Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
796,256 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 796,256 | 0 | A | T | 99.2%
| 593.1
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/128); minor base G (1/1); total (123/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 796,257 | 0 | G | C | 99.6%
| 591.2
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/129); minor base T (0/1); total (123/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 796,258 | 0 | C | G | 99.6%
| 589.6
/ NA
| 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (123/129); total (123/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATT > CP042583/795976‑796535
|||
cgcgCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCATATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGAcccc > 1:1838349/1‑289 (MQ=255)
aaCAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTggtcgcaa > 2:440230/1‑282 (MQ=255)
tgtcAAAATCGTCGTATTTTGATTCCACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGTTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc < 2:1801150/285‑1 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACgg > 1:1400627/1‑286 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGcc < 2:128749/288‑1 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc < 2:1151958/287‑1 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc < 1:428829/287‑1 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTCATTACACTCCTGGTAATCCATACAGCAACAGTACTGAGGTAACCTGGTAATGTGGTCCGTGTTAGCAGCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGTGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGATGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTGAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGcc < 2:336145/288‑1 (MQ=255)
aaaTCGGCGTATTTTGATTACCCTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCa < 2:143036/289‑1 (MQ=255)
aaaTCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCa < 1:701323/289‑1 (MQ=255)
aTTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACGGGGGTAACCTGGTACTTTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATc < 2:1231683/289‑1 (MQ=255)
acTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAgg > 1:876323/1‑289 (MQ=255)
tAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGc < 1:922302/289‑1 (MQ=255)
aaTCCATACAGCAACAGTACTGAGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGcc < 1:525342/289‑1 (MQ=255)
aTCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGccc > 1:790938/1‑289 (MQ=255)
ccATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc < 2:463608/250‑1 (MQ=255)
ccATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc > 1:463608/1‑250 (MQ=255)
aTACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGt > 1:1500761/1‑288 (MQ=255)
aCAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGt < 2:397300/286‑1 (MQ=255)
aCAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCg < 1:1870768/289‑1 (MQ=255)
aaCAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTgg < 1:853333/287‑1 (MQ=255)
aaCAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGtt < 2:1722640/289‑1 (MQ=255)
aGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGc > 2:942281/1‑289 (MQ=255)
tGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATa < 1:442087/289‑1 (MQ=255)
ggggTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATAc > 2:1355269/1‑289 (MQ=255)
gggTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATAc < 1:259252/288‑1 (MQ=255)
gggTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATAc > 2:286653/1‑288 (MQ=255)
gggTAAACTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATAc > 1:336740/1‑288 (MQ=255)
ggTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGGGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACg < 2:1735871/288‑1 (MQ=255)
ggTAACCTGGTAATGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCGAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACg < 2:1611340/288‑1 (MQ=255)
tAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCt < 1:1303956/288‑1 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGTAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTATTTAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCCGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGTTGCTTTATTAAGCTTTAACCATTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATTCATACTTTAGGCGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGt > 1:1730917/1‑288 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTCACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCCTCT‑GGTTTATGGCTGCCTTACTAAGCTTGAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCACACGGCCTGGCATGAACCTATCCCTATTCTAGGCGGACTGCCCTGTGCGTGGTGGGCAGATACGCttt > 2:1530692/1‑286 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGTTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGTTGCCCGGTGCGTGGTTGGCCGCTACGCTggt > 2:1496049/1‑287 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGcc < 2:1004976/227‑1 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGt > 1:26778/1‑288 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTAACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGACTGGCATGAACCGATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGtt > 1:1758205/1‑289 (MQ=255)
gTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTa > 1:1088830/1‑289 (MQ=255)
tACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTAt > 2:785579/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCTGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 2:585749/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 1:1669674/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 1:574221/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 1:1850080/1‑289 (MQ=255)
tCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCg > 2:797665/1‑289 (MQ=255)
cGTTGTAGCATCGGGCATGAAAAGCCTTTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCTCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATACTTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg < 2:378307/289‑1 (MQ=255)
gTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCATGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGACGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGa < 2:222006/289‑1 (MQ=255)
gTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGa < 1:1599557/289‑1 (MQ=255)
tCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTaca < 2:1690589/289‑1 (MQ=255)
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|||
CGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATT > CP042583/795976‑796535
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
