Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
659,002 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 659,002 | 0 | A | T | 99.1%
| 516.6
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (100/122); minor base C (2/0); total (102/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 659,003 | 0 | G | C | 98.2%
| 512.1
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (101/120); total (102/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 659,004 | 0 | C | G | 98.7%
| 513.2
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (100/121); total (102/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGC‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGAGCAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCGGCGGGGAA > CP042583/658720‑659280
|||
caggcagTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTACGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCCGATTTATCGGTGAACGTCTGCATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTCGTTGGCGTGGCGCGGTTCTCGCTTCTGCCCTCTTGCCC‑ttt > 2:1534853/1‑288 (MQ=255)
cagTTTTATTAATCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCg < 1:577582/287‑1 (MQ=255)
ttttATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGa < 1:1564363/288‑1 (MQ=255)
attaAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTg < 1:1440120/289‑1 (MQ=255)
taAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCg < 1:134277/289‑1 (MQ=255)
ccTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCa > 1:786689/1‑289 (MQ=255)
ttcCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCTTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGgcg < 2:621480/289‑1 (MQ=255)
ggCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa > 1:1270001/1‑289 (MQ=255)
gctgtgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGGCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTTCGGGCCATTCGTCTGGCCCTGGAAg > 2:1720156/1‑289 (MQ=255)
tgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGt < 2:535983/289‑1 (MQ=255)
ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATg < 2:1427796/288‑1 (MQ=255)
ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGAAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 1:637866/289‑1 (MQ=255)
tAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTc > 1:1752305/1‑289 (MQ=255)
gCCGTTTGGGATCTCTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTg > 1:3068/1‑289 (MQ=255)
ggtCTTGTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTTCCCGTTTCCGGGCAAAGCTCGGCTCGGCAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc < 2:1684677/286‑1 (MQ=255)
ggTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCggg > 1:487577/1‑289 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCCCTGGAAGGGGTTGATGTACAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACCGGGGGCCGGgc > 2:1258388/1‑286 (MQ=255)
cGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑GTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGgc > 1:485684/1‑286 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTgg > 1:907971/1‑289 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACGGGAACAGGCCGCAGGAACATCGGGGGCCGGGCGGTgg > 2:1322257/1‑289 (MQ=255)
ttGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGAGGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAAACCTGGGGGCCGGGCGCTgg > 2:78963/1‑289 (MQ=255)
aCGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGgcgc < 2:1243166/288‑1 (MQ=255)
aCGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGcgcg < 2:1752305/289‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTGGACAGCGTACTGCATCTGCGGCTGGTGTTACCGCCCGTGTTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTGGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGtt < 2:1270001/289‑1 (MQ=255)
cGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCaaa > 2:1365853/1‑239 (MQ=255)
cAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTAc < 1:1258388/288‑1 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCaa > 1:1506874/1‑248 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTAt > 2:409607/1‑288 (MQ=255)
aGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGCCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCACGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTCTTTTTCACTATc > 2:1893184/1‑289 (MQ=255)
ctGCTTGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGt < 1:1676517/289‑1 (MQ=255)
ctGCTCGACATCGTACTGCCTCTACCGCTCGTTTTTCCTCCCGTGGTAGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGATCACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGt < 1:228695/289‑1 (MQ=255)
ctGCTCGACAGTCTACAGTCTGTCCCGCCGGTGTGACCGTCCGTGTGCGTCGGGTACTTATTATTAGTTTCGATGGGCCTGCGCGGATTTATCGGGGAACGTCTGTATGACTGGCTGGGTCTTCCATTCGACTTTCGCTGGCGCCGCGCGGTTCTCGCTGCAGCCGTCATGTCG‑TTTTCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGGCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGt < 2:1982759/289‑1 (MQ=255)
cAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGGACACTGGGCGCCGGGCGCTGGCGCGTTTGCTTTACTACCACGTTACCGCTg > 2:1641886/1‑289 (MQ=255)
cAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTg > 1:1381938/1‑289 (MQ=255)
cGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt > 2:1399233/1‑213 (MQ=255)
tACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCTGTCAATTCGGCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACCCTGGGGGCCGGGCGCTGGAGCGTTTTGTTTACTATCCCGTTACCGCTGcccgt > 1:1208637/1‑287 (MQ=255)
aCTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCCCTGCCGCCGTCATTTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTa < 2:330275/289‑1 (MQ=255)
cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGaa < 1:1887224/289‑1 (MQ=255)
cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATCGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGCGCCGGGCCCTGGCGCGTTTTCTTTTCTATCACGTTACCCGCGACCTTACCgggta > 2:1197057/1‑287 (MQ=255)
cTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTCTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGAGGTCAAACTGGAACAGGCCGCAACAACACTTGTGGCGGGGCGCTGGTGCGTTTTCTTTGCTATCACGTTCCCGCTGACCTTCTCGGGaa > 2:1558806/1‑289 (MQ=255)
aCCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAatt > 1:1980215/1‑289 (MQ=255)
aCCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAatt > 2:658075/1‑289 (MQ=255)
ccGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGCACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCCGGTTTTCTTTACTACCACGTTACCGCTGACCTTTCCggggctct > 2:1113709/1‑284 (MQ=255)
tGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTAttgt < 1:1619937/289‑1 (MQ=255)
gtgtTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACCGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTAttgttg > 1:1128855/1‑289 (MQ=255)
ttACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 1:133015/289‑1 (MQ=255)
gtcccGCCAGTGTTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCG‑TTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTggta < 2:1158141/286‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
