Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
796,454 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 796,454 | 0 | A | T | 99.6%
| 558.0
/ NA
| 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (117/118); total (118/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 796,455 | 0 | G | C | 99.2%
| 554.6
/ NA
| 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (116/119); total (118/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 796,456 | 0 | C | G | 99.6%
| 557.3
/ ‑3.8
| 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (117/119); minor base . (1/0); total (118/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGAGTTGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCGT > CP042583/796184‑796735
|||
cTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCg < 1:18914/289‑1 (MQ=255)
tGCTGTTCCTAATGTTCCTGTTGGCC‑TCTCGGTGCTTGCCTGCCTTACTAACCTTTGACCCGTCGGACCCCAGCTGGTCGCAACCTGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATCCGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 2:844323/289‑1 (MQ=255)
tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgcgc < 1:437551/288‑1 (MQ=255)
tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:1738683/289‑1 (MQ=255)
ccTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCtt < 2:908114/289‑1 (MQ=255)
ccTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGCGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTGGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGCATACAGTGATTCTTTTTCCG‑TGTCGCTAGGCCTCCTTGGCGTTTTGGCGCTCCTCCtt > 2:698177/1‑289 (MQ=255)
cTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCC‑TACTACGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 1:256114/289‑1 (MQ=255)
ttATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCTGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 1:585749/289‑1 (MQ=255)
ttATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 2:1850080/289‑1 (MQ=255)
ttGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:511652/277‑1 (MQ=255)
ttGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAcct > 1:908928/1‑288 (MQ=255)
cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCtgtg > 1:1177732/1‑289 (MQ=255)
cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCtgtg > 1:62509/1‑289 (MQ=255)
cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCCTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGCTACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAACACTTTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATTACTGCCGTTTTGGCGCTCATCCTTTCCTCCggtg > 2:1205006/1‑289 (MQ=255)
cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCC‑TACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGGGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCACTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGAGGAATACATGGAGTATTTTGCCT‑TGTGGCTACGCGACATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCGTTCCTCCTTTgg > 2:256114/1‑289 (MQ=255)
tttgtccGTCT‑GTTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGt < 2:374851/284‑1 (MQ=255)
tttGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTTGTTTGCCTGTCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TGTCGCGACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTAATTATTACCTCCtgtctta > 2:625312/1‑285 (MQ=255)
tttGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGtttt < 2:344625/263‑1 (MQ=255)
tttGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCACAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTTGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGTCGTGATGGCTTACACCATTCACGTCATTATTGTCGGCGGTTGTCGGTTTGCCTTGCGTCATCAGTCCAGCGCCTCATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTCCCTCCTGTgg > 2:1149741/1‑287 (MQ=255)
tGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt > 1:1842476/1‑267 (MQ=255)
cGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCtt > 1:1694891/1‑271 (MQ=255)
tGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGAc < 2:561090/289‑1 (MQ=255)
gCCTTACTAAGCTTTCACCGTTCGGACCCCGGCTGGTGGCAAGAGGCCGGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCGGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACg < 2:1500761/289‑1 (MQ=255)
gCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCCTGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACg < 2:1588368/289‑1 (MQ=255)
tACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGatat < 1:551431/289‑1 (MQ=255)
cccttcggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGcc < 1:567644/282‑1 (MQ=255)
tcggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCg > 1:1357937/4‑289 (MQ=255)
cggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACg < 2:587042/265‑1 (MQ=255)
aCCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTg < 1:640497/288‑1 (MQ=255)
agctggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACg < 1:1870998/244‑1 (MQ=255)
agctggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACg > 2:1870998/10‑253 (MQ=255)
ggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTg > 1:1590715/6‑288 (MQ=255)
cgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt > 1:982149/3‑211 (MQ=255)
cgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCa < 2:1357937/286‑1 (MQ=255)
cgcAAACGGCCTGGCATGAACCTAACCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGGGGTTGGCAGATACGCTGTTTTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACTATTCACGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTATCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTACGGTGGCGTCAATGGCa > 1:1192796/3‑288 (MQ=255)
aaaCGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCtt > 1:283687/1‑289 (MQ=255)
ggCATGAACCTATCCATAAGTTGGGTGGGATGCCCGGGGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTAAACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCAc < 2:1933532/289‑1 (MQ=255)
aCCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGACCTACgat > 2:1065635/1‑286 (MQ=255)
cTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACa < 1:1932960/289‑1 (MQ=255)
ttcagtAATTTAGGTGGGATGTCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAAc < 2:655843/284‑1 (MQ=255)
aTCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTc < 2:1731181/189‑1 (MQ=255)
aTCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGc < 1:202712/267‑1 (MQ=255)
aTCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGc > 2:483704/1‑267 (MQ=255)
tCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTTGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGCCAATCAACGCTGACTATATCTGGTATTTTGCCTCCGTTGGCGTCCTTGGAAGCTTACTCAGCACTACGCTACCAc > 2:1688529/1‑288 (MQ=255)
tCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:1702362/187‑1 (MQ=255)
tattttgtgTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGTTATGCTATTCTGTAGTTTGGGCGTGAGGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTg < 2:1700254/281‑1 (MQ=255)
aaTTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGTCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACACCCACt > 2:236771/1‑287 (MQ=255)
aaTTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAAt < 1:1674903/212‑1 (MQ=255)
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attattTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCCCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGTCATGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCg > 1:1162540/1‑289 (MQ=255)
tattTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGTCATGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGt > 1:1432662/1‑288 (MQ=255)
|||
CTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGAGTTGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCGT > CP042583/796184‑796735
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
