Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
796,256 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 796,256 | 0 | A | T | 99.2%
| 591.6
/ ‑5.7
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/125); minor base C (0/2); total (126/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 796,257 | 0 | G | C | 99.6%
| 594.4
/ NA
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (126/127); total (126/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 796,258 | 0 | C | G | 99.6%
| 602.4
/ NA
| 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (126/127); minor base T (0/1); total (126/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGT > CP042583/795976‑796532
|||
gcgcTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGAcccc > 2:354650/1‑288 (MQ=255)
aacacgatcAAAATAGGCGTCTTTTG‑TTTCACGTCTTGTTAATCCAGCCAGCCAAGGTACTTGGTTAACCAGTTACTGTTGTCCGTTTTAGCGTCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAAAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTAACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTggtcgca < 2:1119083/279‑6 (MQ=255)
cAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAg < 2:1895041/276‑1 (MQ=255)
cAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACg > 2:855444/1‑289 (MQ=255)
gTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc > 2:376059/1‑288 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACgg > 1:585957/1‑286 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACgg > 1:523845/1‑286 (MQ=255)
tGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGcc < 1:305375/288‑1 (MQ=255)
aaaTCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGc > 1:1540142/1‑283 (MQ=255)
aaaTCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCa < 1:1677155/289‑1 (MQ=255)
aTCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATg < 1:1584221/289‑1 (MQ=255)
ggCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAAc < 2:1456242/289‑1 (MQ=255)
ggCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAAc < 1:377056/289‑1 (MQ=255)
gCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAAc < 2:1543161/288‑1 (MQ=255)
ac‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAgg > 1:1959975/1‑289 (MQ=255)
tGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGa < 1:408039/289‑1 (MQ=255)
tGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTCTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGa > 2:1352314/1‑289 (MQ=255)
ccATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCgg > 1:869539/1‑289 (MQ=255)
cATAAAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑CTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGt < 2:87956/289‑1 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCa > 2:985476/1‑244 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCa < 1:985476/244‑1 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCCTAAATTAAGTGGGATGCCCGGTTCGTGGTTGGCAGATACGCGGtt > 2:829388/1‑289 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCCGATACGCTGtt > 1:467623/1‑289 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGGTAAGCCGtt > 2:776992/1‑289 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGtt > 2:1923190/1‑289 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGt > 1:85156/1‑288 (MQ=255)
aCCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTACTCATTATTTAGGGTGGATGCCCGGTTCGGGGTTGGCAGATACGccggt > 2:1054824/1‑285 (MQ=255)
ggTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCtt < 1:265120/288‑1 (MQ=255)
gTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCt < 1:730311/286‑1 (MQ=255)
gTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCt > 2:730311/1‑286 (MQ=255)
gttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACACTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTAttttt > 1:1743820/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 2:1720447/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 2:1949740/1‑289 (MQ=255)
ttgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTg > 2:703984/1‑289 (MQ=255)
tgtCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCa > 1:909605/1‑220 (MQ=255)
cGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGTACCCCAGCTGGTCGCAAACCGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGGTGGATGCCCGGTGCGTGGGTTGCAGATACGCTGTTCTCTTTTTTTTGCTTg > 2:1396007/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg > 1:642923/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg < 1:1720447/289‑1 (MQ=255)
cGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg < 2:1986066/289‑1 (MQ=255)
cGTTTTAGAATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg < 1:1027927/289‑1 (MQ=255)
gTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGa < 2:642923/289‑1 (MQ=255)
tgttggcagctggaaGGAAAAGCCTGTAACCTGGATAGCCTTTCTTGAGACAGGAAGACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAGAGTTGAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGCGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTACCCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGa < 2:1584181/274‑1 (MQ=255)
tCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTaca < 1:829388/289‑1 (MQ=255)
ggCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCGGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTTGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGAAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTaaacaa > 1:1855407/1‑287 (MQ=255)
gCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCTGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGcc < 2:1276097/188‑1 (MQ=255)
gCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGGTACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCat > 1:1099153/1‑289 (MQ=255)
gCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTg > 1:1356339/1‑266 (MQ=255)
ccTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTacac > 1:487730/1‑276 (MQ=255)
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aagaagTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGcgacga > 1:551774/1‑289 (MQ=255)
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cTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCCTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGAGGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGAAGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGCCGCTCTTCCTTCTCTCCtgtg > 2:1164055/1‑289 (MQ=255)
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|||
CGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACAC‑TCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGT > CP042583/795976‑796532
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
