Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
798,845 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 798,845 | 0 | A | T | 100.0%
| 572.1
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (119/120); total (119/120) |
| * | CP042583 | 798,846 | 0 | G | C | 99.6%
| 557.7
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (118/120); minor base A (1/0); total (119/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 798,847 | 0 | T | A | 100.0%
| 569.0
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (119/120); total (119/120) |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAA > CP042583/798570‑799122
|||
ttCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGc < 1:461237/283‑1 (MQ=255)
ttCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGtt < 1:1968414/288‑2 (MQ=255)
cATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTTAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttc > 2:484980/1‑285 (MQ=255)
cATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTGCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttc > 1:123377/1‑285 (MQ=255)
tCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactt > 2:2465577/1‑283 (MQ=255)
tCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGCTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCATGGTGGCAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTTGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTATCTTCTCACGGGACCtataccggtcactt > 2:78085/1‑276 (MQ=255)
ccGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCTTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactt > 1:1572499/1‑282 (MQ=255)
gtGTTGCTGCGTAAGCGCGACCGCCGACCTTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 1:2165680/288‑11 (MQ=255)
tgtgGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 1:2614871/288‑11 (MQ=255)
tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCTTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 2:1572499/288‑11 (MQ=255)
tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcgac > 2:557926/1‑278 (MQ=255)
tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 1:2443423/288‑11 (MQ=255)
aTGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGt < 1:494505/266‑1 (MQ=255)
cgtccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTg < 1:601637/286‑1 (MQ=255)
cgtccgtTGCATAAACCGACGACGCAGGTGCCTTCTCTGGATTGCCTGAGACCGCAGCCGAGCGAAGTGGAGCAGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCGCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGGACCGGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGAGCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGtt < 2:1755973/285‑1 (MQ=255)
tccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGtt > 2:1266786/1‑289 (MQ=255)
tccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGtt > 2:2644417/1‑289 (MQ=255)
tccgtTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGGCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGtt > 1:1073051/1‑289 (MQ=255)
tGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTc < 1:531905/288‑1 (MQ=255)
tgaaCGGAGGACGCCGCGGCCTTCTCGGGAATTGCTGACAGCGACGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGGAGATTTCCGTATTAACGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATGTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 2:326002/287‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 1:2679035/289‑1 (MQ=255)
tAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 2:126415/289‑1 (MQ=255)
aCCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa < 1:2461769/289‑1 (MQ=255)
cgacgaCGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAAcc < 1:2501894/289‑1 (MQ=255)
cgacgCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCCCTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTTTCACGGGCACGTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTTCGGTTCGTTGAAGTTGATCCTGGCCACCCCtt > 2:1132996/1‑288 (MQ=255)
gggcgccgcCTGCTCTGGATTGGCCGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATg < 2:1949084/285‑1 (MQ=255)
ggccgcTGCCTTCTCGGGATTTGCTGACACCGCCGCCGGGCGAAGGGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATg < 2:1295926/287‑1 (MQ=255)
cgccgcTGCCTTCTCTGGATTTGCGGACCCCGCCGCCGAGTGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAATCCCTATg < 1:1762561/288‑1 (MQ=255)
ctgcTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACGCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTg > 1:998329/3‑252 (MQ=255)
cgcTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAgg < 1:1811141/289‑1 (MQ=255)
ccgccgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCaaa < 1:1576052/252‑1 (MQ=255)
cgccgccgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 1:2105261/289‑1 (MQ=255)
cgAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGt > 1:852326/1‑289 (MQ=255)
tGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGtt > 2:1922975/1‑218 (MQ=255)
aGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGa > 1:824965/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAACCCCTTTGTAGGGCCGGTGTTACCGAATAAAAAACCACAAACCGTTTAATTGCCCGAAGttt > 2:155301/1‑289 (MQ=255)
gTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGGTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCCTTGTAGGTCCGGAGTTACCGAATAAAAACCGACACACCGTTTATCTTCCCGAACttt > 2:752561/1‑289 (MQ=255)
tACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGAGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGAt > 2:648453/1‑289 (MQ=255)
cTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGc < 2:1888428/217‑1 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTc < 2:2502559/209‑1 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGcgcg < 1:2522824/272‑1 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 1:1663930/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATCTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCACGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGTAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAATACGACAAACCGTTTATCTGCGAGACGTTTTGGATAATGcc > 2:1890183/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCCGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGcc > 1:2577461/1‑289 (MQ=255)
cgcTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCCTTTCTAACTTGTCACTGGACCTTGCCAGTTCACTTTCGACGGTCGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTTTTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCGGGAGTTACCCACTAAAACACGACACAACGTTTATCTTCGCGAAGTTTTggcatacgcaaa > 2:371978/1‑279 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCg < 1:2391091/289‑1 (MQ=255)
tCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCg > 1:411833/1‑289 (MQ=255)
ccTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGGCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCgtc < 1:1050473/288‑3 (MQ=255)
aGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCaaa > 2:2117406/1‑262 (MQ=255)
aGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCaaa < 1:2117406/262‑1 (MQ=255)
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tCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCgtggt > 1:309107/1‑288 (MQ=255)
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cTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCgtggtg < 1:1215284/288‑1 (MQ=255)
cTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGc < 2:400463/289‑1 (MQ=255)
tGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCt < 1:1834546/289‑1 (MQ=255)
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tcAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCgtg > 1:1499441/1‑126 (MQ=255)
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ctctCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGatat < 1:944351/264‑1 (MQ=255)
ctcCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCgtggtg < 2:431207/248‑1 (MQ=255)
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cTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACttgttg > 1:1434955/1‑289 (MQ=255)
tgaattgaaCCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCgg < 2:2035391/243‑1 (MQ=255)
tgaattgaaCCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGCCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGGGGTTGCCGATTGGGCGAAAAGTCCCCACTCgtgggtt > 2:681506/1‑289 (MQ=255)
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tgaaCCTGGGACCGGGCGTAAAAGCGGGCAGCATGTCTAACGTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATCCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCggg < 2:1073051/289‑1 (MQ=255)
tgaaCCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCggg < 1:1933606/289‑1 (MQ=255)
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aCCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACa < 2:1723807/145‑1 (MQ=255)
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ggCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGt < 2:1489944/217‑1 (MQ=255)
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ggcaaaGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTGCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGGGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGt < 2:2085326/285‑1 (MQ=255)
aaaGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTTTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAAt < 1:1132996/289‑1 (MQ=255)
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cgcgcCTTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGTTCACTGTCGACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAATTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGGGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACttgt < 1:1922870/252‑1 (MQ=255)
|||
CCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAA > CP042583/798570‑799122
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
