ=255)
cgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgcg > 1:116469/1‑289 (MQ=255)
cgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgcg > 1:1367660/1‑289 (MQ=255)
aCTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGCACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGATTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCTTGACGATGGCACACCCGAAGACCTTTGTCACTGCCCGCTTTATCACTCCTCATTTGCGCCCGTTTTTggggc > 2:532940/1‑288 (MQ=255)
aCTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTgcggc > 1:1199121/1‑288 (MQ=255)
gggTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCCTTTGCGCCCGTTTTTGCCGCGCTTAAACCGttt > 2:520322/1‑289 (MQ=255)
gggTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGttt > 2:705022/1‑289 (MQ=255)
gCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGc < 1:1558763/289‑1 (MQ=255)
gTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAAAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGc < 1:1537885/289‑1 (MQ=255)
ttCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGc > 2:1756270/1‑288 (MQ=255)
tGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGt < 1:1880194/289‑1 (MQ=255)
cAGTTGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCACATTTCCGCTAAACCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTa < 2:542463/288‑1 (MQ=255)
cAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTaa < 1:520322/289‑1 (MQ=255)
cAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTaa > 2:928166/1‑289 (MQ=255)
cAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTaa < 1:1134692/289‑1 (MQ=255)
cAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTa < 2:799159/288‑1 (MQ=255)
cAGGGGATAAGGCGACCGATTCCAGAGCCACTCTCCGCGAAACCCGCCGATCTTAAAAATCGGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGGTCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTG‑AAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCGAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTaa < 2:1586670/288‑1 (MQ=255)
tGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACa > 1:752435/1‑288 (MQ=255)
aGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACg < 2:823584/288‑1 (MQ=255)
aGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGt > 1:1691679/1‑289 (MQ=255)
ccGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACTAGCAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGAGCCCGTTTTTGCGGATCGAAAACCGTTTATCGCCCTAGCGGGGTTGACGGCCTACAACCTg > 2:735119/1‑288 (MQ=255)
aTTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGgcgc > 1:1940314/1‑289 (MQ=255)
tCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTAAAACGTGGCGCGt > 1:572737/1‑289 (MQ=255)
accaacctgccGCTCAAACGTCCTAACCTACAAATCGGGTCTCCGACTTTCCGGTTGAGTAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATCAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAGGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCg < 2:900701/280‑1 (MQ=255)
aCTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTTTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGTCCCTAAAACCGTTTAGCGCCCGAGCGGGGTTACGGCCCGACAACGTGGCGCGAAAGCGTGGc > 2:474240/1‑289 (MQ=255)
aCTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGc > 1:378222/1‑289 (MQ=255)
ctctCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTCCCGGTTGACGCATGGTTCACCGCGATTTCAGGCCCCGAACAGGGGATCCGCAATAACGCCAACATGATGGTCAGTGGTAGCGTTGAACAACCACTGCTCGGTATGCGGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTACCACCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTCTTGCGGCGCTAATACCGTTTATCCACCGAACGGGGTTAACGCCCTACGACGTGGCGCTTACGCGTGGct > 2:192005/1‑288 (MQ=255)
cgctcCGCTAAAACCGCCGTTCTTGAAAATCTGCCCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCCGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGGCAAAATGGTGGTTAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCg < 2:781377/287‑1 (MQ=255)
ctcCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGaa > 2:1475310/1‑289 (MQ=255)
ctcCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGaa < 1:474240/289‑1 (MQ=255)
aaaCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGGCCGTGAGCGTGGCGGACGGAAATa > 2:626677/1‑289 (MQ=255)
aaaCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAAt > 1:1439596/1‑288 (MQ=255)
aaaCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGCTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGCTTTTGCGGCGCTAAAACCGTCTATCGCCCGAGCGGGGTTAACCCCCTACAACGTGGCGCGTTAGCGGGGCGAACTGTAATa > 2:104926/1‑289 (MQ=255)
gccgATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACAt > 1:1111264/1‑287 (MQ=255)
aaaaaTCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGctgactg < 1:1597023/289‑1 (MQ=255)
taggCTCGCCGGTGTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGc < 2:1657506/286‑1 (MQ=255)
gCTGGCCGACTTTCCGGTTGAGGAAGGGGGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCa < 2:263124/288‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
