Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
798,845 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 798,845 | 0 | A | T | 99.6%
| 555.0
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/105); minor base G (0/1); total (127/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 798,846 | 0 | G | C | 99.6%
| 541.6
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/105); total (127/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 798,847 | 0 | T | A | 98.3%
| 546.1
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/104); minor base C (2/2); total (127/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCG > CP042583/798573‑799126
|||
ttCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGtt > 2:1616354/1‑287 (MQ=255)
tCATCGGCTGTTGATGCGTAATGGCGACGGCCGTCCGTTGCATCCACCGCCGACGTCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttca < 2:882091/289‑4 (MQ=255)
tgccgcgtatGATGCGTAACGGCGACAACCGCCAGTTGACTCAACCGCCGACGCCGCTTCCTGCTCTGGATTGTCTGACACCGCCGCCTCGCGAACTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcact < 2:26684/280‑6 (MQ=255)
tGTTGATGCGTAATGGCGCCAGCCGTCCGTTGCATAACCCGACGGCGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 2:178286/288‑11 (MQ=255)
tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcgac > 2:1723895/1‑278 (MQ=255)
tAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGAACTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTg > 1:1198180/1‑289 (MQ=255)
aTGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCg < 1:1481771/289‑1 (MQ=255)
aGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATTCCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGCCCTTTCCCGTTCTCTTTCGACGGTGGCGGGGCGTGTCGTTg > 2:413362/1‑289 (MQ=255)
tccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGGAGTGGAGCCGGTATTTACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCCCTCTTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCAGTTATCACTCGCGTTGAATTGAACCTGACACCCGACGTAAATGGTGCGCGCCTTTCTATCTTTTCCAGGTCCGTTGCCCTTTCACTCTTGACGGTGGCGGTTCGTGTCGTTGAGGtc > 2:1573837/1‑288 (MQ=255)
ccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCCCGGGCCCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTTGGTGTCGTTGAAGTTa > 2:838093/1‑289 (MQ=255)
cATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGCCGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTg > 2:463276/1‑289 (MQ=255)
cATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCAAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTACACGCGGCGCGCCTTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGCTCCCTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTcccg > 2:1200391/1‑287 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACCCCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:29969/289‑1 (MQ=255)
acccGACGACGCCGCTGCTTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGTTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCTTTGAAGTTATTCCTGGCaa < 1:1739545/287‑1 (MQ=255)
aaCCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTGGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAGGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaa < 2:1498969/289‑1 (MQ=255)
aaCCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaa < 1:1122336/289‑1 (MQ=255)
cccgcagacgCCGCTGCCTTATCTGGATTTGCTGACCCCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa < 2:1216981/283‑1 (MQ=255)
cgacgaCACCGCTGCGTTCGCTGGATTTGCGGAAACCACCGCAGAGCGCAGTGGAGCCGGTAGATACCTGTGGGCTTTATCAAATGGCTCGCGTGGTGGAAGCGCGTCTGGCCGATTTCCGTAATAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCGCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAGCCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAAcc < 2:1073965/289‑1 (MQ=255)
cgacgCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCgtg > 1:1301692/1‑261 (MQ=255)
cgcTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAgg < 1:239238/289‑1 (MQ=255)
tGCCTTCGCTGTATTTGCGGACACCGCCGCCGAGCGGAGTGGAGCGGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTc < 2:1637362/288‑1 (MQ=255)
tggggATTTGCTGAGACCGCCGCGGAGCGACGTTGAGCCTGTAGAGATATTTTGGCTTGAACAAATGGCTCGTCTGGTGGAGGCTGGTCTGGCAGAGTTTCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTGTCCGGGGCGGGTTATCACTGGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGGGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTa < 2:1248244/286‑1 (MQ=255)
cgccgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 1:959531/289‑1 (MQ=255)
cgcccccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAGATGGCTCACCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGTGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 1:683974/289‑1 (MQ=255)
cgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGATGTACCGAATAAAAAACGAaaaa > 2:564025/1‑288 (MQ=255)
ccGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGATATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAg > 1:1328761/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc > 2:1414440/1‑225 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATg < 1:1137627/235‑1 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGATAAACCGTTTATCTGCGCGAAGttt > 2:282850/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGttt > 1:862062/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGT‑AAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGtttt > 2:940739/1‑289 (MQ=255)
aCCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTTTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGCGTTACCGAATAAACAACGACACAACGTTTATCTGCGCTAAGTTTTGGAtc > 1:1641469/1‑288 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa > 1:712216/1‑255 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 2:712216/255‑1 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 2:703052/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 1:1560880/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 2:1705794/1‑289 (MQ=255)
gtcacacattGGCTTGCCTGGTGGTACTGCGTCGTGCTGCTTTCCGAATTAAAGCCGATTGCCGCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAAtt < 2:1144517/280‑1 (MQ=255)
gAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTcc > 1:1183856/1‑289 (MQ=255)
gAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTcc > 1:196776/1‑289 (MQ=255)
gAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTc > 2:1185602/1‑288 (MQ=255)
tggCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCg < 2:1297245/287‑1 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGtt < 1:1526642/181‑1 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGtt > 2:1526642/1‑181 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCg < 1:1416418/289‑1 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCg < 1:1212682/289‑1 (MQ=255)
cGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCgt < 1:25913/289‑2 (MQ=255)
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tAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAAcgcg < 1:426056/289‑1 (MQ=255)
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TGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCG > CP042583/798573‑799126
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
