Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F210 I1 R1
|
4928 |
368.7 |
6392010 |
97.5% |
6232209 |
231.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
659,002 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 659,002 | 0 | A | T | 99.3%
| 663.8
/ ‑6.3
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (131/152); total (133/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.73e-01 |
| * | CP042583 | 659,003 | 0 | G | C | 99.0%
| 670.5
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (131/153); total (133/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 659,004 | 0 | C | G | 99.7%
| 678.9
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (132/154); total (133/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGAGCAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCG > CP042583/658725‑659272
|||
tGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAAt < 1:1040994/289‑1 (MQ=255)
cttcCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTc < 2:1050906/285‑1 (MQ=255)
ctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTGGTTTCGGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGtgg > 1:509915/1‑287 (MQ=255)
tttgcctgcctTTTGGATTCTTTTTTGCCTGGTTGCTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAATGTCTGCTCGACAGCGTACTGCAGCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 2:2154559/286‑1 (MQ=255)
ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGCCAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 2:1793842/289‑1 (MQ=255)
ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 1:135169/289‑1 (MQ=255)
cTGCCGTTTGGGATCTTTTTTTCCTGGTTGCTGGTGCGTTGCCCGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGATTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCaaa < 2:3182642/288‑1 (MQ=255)
gCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTg > 1:2499664/1‑289 (MQ=255)
cGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGa > 1:450769/1‑289 (MQ=255)
cGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACGGGa > 2:2904525/1‑289 (MQ=255)
gATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc < 1:2404913/288‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 1:2054190/272‑1 (MQ=255)
tttttGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAg > 2:1262651/1‑289 (MQ=255)
ccTGGGTACGGGCGCGTGGAACGTTTCCGGGGCAAGCTATGCTCGACAGCGTACTCCATGTACCGGTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCTCGGGTTTTTCGGTGAGCGTCGGTATGACTGGTTTGGGATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGAGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACt < 2:1527553/289‑1 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCTATTCGTCTGgcg < 2:252658/231‑1 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCTATTCGTCTGgcg > 1:252658/1‑231 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGgc < 2:2049880/230‑1 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGgc > 2:679950/1‑286 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATCATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTg > 2:791528/1‑244 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATCATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTg < 1:791528/244‑1 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCGAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAAc > 2:2931902/1‑251 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCGAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAAc < 1:2931902/251‑1 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACa > 1:2662992/1‑258 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACa < 2:2662992/258‑1 (MQ=255)
tccACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACGGCGTACTGCATTTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTTATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGgc < 1:1752955/287‑1 (MQ=255)
gCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGgcg > 1:384751/1‑289 (MQ=255)
aCGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGcgcg < 1:1051061/289‑1 (MQ=255)
cGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCtt < 2:607554/289‑1 (MQ=255)
ggCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGTCAATTCGTCTGGCCCTTGACGGGGTTGCTGTCAAACTGGCACAGGCCGCAATGACCCTGGGGGCCGGGCGCCTGcgcgcggtctcta > 2:2886521/1‑280 (MQ=255)
aaGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTAt < 1:563027/289‑1 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGt > 2:1738219/1‑205 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAAGCGGCCGCAAGAACACTGGGGGGCGGGGGCTGGCGCGTTGTCTTTACTATc > 1:241272/1‑289 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCGTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCCCGCTGCCGCCGTCATGGCGTTTCCGCTGCTGGTGCGGGCAATTGGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGTTGTCAACCTGGAACAGGCCGCAAGACACCAGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTGACtttccgagt > 2:1623438/1‑283 (MQ=255)
tGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGtt > 1:1858404/1‑289 (MQ=255)
cAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGa < 2:1451651/238‑1 (MQ=255)
cGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCt < 2:1324014/266‑1 (MQ=255)
cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt > 2:2089192/1‑203 (MQ=255)
cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc > 1:287429/1‑218 (MQ=255)
gCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAattatt > 2:2425978/1‑289 (MQ=255)
tgggtttgccgccgGTGTTTGTCGGTTAATGATTATTGGTTTCGATGGGAGGGCGCGGATTTATCGGTGAACGGCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTAttgt < 2:2499664/281‑1 (MQ=255)
tGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc > 2:281189/1‑211 (MQ=255)
tGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCa < 1:2783867/215‑1 (MQ=255)
gtgtTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGa < 1:2610577/182‑1 (MQ=255)
gtgtTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGa > 2:2610577/1‑182 (MQ=255)
gtgtTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAATAAACCTGGGGGCCGGGCGCGGGCGCGTTTTCTTTCCTATCACGTTACCGCCGGCCTTACCggggcatcttcgtg > 2:2440942/1‑278 (MQ=255)
ttACCGCCCGTGGTGGTTGGTTACTTTGTGTTAGTTTGGATGGGACGGCGTGGATTTATGGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 2:3003455/289‑1 (MQ=255)
ttACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 2:463703/289‑1 (MQ=255)
tACCGCCCGTGGTCGTTGGTTACTTATTATTAGTTTCGCTGGGAAGGGGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGGCTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 2:509915/288‑1 (MQ=255)
tACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGa < 1:1890316/212‑1 (MQ=255)
tACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 1:2998175/288‑1 (MQ=255)
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|||
AGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGAGCAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCG > CP042583/658725‑659272
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
