Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,959,875 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,959,875 | 0 | A | T | 100.0%
| 309.6
/ NA
| 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (77/53); total (77/53) |
| * | CP042583 | 1,959,876 | 0 | G | C | 100.0%
| 307.2
/ NA
| 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (77/53); total (77/53) |
| * | CP042583 | 1,959,877 | 0 | T | A | 99.2%
| 306.9
/ NA
| 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (77/52); minor base C (0/1); total (77/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTC > CP042583/1959604‑1960156
|||
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGTTATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 1:1482133/1‑289 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAGTGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 2:1820590/1‑289 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCa < 2:1823629/284‑1 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCa > 1:1823629/1‑284 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 2:403000/1‑289 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 2:879385/1‑289 (MQ=255)
aTGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACTTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTAAGATGCTCTTGAACCTAATAATACGTATTGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTtga > 1:1044262/1‑289 (MQ=255)
tGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt < 2:859236/284‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTtgat < 2:475399/289‑1 (MQ=255)
ttCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGaa < 1:667102/288‑1 (MQ=255)
gCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGa < 2:812547/289‑1 (MQ=255)
tctAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAAGTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCTTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGa < 1:1689123/289‑1 (MQ=255)
tccaaCAAACGTCTGGCAACCTGGGTACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACTAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGa < 2:1461497/286‑1 (MQ=255)
ctAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGac < 1:879385/289‑1 (MQ=255)
gTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 1:1505352/1‑245 (MQ=255)
gTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt < 2:1505352/245‑1 (MQ=255)
gTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGa > 1:569382/1‑289 (MQ=255)
tACCGACAAGTAAGTTTTTCCGAAGTTTAACAAATTCCATTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATACTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAAc < 1:1130298/288‑1 (MQ=255)
ggTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCaa > 2:1255570/1‑279 (MQ=255)
ggTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCaa < 1:1255570/279‑1 (MQ=255)
cGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAGTGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCaa < 1:1820590/289‑1 (MQ=255)
tCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGAt > 1:1428047/1‑288 (MQ=255)
ttCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCa > 2:389088/1‑289 (MQ=255)
gTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTa > 2:1026002/1‑289 (MQ=255)
aCCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATctct > 1:1234462/1‑289 (MQ=255)
ttATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTa > 1:77795/1‑289 (MQ=255)
tGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGATCCGGCCTGACTGAATATCTCTCGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGATCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTg < 2:842896/289‑1 (MQ=255)
atatTAAAAATAACAACGGCTTGAGAACTGCCCGGCCTGACTGAATAACTCAAGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGATAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTAGGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGa < 2:1044262/288‑1 (MQ=255)
atTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGaa > 2:158537/1‑160 (MQ=255)
atTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGaa < 1:158537/160‑1 (MQ=255)
aaaTATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACaataa > 1:281115/1‑289 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCCCGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCa < 2:1057654/289‑1 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCCAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCa < 1:1802053/289‑1 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGa > 1:320280/1‑277 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCa < 2:569382/289‑1 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACAACTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATAAATGGTGATGTTACTAATCCTGATACTACTCGTCCATTGTTATCTCTAGAGGATTTTTTTATTGACAattatagtaa > 2:1802053/1‑285 (MQ=255)
aacaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTAAGGGAATAATTATGACACCATTAGAACGTATTACCCAACTTGTTAATTACAATTGTGATGTTAATAATCCTGATAATCCTTGTCCATTGTTATATCTTGAGGTTTTGTTTATTGataataataatct > 2:950357/1‑285 (MQ=255)
acaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGAc < 2:612464/277‑1 (MQ=255)
acaacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGAc > 1:612464/1‑277 (MQ=255)
caacGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGCCAATAATATCCATg > 2:1275053/1‑289 (MQ=255)
cGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGa > 2:33459/1‑230 (MQ=255)
cGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGgtt > 1:656040/1‑288 (MQ=255)
tCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTtaat < 1:1027059/220‑1 (MQ=255)
tCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGgttca > 2:4784/1‑286 (MQ=255)
tGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACTTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGgttcaat > 2:226102/1‑284 (MQ=255)
ggATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGgttcaata > 2:388400/1‑283 (MQ=255)
cGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTAtt > 2:345224/1‑259 (MQ=255)
cGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTAtt < 1:345224/259‑1 (MQ=255)
cGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATc < 1:840300/271‑1 (MQ=255)
cGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGc > 2:1056437/1‑289 (MQ=255)
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aaTGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGTTAGAAATTACAAGGTTc > 2:1085163/1‑289 (MQ=255)
|||
CTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTC > CP042583/1959604‑1960156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
