Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,788,293 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,788,293 | 0 | G | C | 99.3%
| 692.0
/ NA
| 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (148/146); minor base A (2/0); total (151/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,788,294 | 0 | C | G | 99.3%
| 691.0
/ NA
| 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (149/145); total (151/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| * | CP042583 | 1,788,295 | 0 | T | A | 99.7%
| 701.6
/ NA
| 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (150/146); total (151/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGGCTCTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCGCTAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATACTACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCATACAA > CP042583/1788016‑1788574
|||
ccGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCtt > 2:1617378/1‑289 (MQ=255)
aCCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCCCA‑GTCGGGGCCCTGATTGCCAC‑CGCCCTGTTACCAGGCAGTTGTGACTCCCAATGTTTATTGGCTTTTTCACCAACCGTTTGAAGGGAAACCGC‑GGCAAATGGTGCCTGGGTAATTCTTGCGGGATAGC‑AATTGTGCACCT‑CAAACGCCACCGGAAAGCCGCCCTTTCCATTTTCCAGA‑AAACAATTACACGTCTAATTTCGGCCGCCGGAGTGACAAACACACAAAGCCTCTTATAGGTTTTGCGGa > 2:1154177/1‑289 (MQ=255)
aCCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCACCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGGCCTGAAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCGTTAAGTTTTTGCgg > 1:1113332/1‑289 (MQ=255)
gCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGATTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaa > 2:24787/1‑289 (MQ=255)
cATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa > 1:1604691/1‑289 (MQ=255)
aTTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa < 1:251897/288‑1 (MQ=255)
ttGTCTTCCATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GAAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAg < 2:904714/289‑1 (MQ=255)
ttCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGaa < 1:442586/289‑1 (MQ=255)
ccAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGGGGAAAGATACt > 1:1802494/1‑288 (MQ=255)
ccAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTACGAAGGCCGCTTTAAGTTTTCGCGGAAAAAAGTGGAACGATACt > 2:193138/1‑288 (MQ=255)
acgcacaTGTCGCTCTTCTCGTC‑GGAAGCTGATGGCCACTCGCCTTGTATTAC‑GCGGTGGGTGTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCGCTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGTAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCCGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCAcc < 2:1340999/283‑1 (MQ=255)
aaTGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAgctg > 1:392713/1‑289 (MQ=255)
ccTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTACGAAACTCCGAAGGCAGCTTTAAGTTTTCGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGcgggctgg > 2:1039474/1‑285 (MQ=255)
gggcggATTGCCCCCTGCCGTGTATCCG‑GCACGTGTGATGTCCCATGTTTACGGGCGTTTTCCACTATCGGTTGGAGGGTAAACGCGGGCAATTGGTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcg < 2:1722003/283‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcgc > 1:802181/1‑289 (MQ=255)
gcgcTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcg < 1:844872/288‑1 (MQ=255)
gcTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCgcgg < 1:1871051/289‑1 (MQ=255)
cTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGTTTTAAGTTTTTGCGGATAAAAGAGGAAAGACACTGCAACAGCTGGATCGCCTCGTCCGTGTCgtggc > 2:1543719/1‑289 (MQ=255)
gATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCAATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCAAATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGcggcgg > 2:483052/1‑289 (MQ=255)
cACTCTCCCTGTATGCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGGTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTAGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCAc < 2:226003/288‑1 (MQ=255)
cGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCtt < 1:1273743/289‑1 (MQ=255)
gCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCttt > 2:827207/1‑289 (MQ=255)
ccggTAACCA‑GCAGGTGTGATGTCCCATGTGTAATAGCGTTTTCCACTTTCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGCTAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTaa < 2:648584/286‑1 (MQ=255)
ccTGTTTCCA‑GCAGTTGGTAGGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCgcgg < 2:1914528/273‑1 (MQ=255)
ccTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTaa < 1:1471339/289‑1 (MQ=255)
catGTATCCA‑ACAGTGGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTTTCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAAATACTGCACCAGCTGTCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTaa < 1:1048716/287‑1 (MQ=255)
a‑gcagTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTaa > 1:19799/1‑289 (MQ=255)
gcagTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTaa > 1:630239/1‑288 (MQ=255)
ccATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACaaaa > 2:389668/1‑289 (MQ=255)
ccATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACaaaa > 1:1571241/1‑289 (MQ=255)
tGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAAt > 1:1831393/1‑289 (MQ=255)
tGTTTAATGGCG‑TTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATg > 2:716043/1‑289 (MQ=255)
aaTGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGa > 2:1414720/1‑289 (MQ=255)
tGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCCTTAATGGGGTTAAGAGCATGAAACAAAAAATGGGGAtt > 1:1643656/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGGGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCa > 1:282283/1‑288 (MQ=255)
gTTGTCCACTCTCGGTTGAAGGGTAACCGCGGGCAATGGCTGCTGGGATAATTCTTACGGAATAGC‑AA‑TGTTAACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCAcc < 2:630239/289‑1 (MQ=255)
ttttCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCa > 1:753430/1‑286 (MQ=255)
ttctacACTATCGGTGTCAAGGTAAACGGGGGCAATTGCTGCTTGGATAATTCTTGCGTAATAGC‑AA‑TGTTTACCGGCTACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCAcc < 2:1490086/283‑1 (MQ=255)
ttCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTgg < 1:1160915/289‑1 (MQ=255)
gtCGGTGGCAGGGGAAACGCGGGGAATGGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCGGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGaa < 2:1318840/288‑1 (MQ=255)
ataggTTGAAGGGTAAACGCGGTGTATTGCTGATGCGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AT‑AGCTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTGGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGaa < 2:1802494/286‑1 (MQ=255)
aTCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCAAATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGaa < 1:483052/289‑1 (MQ=255)
aTCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGAGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGaa < 1:1166936/289‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGTAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACCAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAg > 1:1502886/1‑289 (MQ=255)
gTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAg > 2:443991/1‑289 (MQ=255)
gTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAg > 1:1446036/1‑289 (MQ=255)
tGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGAt < 2:1134243/268‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A