Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,816,759 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,816,759 | 0 | A | T | 100.0%
| 620.6
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (154/106); total (154/106) |
| * | CP042583 | 1,816,760 | 0 | C | G | 100.0%
| 622.2
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (154/106); total (154/106) |
| * | CP042583 | 1,816,761 | 0 | T | A | 99.6%
| 619.9
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/106); minor base G (1/0); total (154/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TCACTCACGGCTTTCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTACTTGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATACCGGAATAACAAACGCCAGCAGCTCCAGGCGGTCAAAATGCATAAACAAACCGAGGTGGTAAAAAAGCGTGGTACAAATCAGCGTTTGCAATAGATAGTTGGTCAGCGCCATCCGTCCGACGCAGGCGATCGCAAGCACCAGCTTAAAGCGGCTCAA > CP042583/1816487‑1817037
|||
cactcacGGCTTTCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGc < 1:940712/289‑1 (MQ=255)
cactcacGGCTTTCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGc < 1:1428185/289‑1 (MQ=255)
cactcacGGCTTTCATTACTGCTTCA‑CGCGGGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGc < 1:378499/289‑1 (MQ=255)
acccccaggtgttCATTACT‑CATCACCGCGGGTCGGCACTGACAGGCGTGCTGTTATTGAGAACCCGGGAAACCGTGGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGc < 2:258454/278‑1 (MQ=255)
tcacGGCTTTCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGCTCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTTCCgg > 2:662501/1‑289 (MQ=255)
ctttcgtgatggCTTCC‑CGCGTGTCGGACCTGGCCAGCGTGCTGTTATTGAGAACCCGGGAAACGGTTGCCACCGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATG‑TTTAGATATTGCCGGTCCGgc < 2:1012791/277‑1 (MQ=255)
ttCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGgca > 1:1028064/1‑288 (MQ=255)
ttCATTACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGgca > 1:582294/1‑288 (MQ=255)
ttgctgctcacagcgGGTCGGAACTGACACGCGTGCTGTTATTGCGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACg < 2:1597495/277‑1 (MQ=255)
tACTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGc < 1:1289842/289‑1 (MQ=255)
aCTGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCa > 1:238861/1‑289 (MQ=255)
tGCTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCaaa > 2:1465561/1‑289 (MQ=255)
cTTCA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGt > 1:1103674/1‑289 (MQ=255)
cA‑CGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTa > 1:1632510/1‑288 (MQ=255)
cgcgTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTa > 1:1555646/1‑286 (MQ=255)
gtCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGTTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATTCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAAGTGTTGCCGGTCCTGCAGCACGCAAAGTTAACTGACg > 2:406805/1‑288 (MQ=255)
gtCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACg > 2:1720719/1‑288 (MQ=255)
tCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGCAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGAGCTACATCACGAAAGGAGATACTAGTCACTACCTGTTCTGAGATTGCAGTAAATGATTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGGATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAGCGGTTACAGCCGGTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGGTGTTTTAGTTATGGCCGATCCGGCAGCCAGCAAAGTTaaactgcgc > 2:342418/1‑281 (MQ=255)
aCCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGACTACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTTCCGGTCCGGCAGCACGCACAGTTAACTGCCGctcaagccac > 2:1904276/1‑279 (MQ=255)
aCCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTTATTCAGATCGTTATCTTGATTTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCCAGCAAAGTGAACTGACGCCAGAGCCAt > 2:94494/1‑288 (MQ=255)
aCCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCAt > 1:1329192/1‑288 (MQ=255)
ttGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGc > 2:1425358/1‑289 (MQ=255)
cACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGaa < 2:647713/288‑1 (MQ=255)
cACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAg > 2:177101/1‑289 (MQ=255)
cccGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTa > 1:506231/1‑289 (MQ=255)
gggAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCt < 2:1672793/276‑1 (MQ=255)
gggAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAAc > 1:1412561/1‑288 (MQ=255)
gAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTCTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGc < 1:716441/288‑1 (MQ=255)
aaaCCCTTGCCACAGAGACGCCCGACTGGCGCGCTACATAACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAg < 2:97458/289‑1 (MQ=255)
aaCCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAg < 1:1720719/288‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCGCTGGCGGAAGTAACGCAGCCa < 2:506231/289‑1 (MQ=255)
gTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGCTCATATGCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGa < 2:1506772/289‑1 (MQ=255)
gTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGa > 1:1622104/1‑289 (MQ=255)
gCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTTCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCAAGAGCCATTCCACCGGCCCCCGGCGGAAGTAACGCAGCCAGaaaa > 2:1457451/1‑289 (MQ=255)
cacaatagagacAGCCTGAGACGCTTAATCACGAATGGTGATCATATGTACTACCTGTGATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATGTTG‑TCAGCACTGAATACAGTACTTCGTGAATCGAGTAACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACa < 2:1852081/278‑1 (MQ=255)
aCGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGagaaga > 1:566068/1‑289 (MQ=255)
gACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCgc < 1:1365058/289‑1 (MQ=255)
gcataccgatgggTGATCATATTCACTACCTGTGATGAGATTGCAGTAAATGACTGGTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGGATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATa < 2:574803/278‑1 (MQ=255)
aCATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATa < 1:112910/289‑1 (MQ=255)
aCATCACGAATGGTGATAATATTACCTACCCGTAATTGGATTGCAGTAAAGGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGAACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATa < 2:1213778/289‑1 (MQ=255)
cATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATAc < 1:1878424/289‑1 (MQ=255)
cACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACa < 2:1145595/260‑1 (MQ=255)
cACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACa > 1:1145595/1‑260 (MQ=255)
ggTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAGTACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCgc < 1:1480847/270‑1 (MQ=255)
gATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATACCGGAATAACAAAc < 1:1499712/289‑1 (MQ=255)
aTCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGCAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATAATCGCCCGCCACACCGGAATAACAAACg > 2:1444607/1‑289 (MQ=255)
cATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCaga < 1:994782/203‑1 (MQ=255)
cACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTG‑TCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGATCCATTCCACAGGCCCCTGGCGGCAGTAACGCAGCCAGATAACCGATGAGAGGATATTCGACAGACATCCCGAAAGAACAAACGCcagcaac > 2:1342322/1‑287 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
