Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
784,093 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 784,093 | 0 | A | T | 98.9%
| 422.9
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (83/100); minor base C (2/0); total (86/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 784,094 | 0 | G | C | 98.9%
| 422.8
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (85/99); minor base T (1/1); total (86/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 784,095 | 0 | C | G | 99.5%
| 423.6
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (85/99); total (86/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTA > CP042583/783816‑784372
|||
ggtggggCATACGGGGATTACGGTCACCCCCGATCCGACGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGAAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTc < 2:1789119/284‑1 (MQ=255)
ggCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTAATGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTg > 1:197194/1‑288 (MQ=255)
aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGCTCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAACAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGCACCTGTTGTCCACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGCTGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGACTACAATGCGTACTTTACTGACAATGCTGTGGATTATTTTCGGTATTTCGTCGGGGGTTTCCATTGT‑C‑gtgg > 1:304673/1‑289 (MQ=255)
aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑gtgg > 1:1836885/1‑289 (MQ=255)
aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTGGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTTGCAGCGAATAAAATGCGCACTTTACTGACCATGCCGGGGATGATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑gtgg > 2:1315364/1‑289 (MQ=255)
aTCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGAcg < 1:342584/289‑1 (MQ=255)
cGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGAcgcc < 1:17983/289‑1 (MQ=255)
cACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACtccgcc > 1:1713368/1‑289 (MQ=255)
cACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGGATTGCGGCGGTGGTTTCCACTGT‑C‑GTGGTGGGTGGCgccgcc > 1:790661/1‑289 (MQ=255)
aCCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGGGCGGGGGATGGAAATTCGGGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCca < 2:1761398/289‑1 (MQ=255)
ggacggcgcggcGCTGCTCAGGCCGAGCGGCTGATCGAAATTGGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCcaaacaaa < 2:23540/278‑1 (MQ=255)
aGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGTGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGc < 2:569399/288‑1 (MQ=255)
cGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGc < 1:1746089/288‑1 (MQ=255)
gctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCg < 2:359122/288‑1 (MQ=255)
ctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGGCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGa > 1:663790/1‑289 (MQ=255)
tgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGGGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGGCGCCGCCAAAAAAATGGTGGCGGCGGat > 2:1053446/1‑289 (MQ=255)
ctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGGGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGGTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGAGGTCATGGCAGGCCCTGGCCGCCAATAAAATGCGTGATTTACCGACCATGCCTGTGATTATTATCGGTATGTCGTCGGTGGTTTCCCTTTTAC‑GT‑GTGGGCACAGCATCAAAACCAATGGTGCTGGCGGgtag > 2:526921/1‑288 (MQ=255)
tCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATAtt < 1:1243699/289‑1 (MQ=255)
tCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATGCGGGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATAtt < 1:933598/289‑1 (MQ=255)
ggCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGGGCGCAACCCGCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCg < 2:1723680/288‑1 (MQ=255)
gCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCGGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGGGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGGGGGTGGCGCCGCACAACAAATGGTGCTGGCGGGTCTTCGtt > 2:1106254/1‑289 (MQ=255)
ccGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCg < 1:677675/286‑1 (MQ=255)
gAGCGGGTGATCGAAATTCGCGCCGGCGAAATTGTGCGCCATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTa < 1:57092/289‑1 (MQ=255)
gCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGNTGGGGATGATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCTGTTTT‑CGGTGTTGGGT‑ACGGCGCCCAACAAATGGTGTTGTCggtgatgtgtgctatt > 2:1647239/1‑275 (MQ=255)
gCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 1:862920/1‑289 (MQ=255)
gCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCGGGCAGCGAATAAAACGCGCACTTTACTGGTCATGCTGGGGATTATTATGCGTATTTGGCCGGTGGTTTCGCTTGG‑C‑GTGGGTGGTGGAGCCGCCAAGCAAAGGGTGGTGGGCGATACTCCTTCttat > 2:1865390/1‑286 (MQ=255)
ggggTGAGAGAAACTGGCGAGGGCGAACATGTGGGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGCAGGTTAATGGGGGGACGGAAGCTGTTGTCAAAGCGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCGGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTAGTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt < 2:1737695/287‑1 (MQ=255)
cGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt < 1:1053446/288‑1 (MQ=255)
gtgagtgAAATTCGCGACGGGGAAAATGTGCGCAATCCCCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGt < 2:197194/282‑1 (MQ=255)
gTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGt < 1:755436/288‑1 (MQ=255)
tGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAACATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCCTTGT‑C‑GGTGTGGGTGGCGCCTCCAAACCACATGTGCTGGTCGATTTTTGtttggtttggag > 2:327962/1‑279 (MQ=255)
gtgcGAAAGTGGCGAGGGCGAAATTGGGCGCAATCCGCCCGCCATTGAAAGAGTGAATGTTGCTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGAGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTAc < 2:1457565/285‑1 (MQ=255)
gggcGAAATTGGCGACGGCGAAATGGGGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTAc < 2:1821987/285‑1 (MQ=255)
tCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGaa < 1:1082825/289‑1 (MQ=255)
aatttcggaaCGGCGAAATTGGGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGGGAATGTTACGGGCGGGGCGGACCCGGTTGTCAAAACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATa < 2:916285/279‑1 (MQ=255)
aaaTTCGGGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATa < 2:314290/288‑1 (MQ=255)
ttCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGc > 1:1499121/1‑259 (MQ=255)
tggcgACGGCGAAATTTTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTAtt < 1:565036/287‑1 (MQ=255)
tCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAAATAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTAtt < 1:276307/289‑1 (MQ=255)
tggcgcAATACGCCCGCAATTGAAAAAGTGAATGTAGCTGGCGGGACGCAACCTGTTGTCAACACGGTGTTTGGCTGGCGGCAGTTTGTCGGCGGTTTTACCGAGGCGCTGACGATTGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGCGATTATTATCGGTAGTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGa < 2:1391749/287‑1 (MQ=255)
aaTCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCTGGGAA‑AGAtt > 1:144633/1‑289 (MQ=255)
tccCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGGTTCCATTGT‑T‑GTGGTGGGTGACGCCGGCAAACAAATGGTGATGGCTGATATTCTTTCGATTGGTACGATTACTACTGATGTTCTTTCCGGGAA‑AGATTTTgcg > 2:788251/1‑287 (MQ=255)
cATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGa < 1:471971/288‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGt < 1:1332183/239‑1 (MQ=255)
aaGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATTCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGACAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCa < 1:747248/289‑1 (MQ=255)
aaTGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTTTATTCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATc > 1:1240831/1‑289 (MQ=255)
tGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCCGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATAATCGTTCTATTGGTACGAATACTATTTATGTCCATCCCGGGAACAGTTTTTGG‑GATGACGATCCGCAATATcag > 2:774471/1‑289 (MQ=255)
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gTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTa < 2:942051/288‑1 (MQ=255)
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TCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTA > CP042583/783816‑784372
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
