Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
632,723 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 632,723 | 0 | A | T | 99.6%
| 624.7
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (139/125); total (139/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 632,724 | 0 | G | C | 99.2%
| 616.9
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/125); minor base A (1/1); total (139/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 632,725 | 0 | C | G | 99.2%
| 608.1
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (137/126); total (139/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTAGCGGAATTAAAATGCCAGTCCC > CP042583/632445‑633000
|||
cAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCTTCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgc > 1:768019/1‑288 (MQ=255)
cAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgc > 2:1924107/1‑288 (MQ=255)
aaCGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCg > 1:1029167/1‑289 (MQ=255)
aaCGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCGTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCT‑CACACTTTTAACAACGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCg > 1:1615105/1‑289 (MQ=255)
ccagtgattattCAGGAGGCCTGCAAGAGCAGGGCTGTTGTCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCa < 2:1129982/282‑1 (MQ=255)
ttCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGGGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTg > 2:330473/1‑289 (MQ=255)
tCATGAACCCTGTAAGAGCAGGGCTGTTATCCCGTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCCGACCGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTgg < 2:258420/289‑1 (MQ=255)
cATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGgc > 1:1241323/1‑289 (MQ=255)
gAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACt > 1:1129982/1‑283 (MQ=255)
gAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGgcagc > 1:1364997/1‑289 (MQ=255)
aGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACa > 1:921998/1‑266 (MQ=255)
cTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTGGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCaagaa < 2:1420043/289‑1 (MQ=255)
ggCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCaagaag > 1:873658/1‑288 (MQ=255)
agCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCACGAAGGCTGGa > 1:1769778/1‑289 (MQ=255)
cAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGCCAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGaaa > 2:759311/1‑289 (MQ=255)
cAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGaaa > 2:177635/1‑289 (MQ=255)
cTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTATCACCGACCGTGTTCTGGACGATACGCAGTTTGGTTCGCTATCGCGCCCCTTGAACGACAGGGCAA‑TTAACAACTGGCGGCAAGAAGGCGGGAAAGAAgc > 2:1875516/1‑289 (MQ=255)
ttATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCCCTAACGCGCCCCGGGGACGACAGTTCAACTGAA‑AACTGGCAACAAGAACGCTGGAAAGAAGCGcc > 2:1893711/1‑289 (MQ=255)
ttATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGCGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGCGCAA‑TGAACAACTGTCAGCAATAGGGCGGGAAAGAAGCGcc > 2:49988/1‑289 (MQ=255)
tcGCTATGACATGGCAGTGCCGCTAAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGTGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATACCAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCGTCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 2:541025/288‑1 (MQ=255)
ccgcgagtaCATGGGAGTGCCGCTCAATTGGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAAGCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTGGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 2:151913/281‑1 (MQ=255)
cGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt > 1:1529200/1‑288 (MQ=255)
cGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTc < 1:803893/289‑1 (MQ=255)
tATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCCGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCg < 2:104078/288‑1 (MQ=255)
tATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACCC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCCAACGCGCCCCGTGCACGACAGTGCAA‑TGAAAAACTGGCAACAAGAAGGCTGGGAAGAAACCCCGGGTCCgg > 2:918863/1‑289 (MQ=255)
aTGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt < 1:116714/289‑1 (MQ=255)
aTGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt < 2:87663/289‑1 (MQ=255)
gACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAt < 1:466256/289‑1 (MQ=255)
cATGGCAGTGCTGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATgg > 2:1569103/1‑289 (MQ=255)
gCAGTGTCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAGCCAGGCTGACGATCATCGCTCTGGTGTCCTGGTCCCTAAAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGACCGAAGGGGCAC‑TGAACAATTGGCAGCAAGAAGGCGGGAATGAAGCGCCGGTTCCGGTGTGGAata > 2:1247058/1‑289 (MQ=255)
gTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATg < 2:1302185/288‑1 (MQ=255)
gCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc < 1:794505/212‑1 (MQ=255)
gCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATg < 1:215374/286‑1 (MQ=255)
cGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCaa < 1:363543/289‑1 (MQ=255)
cAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt > 2:1208134/1‑270 (MQ=255)
aatttgtccgAACGAAGCGGCCGGCAATTCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCGCTCTTAGTCATAACAGCAGACGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATg < 2:1611850/280‑1 (MQ=255)
tgtcagAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGc < 1:63805/284‑1 (MQ=255)
cagAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCt < 1:659356/286‑1 (MQ=255)
cGCAGCGCCCAGAAATCCACTGGGAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAgg < 1:1893711/289‑1 (MQ=255)
aGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGaa < 1:1569103/288‑1 (MQ=255)
gcgcCCGGGAATCCACTGGGAGAGTAGGGGTGGGTTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTGCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAgg < 2:1816180/289‑1 (MQ=255)
gcgcCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAgg > 1:415416/1‑289 (MQ=255)
ccGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGGTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGt < 1:1285824/289‑1 (MQ=255)
tCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCa < 1:579812/289‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCt < 1:567936/289‑1 (MQ=255)
ggaGGTGTTGTGTGGGTTGTCACTGTTAGTGCGAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATTTCAATCTCGATATCCAGGCGGACGATCAGCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTGTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAGGGCTGGAAAGGAGCGCCGGTTCCGGTGTGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGTCGTAACGGCGTGGCTGTCtt < 2:1223897/285‑1 (MQ=255)
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aGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCa > 1:1434540/1‑231 (MQ=255)
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CAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTAGCGGAATTAAAATGCCAGTCCC > CP042583/632445‑633000
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A